在這次論戰中，許多學者從哲學、宗教學、文化人類學等角度對儒學和宗教問題進行學理的探討，使這次討論具有一定的學術深度，有利於某些概念的界定、某些範疇的明確、某些思路的清理。在這方麵著力的有蒙培元、黃玉順、鞠曦、侯軍、郭齊勇、郭沂、何光滬、鄭家棟、任文利、彭國翔、盧國龍、趙吉惠、加拿大史彤（ThomasW.Selover）博士、韓星、加潤國（大致按參與網上討論的順序排列）。
蒙培元先生在《如何理解儒學的宗教性？》一文中指出儒學所說的天，是指宇宙自然界，它是一切生命的創造之源，因而具有神聖性，但不是神。天有形而上的超越層麵，但不是超自然的絕對實體。人是天之所生，又是德性的存在，人以完成其德性實現與天德合一的境界，可說是一種自我超越，但絕不是離開現世人生而進入另一個世界。在儒學中隻有一個世界，沒有兩個世界。儒學有敬天思想，包含著深刻的宗教精神，但不是神學宗教。儒學是一種人文主義宗教。儒學就哲學層麵而言，是將自然界視為生命和價值的根源去理解、去對待，因而有很深的敬畏之心。這正是一種宗教情感。哲學與宗教是相通的。正是從這個意義上說，儒學也可以說是一種自然宗教。實際上，人文主義宗教與自然宗教這兩種說法是同一問題的兩個方麵。從人的方麵說，儒學所要解決的是人的本性及其自我超越、終極關切的問題；從自然方麵說，儒學所要解決的是生命的來源以及終極實在一類的問題。任何一個方麵都不能離開另一個方麵，二者都有某種宗教涵義，即對自然的崇敬與敬畏，不管這種敬畏之情是以何種方式表現出來的。
黃玉順先生在《“超越”的困惑：解決儒學與宗教問題之關鍵》一文中，認為儒學與宗教問題的要害就是關於“超越”的問題。他的觀點，簡單說就是同意杜維明先生“儒學具有宗教性”的提法，但不同意現代新儒家把“內在超越”視為儒家所特有的超越方式的觀點；同意“儒學具有超越性”的判斷，但不同意李申先生“儒教就是宗教”的斷定。儒學是超越的，並且是內在超越的，但這不是儒家的獨有特征，中外都有不少的哲學和宗教是內在超越的；儒家是具有宗教性的，但不能簡單說儒家就是宗教。這裏問題的要害，就在如何理解“超越”。通過對“超越”及與此相關的“信念”、“預設”等概念加以考察，可以看出，哲學的“先驗”、“超驗”與宗教的“超越”語出同源而相通，形成一個“超越譜帶”。超越問題的理論視域是個體性、先驗性、存在性三大原則。超越基於信念（其中理想性信念基於存在性信念）；信念基於預設。儒學是內在超越的，但這種內在超越性並不是儒學特有的。就超越者來看，儒學顯然不是宗教，但同時具有宗教性。但從總體上看，儒學的哲學性遠遠大於宗教性。
鞠曦先生在《<中國儒教史>反思：必須終結的曆史――由“科學論戰”到“學教之辨”》中認為不應以西化的思想理路、西方宗教的概念範疇推定中國儒學、道學等具有教化作用的內容和形式，中國文化自成係統，具有獨立的曆史進路。由於後儒誤讀了孔子的思想體係，失落了“窮理盡性以至於命”的儒學之道，因此應當把孔子儒學和漢代之後的儒學加以區分。孔子儒學是哲學和科學性的思想體係，這是需要正本清源才能厘清的思想內容，是極為寶貴的思想財富。以宗教化的理路解構儒學（如《中國儒教史》），是對儒學的歪曲；以宗教性的理路建構儒學（如港台新儒學），是對儒學的異化。因此，儒學不是宗教。他還對鄭家棟先生在《問題點評：思想史視域中的“儒教”之爭――訪鄭家棟研究員》一文中的觀點進行了正本清源的辨析，認為鄭家棟先生將引發這場爭論“點評”為“偶然”，顯然是過於輕率；把性質“點評”為“吵架圍觀”，則是過於武斷。把正在進行討論爭鳴的儒學與宗教問題，“點評”為“思想史視域中”的問題也是不全麵的，在問題的基本性上是一個誤判。《中國儒教史》的論域是在“中國文化史、思想史、哲學史”等諸方麵，是史學性質的著作，其論域並不僅僅在“思想史”方麵。在新儒學的宗教性理路中討論儒教問題，仍然不是一個在思想史視域下能夠厘清的問題。儒學中沒有足以利用的宗教性資源，因此，儒學的宗教性推定是新儒學的獨創，與傳統儒學、尤其與孔子儒學毫無關係。如果在這個意義上談論儒學在思想史視域中的宗教性問題，雖然是可以理解的，但是，卻並不能解決儒學的複興問題。