正如有的學者所言，“任先生便以一個宗教研究者的思維框架，用批判的眼光，按照宗教的一般式樣，把儒教（理學）描繪成了純粹意義上的宗教。他的這一思想得到其後學的認同和發揮，現已在學術界逐漸形成了一個‘儒教宗教論派’”。對此，李申是表示讚同的，“從二十年前僅是任先生一人的主張，而無一人響應，到今日能被稱為有一個‘儒教宗教論派’，筆者作為讚成儒教是教說的一員，也就是作為‘儒教宗教論派’的一員，是感到高興的。不論學術界將來會如何對待苗教授這個稱謂，筆者本人作為其中的一員，是讚成這個稱謂的。”同樣的意思在《中國儒教史》後記中也有更明確的表達。
得注意的是，張岱年作為中國哲學史研究的大師級人物，曾經堅決反對儒教是教說，可以在世紀之交則公開聲稱：“近年我又思考這個問題，認為假如對於宗教作廣義的理解，雖不信鬼神、不講來世，而對於人生有一定理解，提供了對於人生的一定信念，能起指導生活的作用，也可稱為宗教。則以儒學為宗教，也是可以的。”此前，他在給香港孔教學院院長湯恩佳先生著《孔學論集》寫的序中說：“孔子不語怪力亂神，言生而不言死，在這一意義上，孔子學說與其他宗教不同。然而孔子提出了人生必須遵循的為人之道，使人民有堅定的生活信仰。在這一意義上，孔子學說又具有宗教的功用。可以說孔學是一種以人道為主要內容、以人為終極關懷的宗教。”這就是他近來對於這個問題的看法。
季羨林先生則認為，孔子的學說不是宗教，但是後來到處“建聖廟，舉行祭祀，則儒家已完全成為一個宗教。”並說從“儒學”到“儒教”是一個曆史演變的過程，和從佛學到佛教的發展極其相似。
張立文先生在《“儒學是否宗教”筆談?關於儒學是“學”還是“教”的思考》中談到他認同儒教是教說的原因，在出國時有學者向他介紹海外華僑在宗教信仰上的困惑：按照當地政府規定，嬰兒報戶口必須填寫宗教信仰這一欄目，否則是不能上戶口的。由於華僑大都信儒教，所以就填儒教，而當地政府又不承認儒教是宗教。因此，他認為儒教究竟是不是宗教？需要作出回答。他的回答是，宗教大體上說有兩種形態：一是體製化的宗教，二是精神化的宗教。前者指宗教在自身發展過程中形成了自己的教義、教規、教儀、教團等等，如基督教、伊斯蘭教、佛教、道教、印度教、猶太教等，後者指具有終極關懷和靈魂救濟功能的宗教信仰文化係統，包括宗教理論、禮儀、製度、戒律、文化等。如果超越基督教的模式為衡量一切的標準，則儒教就是宗教。儒學既然有很深厚的天命的宗教根基，又具有終極關切和靈魂救濟的內在超越的品格和功能，儒學自身已具備精神化宗教的性質（或稱其為智慧型宗教）。隻要對儒學或儒教極度地尊敬和崇拜，作為精神化宗教的儒教，便是教。這顯然是在這幾年世界範圍的肯定宗教積極作用的大氣候下對儒教進行的實用性判釋的結果。
對於這幾位老先生的意見，我們要進行分析。首先，他們都是對宗教作了泛化的理解，相應地把儒學也進行了泛宗教化的理解；其次，他們不同程度受了海外現代新儒家或孔教活動的影響，傾向於認可儒教的宗教性；再次，他們都感受到了近幾年世界範圍的宗教熱以及宗教在國家政治、經濟、文化中的巨大影響，不自覺地有以儒教高揚民族文化的意識。但是，他們之肯定儒教與任繼愈、李申他們在價值指向上仍然存在著相當大的差距，即大陸“儒教宗教論派”是否定儒教乃至整個中國傳統文化的現代價值的。
在“儒教是教”說“蓬勃發展”的過程中，還有幾部專著問世。加潤國的《中國儒教史話》，李申的《中國儒教史》（上、下卷），張榮明的《權力的謊言――中國傳統的政治宗教》。
