儒學與宗教問題的討論也應該在不同文明間的對話層麵進行，這是這次討論中許多學者提出的意見，也是與以往討論最大的不同。事實上，這此討論本身就引起了海外同行的注意，通過國際互聯網關注以至直接參與討論；同時，大陸學者也具有很寬廣的視野，能夠較客觀較超越地站在人類文明發展的高度進行思考和討論問題。在這方麵著力的有侯軍、張祥龍、韓國的宋榮培和崔英辰、美國的安樂哲、方朝暉諸位先生（大致按參與網上討論的排序）。
侯軍先生在《關於挺立儒學宗教性之我見》一文中認為，在這樣的一個時代的價值主題兼趨勢下麵，我們要看儒學在整個的國際文化價值語境中的位置，然後製定一個對話的策略。應該說，儒家文化（特別是結合了釋道之後的泛儒家價值係統）擁有一套關於宇宙人生的解釋體係，最後歸結為“天人合一”上麵……有趣的是，它對人生過程的重視、它的俗世化特征（secul arization）竟與現代基督教之過程神學有契合之處。
張祥龍先生在《東西方神性觀比較――對於方法上的唯一宗教觀的批判》一文中通過東西方神性觀的比較，批判方法上的唯一宗教觀和西方中心論，認為中西或東西方神性觀的不同不隻是事實的，而更是方法上的或基本思維方式上的。這一點可以從明清時代基督教與中國文化的接觸中看到。利馬竇等傳教士想將基督教的神比附為中國的“天”（譯“God”為“天主”或“上帝”），以求盡量減少這兩種神性觀之間的對抗。但對雙方都有一定了解之後，一些有見地的神父（比如龍華民）和中國學者（徐光啟等）就看出西方的耶和華――基督與中國的天――上帝之間的巨大差異遠勝過其相似之處。而且，中國學者最不能接受者正是基督教之神的人格實體性。中國的非實體的神性觀不是西方的傳統宗教――哲學觀所能說明得了的，它不隻是一種文化現象，而是一個對於終極問題有自己的獨特理解方式的平等對話者。
韓國的宋榮培先生在《利瑪竇的<天主實義>與儒學的融合和困境》一文中通過利瑪竇在中國傳教過程中天主教與儒教的衝突與融合，指出《天主實義》裏所探討的若幹哲學問題畢竟牽涉到東西方的形上學之根本差異。利瑪竇明知這些差別。所以，他從一麵根據亞裏士多德之形上學的和阿奎納的神學觀批判宋明理學，另一麵肯定儒家倫理。他接受儒家倫理所強調的個人的道德啟發之重要性，因而比附儒家倫理，以說明基督教倫理也是歸於行“仁義”。而且利瑪竇從儒家經傳裏找出“上帝”或“天”之概念，而說基督教所講的“Deus”就是中國古代人所祭祀的“上帝”或“天”。因此，他開拓了所謂適應於儒教文化的基督教本土化之第一步，在這一點上利瑪竇作出莫大的貢獻。《天主實義》特別揭示出人間的良知良能就是基督教和儒教的思維之共同出發點，因此開拓基督教和儒教之間的更有深度的對話的新地平線是對人的良知良能的探索。