同時，李申先生說“五四”新文化運動對儒教是教的判釋是受當時特定的政治氛圍的影響，是不得不這麼說的，這樣他似乎是對當時新文化運動的反孔教（儒教）是不以為然的，然而他自己學術理路實際上又是與新文化運動者相似的，這就是都受西方學者研究儒教的影響，以西方近代科學主義的理路判釋儒教，以宗教與科學二元對立思維來對待儒教，以西方宗教來比附儒教，同時形成吊詭的是無論是他的“肯定”儒教是教還是新文化運動者的“否定”儒教是教（儒教非教）都是為了徹底否定儒教，在試圖超越前人研究的同時卻掉進了自己掘的陷阱而不自知。
這方麵何光滬先生也是這樣，作為一個研究西方宗教起家的富有成就的學者，他比李申先生走的更遠，把儒教追溯到了上古時代的“天帝”觀念。他說：
我所謂儒教，非反映儒學或儒家之整體，而是指殷周以來綿延三千年的中國原生宗教，即以天帝信仰為核心，包括“上帝”觀念、“天命”體驗、祭祀活動和相應製度，以儒生為社會中堅，以儒學中相關內容為理論表現的那麼一種宗教體係。
（就儒教）與儒學的關係說：儒教是源，儒學是流；儒教是根，儒學是花；儒教的理論在儒學，儒學的精神在儒教；儒教在人民的下意識裏，儒學在學者的意識之中；儒教在民眾的生活裏，儒學在文人的著述中。由於儒教的本質，就是“天帝”觀念，所以儒學同“天帝”觀有一種內在的關聯（實際上儒學的“天理”、“天道”學說，就是天帝觀的哲學發展）。
當然，何光滬是宗教理論上的“儒教是教說”，李申是宗教製度上的“儒教是教說”，他並沒有直接否定儒教，卻在最後把儒教“開新”的方向上指向了西方基督教神學和西方傳統思想。
李申和何光滬為大陸儒教派的最大“貢獻”當數為中國人找回了中國人一直不曾信仰過的祖宗――上帝。李申就說過：“我最近應台灣的某個地方之約寫了篇文章，寫了本小書，題目就是上帝是儒教的至上神，是我們中國的神，不是基督教的神，基督教的神叫God，上帝是我們的，現在我們這個好象成了人家的了，把祖宗賣給人家啦，這是個很奇怪的事。”何光滬在論證了儒教為中國文化之根之後，又認為這個“根”整個是人類共同的“老根”：“人類文化好象一小片竹林，那些黃綠參差、並立競長的竹枝，有一條相互連接、向往藍天的共同的老根。”這裏如果有人再推進一步，就可以推到讓所有中國人都信奉上帝，通過這麼簡單的“上帝”外交戰略就很容易消泯中西文化的差異，早日實現人類大同――真是能這樣那就太好了，我們還有什麼必要討論什麼文明衝突、文化融合問題呢？
他們或以宗教（西教），或以科學，或時而宗教（西教），時而科學，形成了一定的觀點，一定的框架，然後再審視，評判傳統文化，特別是儒學。在這一過程中，傳統文化和儒學已經不是富有生命的東西，而成了堆在圖書館書架上的線裝書，放在博物館的出土文物，成了旅遊景點的曆史遺跡，掩埋在草叢裏的秦磚漢瓦，所以他們便以純粹客觀的、知識的方式進行學術研究，但這種方式又不能說是完全理性的，因為他們不乏宗教的情緒，即對自己已經形成的觀點和既定的思維模式抱著一種虔誠的信奉，不會有疑慮，甚至還有一種眾人皆醉我獨醒，我不入地獄誰入，舍身求教的心態。這也就是他們容易在宗教（西教）與科學之間搖擺的原因。也正因為如此，他們的研究就不可能深入其中，出乎其外，也不可能對聽見對象有“同情的了解”，所以隻能是外在的、膚淺的以洋刀子來剪裁儒學與傳統文化，而且不是因為刀子利，而是因為材料多，他們剪裁出來的東西就特別多，讓人望而生畏，他們則自鳴得意。