應該提及的加潤國的《中國儒教史話》是以“儒教”之名談儒學，其實就是一部通俗的儒學發展演變史，並沒有儒教是教的觀點。他在書後的“附錄”――《“儒教”考釋》一文中說儒家是一種研究和教導人們如何修身養性、齊家治國、協調關係、永享太平的大學問和大說教，其最基本的東西是人生哲學、社會學、政治學、曆史學等，是一個包羅萬象的體係，一種獨特的東方的中國的孔家的“主義”。後來李申把加潤國作為“儒教是教”說的同道，據說是加潤國改變了觀點，所以現在是旗幟鮮明地成為了大陸儒教派的成員。
李申的《中國儒教史》是於1996年被批準立項的國家社會科學基金資助的重點研究項目，於1998年完成。全書分上下兩卷，共約150萬字，200幅圖片。已經分別由上海人民出版社出版於1999年12月和2000年2月出版。這是站在儒教是教的立場上，與儒教非教說針鋒相對的對所謂“儒教”進行係統論證的一部專著。作者是以任繼愈的“儒教是教”說為基礎做了極端化的發展，從單一的宗教角度審視中國傳統文化，把整個中國文化宗教化了，為此作者花費了大量時間、精力，單線條地組織了大量材料，以平推的方式，描繪出他頭腦中的儒教，也就是他所認為的整個中國“傳統文化”整體的基本麵貌及其發展脈絡。基本內容就是他在《序言》中說的：“由於過去的傳統文化研究是以儒教非教立論，而本書是以儒教是教立論，可以想見，幾乎一切重大問題上，都可以碰到和傳統見解的差異。依傳統見解，儒家重人事；本書則要說明，儒家之所以重人事，乃是要履行輔相上帝的義務。依傳統見解，儒家是講倫理道德的；本書則要說明，在儒者們看來，他們所講的仁義禮智，三綱五常，正是天、上帝的意誌。傳統認為，儒家是反對鬼神信仰的；本書則要說明，儒者們可以反對禮製以外的淫祀，可以反對神人同形，但是不反對鬼神的存在，特別是不反對上帝的存在和它對世界的主宰、對人的賞善罰惡。依傳統結論，天人感應之學是漢代經學的外道；本書將要說明，天人感應之學正是漢代經學的主導。傳統認為，魏晉玄學講天道自然，否定上帝；本書將要說明，天道自然並沒有否定上帝的存在，更沒有取消對上帝的信仰，不過他們認為的上帝是個清靜無為的上帝，不是一個事事幹涉的上帝罷了，就像他們希望人世的君主是個清靜無為的君主，而不是一個多欲的君主一樣。看來，它實質上可以是什麼關係，然而在古人的心目中，它本來乃是神與人的關係，那物質的、元氣浩大的蒼蒼之天，就是被儒者尊而君之的上帝、皇天。至於孔子，人們祭祀他，就像祭祀天地日月、山川社稷一樣，就是把他當成了一尊神，是和老君、釋迦一樣的神。所謂聖人，就是人神的中介，是天意的傳達者。”
該書出版以後，有許多並非實事求是的讚揚，使作者不由自主地有點飄飄然，對來自反麵的批評也就不能平心靜氣，於是就出現了2001年10月-2002年8月近一年時間的孔子2000網站的由這部書引發的“儒學與宗教”問題學術論戰（詳見本書第二章）。
《中國儒教史》全書分上下卷，共十三章：
第一章，儒教前史。一是敘述上古至春秋之前中國傳統宗教，二是春秋和秦漢之際的宗教狀況，三是天人關係的新階段和諸子學說，四是孔子與儒家。認為這些宗教現象為儒教前史。
第二章，初興的西漢儒教。一是儒教的誕生，二是董仲舒的儒教思想，三是漢武帝與神靈祭祀，四是西漢經學，五是西漢儒者對神靈祭祀的整頓，六是儒教論爭，七是儒教的學術和藝術。
第三章，東漢儒教。一是讖緯盛衰，二是東漢經學，三是《白虎通義》對教義的統一，四是東漢儒教的祭祀製度，五是天人相與舉實，六是東漢儒教的異端思潮。
