這是說，儒家不是普通所謂的宗教，因為從具體的事實來看，它沒有一般宗教的儀式；但是它有高度的宗教性，而且從理方麵看，它是極圓成的宗教精神，儒家是宗教，是道德的宗教，是人文教，但不是西方傳統中所意謂的“宗教”。他特別肯定儒教作為一種道德宗教原是中華民族的立國之本，是中國文化發展的動力，在一切都以西方價值觀為標準的現時代，重建中國哲學與宗教是關係到“國脈”興滅繼絕的大問題，關係到中國文化慧命在現代的連續。他斥責近代以來有不少中國人“拋卻自家無盡藏，沿門托缽效貧兒”，甚至自己糟蹋自己，自甘卑賤，不自愛重，自棄國本的行徑，要通過挺顯道德主體，上通天道人性，破障立本，在這個價值標準倒塌的時代，開辟一使人向上而不下陷的“價值之源”。
將儒家思想作為一種宗教，就必須要探討它在形態上與西方基督教的異同。在牟宗三看來，儒家之作為宗教，是人文教，並通過與諸教的比較肯定了這個人文教無與倫比的圓融，故可稱為“大成圓教”。他說：
中國以前有儒釋道三教，而且在此傳統中，宗與教是兩詞：依宗起教，以教定宗。故常隻說三教，而此三教實無西方傳統中所意謂的“宗教”。吾人即依中國傳統中所說三教，而欲儒教成為人文教。
中國以前的傳統有儒教、佛教、道教，但是它是在三教並稱的時候使用的，並不稱之為宗教，而牟先生特別名儒教為人文教。他說：
儒家所透徹而肯定之超越而普通之道德精神實體。決不能轉成基督教所祈禱崇拜之人格之神，即基督教方式下之神（上帝、天主），因此佛教之為教亦決不能成為基督教之方式。
儒家之可貴者在於“超越而普通之道德精神實體”，和基督教之人格神崇拜，絕對是有所區隔，不可能被基督教的方式所同化。因此，他肯定儒教：
從內在主體性方麵說，耶教因歧出而為依他之信，故不如儒釋道，若從基本態度、決斷、肯定對於人生宇宙學術文化之關係言，則釋道又不如儒教和耶教。依此而言，儒教為大中至正之大成圓教。
牟宗三根據儒家思想的特質來為儒家辯護，但是卻沒有說明“為什麼儒家沒有宗教的儀式，卻有高度的宗教性？”、“儒家除了體現天道，它和鬼神如何溝通？”、“為什麼儒家的宗教化在明清之際不斷興起？”“民間儒教神道設教的趨勢和牟先生所說儒家是人文教，是否矛盾？”“實際儒家的道德就等同於宗教嗎？”這些問題在牟宗三純哲學的論述中，並沒有辦法得到適當的解答。
唐君毅是現代新儒家陣營中最具有宗教情懷的一位，對宗教傾注了極大的關注，對世界上幾大宗教都有同情的了解，當然對儒教有更深刻的理解和感悟。對於儒學是不是宗教，他認為儒學有宗教精神，但不是一般意義上的宗教。他說：
我們通常不以儒家為一般宗教，此是對的……照我們的意思，是儒家之非一般宗教之故，仍在於極平凡的一點上。即一般宗教皆有神怪或神怪之成份，而儒家則自孔子起，即不語怪力亂神。
唐君毅認為儒家自孔子起就沒有神話的成份，因此不是一般的宗教，但是在漢朝的儒教確實是把孔子神化為一個神，為什麼說儒家沒有神話？唐君毅的辯護是：
在中國之秦漢時代之緯書中，儒家之言曾與方士之言結合，而使孔子身上附了種種神話。然此旋即被後代儒者，加以清洗。在儒家必不信孔子能死而複活，亦必不信孔子生下地，即能指天指地，唯我獨尊。唐君毅認為儒學的宗教性還表現在三祭之禮上。所謂三祭是指儒家對天地、祖先、聖賢人物的祭祀。儒家的思想，不管是義理派、辭章派、考據派、事功派，都沒有排斥禮樂製度下的祭典，並在祭典中表現了儒家的宗教性。唐君毅說：
吾人不能論祭祖宗與天地聖賢，隻是一儒家哲學理論，因此為中國過去民族生活中之實事。亦不能謂其為一般之道德心理或道德行為。因一般之道德心理與行為，皆不以死人及天地為對象。吾人對死者，可有一歉疚之心理，然此不須表於祭祀行為。
儒家是道德的理想主義者，如牟先生所言，但是儒家在祭典之中所表現出的精神，實在並不隻是道德所能夠拘的，它有超乎道德之上的宗教的意義。
孔子雖然說“未知生，焉知死。”（《論語?先進》），不願談論怪力亂神，但是他也說：“祭如在，祭神如神在。”（《論語?八佾》），因此祭禮之中，天地人交感相通，鬼神雖不能確定其有無，但是它“亡而若存，如來格生者”，在若有若無中，人與天地鬼神互相感通，在儒家思想中，這種精神確實是存在的，不容否定的，它既是道德的，也是宗教的。而且在其中有一個心靈向上超升伸展的功用。唐君毅說：
中國傳統之宗教性之祭，則因其不重祈求而特重報恩，故此祭中之精神，為一絕對無私之向上超升伸展，以達於祖宗、聖賢、天地，而求與之有一精神上之感通。則此中可不生任何流弊，而其使人心靈之超越性、無限性得表現之價值，則與一切宗教同。
