李申先生在其輝煌巨著《中國儒教史》下卷第十三章第二節中，以科玄論戰為考察重點，把近代以來的中西古今文化衝突歸結為一句話：“西學、或科學的全麵勝利”，並認為是科玄論戰開辟了中國思想史上“科學的新時代”。他實際上是把科玄論戰作為中國思想史的一個分水嶺。他的原話是：
這場爭論（指科玄論戰――引者注），為中國思想史上的嶄新時代，即以科學為最終決疑標準、而不以天意和聖之言為最終決疑標準的時代，樹立了一個鮮明的標誌。這個標誌告訴人們，從鴉片戰爭以後開始的新學和舊學、或者說是西學和中學之爭有了最終結果，這個結果就是西學的全麵勝利。
中學或舊學的統治地位不是科玄論戰給打倒的，科學無上尊嚴的地位也不是科玄論戰給樹立的，但是科玄論戰作為一個標誌，它標誌著儒教舊學時代的結束，新學時代的真正開始。從此以後，中國的學術開始奠基於西學或稱新學的基礎之上，而中學的價值則要由它來作裁決了。
拋棄了對神意、聖意和經書的迷信，一切思想以是否科學評定優劣，一切判斷以是否合乎科學來定其是非，這是儒教對中國二千年統治的真正結束，是中國社會真正的新生。
以上是本節三段內容的結論，其基本意思可歸納為以下幾點：
1.從鴉片戰爭以來的中西古今文化之爭在科玄論戰結束後以來“有了最終結果”，這就是“西學、或科學的全麵勝利”。
2.科玄論戰作為中國思想史上一個分水嶺或標誌：此前是中學（舊學、儒教）與西學（新學、科學）在“爭雄長，其總的趨勢”，是前者“步步後退”，後者“勢力不斷增長”；此後是中學（舊學、儒教）徹底失敗，西學（新學、科學）凱旋而歸。所以，是科玄論戰為中國思想史開辟了一個“嶄新時代”：“科學的新時代”。
3.中學（舊學、儒教）之所以徹底失敗，西學（新學、科學）之所以凱旋而歸，是因為前者具有梁啟超所說的“籠統、武斷、虛偽、因襲、散失”幾大“基本特點”（李申先生還特別強調說這是“儒教，也是一切傳統思想的基本特點”）。後者“其核心精神是求真”。
4.科玄論戰之後，科學成為“最終決疑標準”，“一切思想以是否科學評定優劣，一切判斷以是否合乎科學來定其是非”，自然，“中學的價值則要由它來作裁決了”。
5.西學（新學、科學）的“全麵勝利”將使“中國的學術開始奠基於西學或稱新學的基礎之上”。
這樣看來，李申先生不僅在中國傳統文化領域，而且在中國現代思想史上，又提出了“最重要的創新學說”。可惜，我怎麼想也不敢苟同，便不揣冒昧，略加評論，以正視聽。
1.從鴉片戰爭開始的中西古今文化之爭至今也沒有結束，並沒有在一場科玄論戰中就“有了最終結果”，而且可能還會延續相當一段時間。如果已經“有了最終結果”，那如何解釋其後發生的一係列文化現象，如1929年到1935年的中國社會性質論戰和社會史論戰，30年代“全盤西化”與“中國文化本位”之爭，以及80年代以來的文化論爭，包括今天的儒教是教非教之爭仍然是中西古今文化之爭的一個表現。這些都是人所共知的事實，至於具體內容，就無須我贅述了，我想李申先生一定被我知道的清楚，為何視而不見，存而不論呢？既然中西古今文化衝突至今還沒有結果，也自然就談不到勝利者是誰。
2.李申先生對科玄論戰以西學或科學的全麵勝利判釋，是不完全符合這場論戰的實際的。隻要全麵審察科玄論戰的文獻，就可以發現，當時討論的問題是十分廣泛深入的，是新文化運動後期最具現代開拓意義的一場爭論，主要了探討了科學與哲學，科學與道德，科學主義與人文主義等方麵的重大問題，涉及到了物質――精神，主體――客體，自由――理性等不同層麵的內容。其內容之廣泛，學者之眾多，文章之精彩，為20世紀中國思想史上不多見。這些問題並沒有得到徹底解決（其實思想學術的爭論，不象在實際工作中具體處理某些問題，可以得到一對一的真正的“解決”，而往往是站在不同立場，不同角度，不同背景對某些的判斷、看法，形成不同的觀點，爭論是思想展示，是交流溝通，而不是一定要決出個雌雄。一般的說，這些不同的有思想觀點正是社會曆史錯綜複雜狀況的反映，雖然曆史隻能走一條路，但多種路線的構想、設計是必要的，都是有自己價值的），也談不到誰勝誰負，隻不過由於當時共產黨人的參與，“唯物史觀派”和“科學派”在科學主義這一點上的共同之處，以及政治形勢有利於科學一方，便取得了強大的攻勢，造成了“科學派”戰勝“玄學派”的印象。我覺得，純粹的學術爭論隻要各有各理，各說各理，持理而爭，互不相讓，就不好說誰勝誰負。至於超出學術以外的其他因素的幹擾，那就不好說了。
後來，馬克思主義史學家認為科玄論戰的真正勝利者是唯物史觀派。在科學派與玄學派的激戰中，唯物一元論者以後來者居上的優勢，對雙方都進行批判，如陳獨秀就對這場論戰定了性，指出了論戰雙方的唯心主義性質。他說：“隻可惜一班攻擊張君勱、梁啟超的人們，表麵上好象是得了勝利，其實並未攻破敵人的大本營，不過打散了幾個支隊，有的還是表麵上在那裏開戰，暗中卻已投降了。就是主將丁文江大攻擊張君勱唯心的見解，其實他自己也是以五十步笑百步。”他還指出胡適的心物二元論乃是唯心論的一種變種。“唯物史觀所謂客觀的物質原因，在人類社會，自然以經濟（即生產方法）為骨幹”。但是，這決不是說唯物史觀“不重視思想文化宗教道德教育等心的現象之存在，惟隻承認他們都是經濟的基礎上麵之建築物，而非基礎之本身。”鄧中夏對此曾總結道：
科學方法派大概都是學過科學的，他們的態度，第一步是懷疑，第二步是實證（拿證據來）；他們的主張，是自然科學的宇宙觀，機械論的人生觀，進化論的曆史觀，社會化的道德觀（見胡適之上海大學演講辭）……唯物史觀派，他們亦根據科學，亦應用科學方法，與上一派原無二致。所不同者，隻是他們相信物質變動（老實說，經濟變動），則人類思想的都要跟著變動，這是他們比上一派尤為有識尤為徹底的所在……總括起來，東方文化派是假新的，非科學的；科學方法派和唯物史觀派是真新的，科學的。現在中國思想界的形勢，後兩派是聯合戰線，一致向前一派進攻、痛擊。