第四章，魏晉南北朝儒教。一是天命與祭祀，二是魏晉南北朝時期的儒學，三是玄學――儒學的深化和染雜，四是天道自然的廣泛影響，五是儒與道、佛二教。
第五章，隋唐儒教。一是隋唐時代的天人之際，二是隋唐儒教的神靈與祭祀，三是隋唐儒學，四是儒教在各個文化領域，五是隋唐時代的儒、佛、道三教。
第六章，宋代儒教的前驅。一是複興儒教的呼聲，二是天人關係的爭論，三是儒教心性論的崛起。
第七章，北宋儒教。一是儒教複興運動的續篇，二是北宋儒教的神靈係統和祭祀製度，三是以王安石為代表的北宋儒學，四是世界模式論，五是張載、二程的新儒學，六是北宋佛、道二教概況。
第八章，南宋儒教。一是南宋祭祀禮儀的變遷，二是南宋儒學的變遷，三是王學與反道學者的儒學，四是南宋初年的程學，五是朱熹的理學思想，六是朱熹的同道和講友，七是朱熹的異道和論敵，八是朱熹的後繼者。
第九章，遼金元儒教。一是遼代儒教，二是金代儒教概況，三是金代儒者的理論，四是元代儒教概況，五是元代儒者的理論探討，六是南宋、遼、金、元時期的佛教與道教，七是宋、遼、金、元時代的自然科學。
第十章，明代儒教。一是明代初年的儒教建設，二是明代前期儒教思想的發展，三是明代中期王守仁學派的崛起，四是嘉靖禮製改革，五是明代中期其他儒學思潮，六是儒教世俗化的進一步發展，七是明末危機四伏中的儒教，八是明代儒教和其他宗教，九是明代儒教和自然科學。
第十一章，清代前期儒教。一是回到六經，二是明代遺民的儒學，三是清朝新貴的儒學，四是清代的神靈與祭祀，五是清代前期儒教和其他宗教，六是回到了六經的乾嘉經學，七是清代前期的儒教和自然科學，八是風雨前夕的儒者之憂。
第十二章，清代後期風雨飄搖中的儒教。一是儒教與自強，二是上帝教――儒教與基督教融合的產物，三是儒教的回光，四是儒教對西學的容納，五是戊戌變法和儒教改革，六是儒教的滅亡和滅亡前的掙紮。
第十三章，儒教餘波與科學的勝利。一是儒教餘波，二是科學的勝利。
從這個繁瑣的目錄可以看出，全書是以儒教為貫穿的單一線索。以這個線索，他把儒學的內容強化以宗教，又加以曆代的祭祀製度和官吏的有關鬼神迷信的文字，就構成了一個以儒教為核心對中國傳統文化全麵進行解構的敘述框架。實事求是地說，李申在文獻資料上是下了功夫的，這非常符合現在學術界所謂“功力”、“功底”的要求。這個要求本身是必須的、應該的、也是對目前虛浮學風的反撥，是推動中國學術研究深化的起碼要求。但是，文獻資料的功力要與學理、思想結合起來，才有可能成為真正有價值的、深刻的學術，而不是強調某一方麵又忽視了另一些方麵，這樣，中國的學術研究水平永遠不可能提高，就隻能製造越來越多的出了印刷廠，為作者帶來利益，然後很快就進入造紙廠的學術廢品。當然，《中國儒教史》不會這樣，它起碼在可以作為中國古代有神論研究的“資料大全”，以供無神論學會使用。隨便說一句，李申是中國無神論學會的秘書長。
顧士敏在《論儒教文明》中認為：“‘儒教’之雖不是純粹的宗教，但卻又是一種‘準宗教’，是因為它在追求的現實政治價值中，所欲完成的也仍然是社會‘教化’。但如果以‘專製國家’的形式來擔負對全社會的‘教化’責任，那麼這一‘教化’就必然是以某種‘文化’的形式出現，而這一‘文化’就必然是‘政治’的而且是最大的‘政治’。”在這個意義上，可以說，儒教“是一種‘人文宗教’，但卻又是一種相當於宗教的庸俗化的社會意識形態。”