儒家之祭的宗教精神，並不比任何宗教遜色，而且是絕對無私的向上的精神，表現超越性的價值，足以和各大宗教平起平坐，為人類宗教精神的高峰。
他認為儒教高於佛、耶二教的根本在於儒教可以涵攝佛、耶二教，而佛、耶二教不能涵攝儒教。因此，他提出了立於儒教，參照佛教，同時吸收世紀諸大宗教之長，建立與基督教不同的未來新宗教的設想，借以消除古今中外的宗教紛爭和衝突，使每一個人都得到安身立命之所。
徐複觀從思想史的視角考察了儒學宗教性的淵源、發展。他認為春秋時代以禮為中心的人文精神，並非將宗教完全取消，而係將宗教也加以人文化，使其成為人文化的宗教。孔子順著春秋時代以祭祀表現人文的傾向，更向前邁了一大步。在孔子以及由他發展下來的祭祀中，是通過推自身誠敬仁愛之德，以肯定祭祀的價值。並在自己誠敬仁愛之德中，不忍否定一般人所承認的鬼神之存在；其目的隻在盡一己之德，並無所求於鬼神……所以可以說這不是宗教的祭祀；但更可以說這是從原始宗教的迷妄自私中，脫化淨盡以後的最高級的宗教性祭祀。他還論證了儒家的性與天道思想所代表的宗教感情。他說：
孔子實際是以仁為人生而即有，先天所有的人性，而仁的特質又是不斷地突破生理的限製，作無限地超越，超越自己生理欲望的限製……仁之先天性、無限地超越性，即是天道；因而使他〔孔子――引者〕感到性與天道，是上下通貫的。性與天道上下相貫通，這是天進入於他的生命之中，從他生命之中，給他的生命以道德的要求、規定，這便使他對於天，發生一種使命感、責任感、敬畏感……在這種地方，可以看出最高地道德感情，與最高地宗教感情。
當代新儒家的第三代人物杜維明、劉述先等，具有開放寬容心態，對西方宗教有了更全麵的理解。他們在唐、牟的基礎上，又借助西方宗教存在主義或其他宗教學家等有關“宗教”的新界定、新詮釋，麵對西方讀者或聽眾，積極闡發儒學的價值與意義，主動與基督教、天主教、回教對話。他們對神性與人性、道德精神與宗教精神、終極關懷與現實關懷、內在超越與純粹超越的問題作了進一步探討，尤其闡發宋儒“身心之學”、“自我”觀念與自我實踐過程中的本體論意蘊和倫理宗教的特質。麵對兩種西方模式――科學主義模式與絕對外在的上帝模式的夾擊，他們做出了創造性回應，努力與西方神學界溝通。
杜維明受史薺慈、史密斯、帕森斯及艾律森等西方肯定宗教在現代社會中存在價值的學者影響，通過發掘儒學宗教性以與西方宗教界、學術界對話。他指出：“中國傳統文化的宗教層麵，特別是儒家傳統中的宗教性是什麼？他的特殊的超越性格是什麼？超越的類型是什麼？這正是需要我們深入討論的。我們既不能接受從工具理性的角度來宣揚儒家的所謂無神論，也不讚成以基督教或其他一元宗教的‘超越外在’來補救儒家傳統‘超越內在’的不足。前者將儒家思想作了很多的局限，遺棄了很多有生命力的資源；而後者則是一相情願地把一個特殊文化形態中的宗教性移植過來，其可能性有多大是值得懷疑的。”“儒家的宗教性在世界各大宗教傳統中不能說獨一無二也是非常突出的：儒家的宗教性就是要在這個凡俗的世界裏麵體現其神聖性，把它的限製轉化為個人乃至群體超升的資源。”
通過比較儒家與基督教、伊斯蘭教和佛教這些真正意義上的宗教來說明儒家的宗教性：“雖然在儒家的象征主義中，缺乏像作為‘全然的他者’（wholl yother）概念化的上帝那樣的超越者，但是作為道德創造、生命意義以及終極自我轉化之根源的天道，卻構成貫穿儒家傳統的顯著特征。在這個意義上，所有主要的儒學思想家都具有深刻的宗教性。當然，他們具有宗教性方式顯然不同於在像基督教、佛教和伊斯蘭教那樣的組織化宗教中所表現的形式，但是，他們對生命的崇敬、對工作的信守以及對終極自我轉化的奉獻，卻是基於在情感的強烈和目標的嚴肅上可堪與世界任何偉大宗教相比肩的一種感召（calling）之上的。”這裏，他是“把成為宗教的人的儒家取向界定為一種終極的自我轉化，這種轉化既是一種群體行為，又是對超越的一種誠敬的界定……儒家的宗教性是經由每個人進行自我超越時具有的無限潛在和無可窮盡的力量而展現出來的。”他強調，“有神論的上帝觀念，更不必說所謂的‘全然的他者’，在儒家傳統中是完全沒有這類符號資源的。他探究儒學宗教性中的超越問題時，我們必須小心謹慎，不要把那些僅是邊緣性的問題引進到它的中心層麵。”這顯然是反對以西方的上帝比附中國文化中的天、帝等傳統觀念的。