自80年代末起，爭論就在更大的範圍展開了，爭論的參加者多了，從過去的年長的老一輩學者逐漸發展到了許多中青年學者。
反對“儒教是教”說的文章或發言有：唐亥《儒學不是宗教》，郝逸今《儒家?儒教?儒學》，周黎民、皮慶侯《儒學非宗教論――與任繼愈先生商榷》，鍾肇鵬《以儒學代宗教》，康占傑、陳風華《儒學非宗教》，餘敦康《關於儒教研究》，郭豫適《儒教是宗教嗎？》，成中英《儒學與宗教性問題――成中英教授與中國社科院專家對談紀要》和王恩宇《儒學與宗教性問題――成中英教授與中國社科院專家對談紀要》，薑廣輝《儒學是一種意義的信仰》，蔡尚思？《“儒學是否宗教”筆談?儒學非宗教而起了宗教的作用》，苗潤田、陳燕《儒學：宗教與非宗教之爭――一個學術史的檢討》，盧鍾鋒《世紀之交的儒學泛宗教化問題》，??鄒昌林《儒學與宗教的關係》，??加潤國《“儒教”考釋》，??孫景壇《“五?四”批孔獻疑》，??修建軍《關於儒學究竟是否宗教的邊緣性思考》和劉雪飛、李建《儒學非宗教性探析》??。
對於任繼愈反複申述和發展他的觀點，也不斷有學者有針對性地進行批評，有學者進行了辨證，有學者提出了商榷。現在簡述爭論中的不同觀點。
郝逸今先生在《儒家?儒教?儒學》一文中對儒家、儒教、儒學三個概念從思想學術史上進行了區分，他考察了儒家形成的曆史和特征，認為“儒家並不是宗教，孔子創立的是儒家學派而不是儒教，諸子互攻，乃是不同學術觀點的爭鳴，而不是爭教。”至於儒教，他認為在中國封建社會，從漢以後到清末儒家學派有一個“宗教”化的過程，儒家學派的創始人孔子逐漸被神化。這裏他給“宗教”帶著引號，原因是他認為經過一些“權勢者”和封建士子以及孔門後學的造教運動，使得儒家學派在很多地方與宗教相似。一些人根據“神道設教”與“聖人設教”這一點而認為儒家就是宗教。為了論證儒家的宗教性質而牽強附會地把儒與佛道比附，“但儒家並未因此變為宗教”，其學說仍然是：“遊文於六經之中，留意於仁義之際，祖述堯、舜，憲章文、武”，而“助人君順陽陽明教化者也。”“孔子是封建社會的聖人，是儒家學派的開創者，而不是什麼‘大地教主’。”“儒家不是儒教，和道家不是道教，墨家不是墨教一樣。”儒學是封建時代文化的代稱。儒學有廣狹之分，廣義儒學幾乎包含封建科舉考試的全部內容，即《四書》和《五經》，以及封建時代有關經、史、子、集的著述。狹義的儒學則專指儒家學派。從空間上說，儒家不同於儒學；從時間上說，儒學是儒家的發展。儒學可以包含儒家思想，儒家學說卻不能概括儒學。曆史在發展，中國儒學也在發展。儒學不斷吸收、凝聚、積澱、豐富、演化、創新。五四運動後出現的“新儒家”思想就其思想體係說，比較自覺地把認識問題集中在思維與存在的關係上，克服了古代儒家的原始性和樸素性，同時又表現為對民生和人權的關注，並使儒學具有更多的思辨性和理論色彩。
周黎民、皮慶侯先生《儒學非宗教論――與任繼愈先生商榷》一文中首先討論了宗教的含義，指出宗教就是對神的信仰和崇拜。然後針對任繼愈“從董仲舒起，孔子被抬上了宗教教主的地位……漢代的孔子就成了儒教莊嚴的神聖的教主，他被塑造成神”這一觀點反駁道：“孔子並非上帝和聖母所生，而是叔梁紇和顏征所生，孔子也沒有自稱是神……董仲舒的著作中，並不見他稱孔子為神的話，他對孔子的最高稱呼是王，而且是‘素王’……曆代統治者給孔子大串的封號中，並不見有半個神字，相反，從曆代統治者給孔子亂加封號的情況看，孔子不但沒有成神，而且到後來連王號也保不住了，隻好當‘至聖先師’”。針對任繼愈說儒學經過宋儒的第二次改造變成了宗教，他在前麵已經證明孔子不是神的基礎上，認為“天地君親師”也都不是神，天按董仲舒的說法，的確是神。但漢代後，儒學對天的看法有了變化，天從有意識的神，變成了自然之天或義理之天。地不用說了。君（皇帝）在一般老百姓眼中是神，但在儒學大師眼中卻仍然是人。《孟子?告子》中說：“人皆可以為堯舜”，堯舜在儒家眼中是最聖明的君主，孟子卻說人人都可以變成堯舜，若君主是神，豈非人人都可以變成神了？顯而易見，堯舜是人。更有甚者，像商紂、夏桀、秦始皇那樣的殘暴之君，儒家乃斥之為民賊，獨夫。至於父母、老師都可以肯定是人而不是神。因此，“孔子不是神，天地君親師也不是神，因此宋儒的理學也就不能成為宗教。”
關於任繼愈所說的儒教具有宗教的幾種基本特征，他們逐條加以分析。任說：“進入高級階段的宗教都有他們不同的原罪說，宣傳人生來就有罪，必須靠宗教的精神訓練來拯救人們的靈魂。程頤說：‘大抵人有身，便有自私之理，宜其與道難一。’”（《論儒教的形成》）他們指出，對人性善惡的看法，中國思想界曆來便有爭論。如果因程子講了句人有自私之理的話，就斷定儒學中有原罪說，那麼荀子早已提出原罪說。
任說：“儒教宣傳禁欲主義。”（同上）他們說，不可否認，宋儒是說過“存天理，滅人欲”之類的話。但是，我們不應被表麵現象所蒙蔽，因為宋儒的滅人欲與宗教裏的禁欲主義有著本質的區別。首先，儒學的人欲與宗教的人欲，字雖相同，而具體內容則大不一樣。如佛教中的人欲即所謂的八戒：吃肉、喝酒、結婚等人的正當欲望都是人欲，應徹底戒除。而儒學裏的人欲，是指危害社會安寧的私欲，亦即孔子所謂非禮的東西。儒家對人的正當欲望，非但不禁止，反而鼓勵人們努力去滿足。其次，宗教裏的禁欲與宋儒的去人欲，其目的完全不同。宗教裏的禁欲是為了來世的幸福，是虛幻的；宋儒的去人欲，是去掉那些危害社會安寧的私欲，是現實的。因此，不得把宗教裏的禁欲和宋儒裏的去人欲等同起來。
任說：“宗教裏要宣傳一個至高無上的神，儒家亦宣傳敬天、畏天，稱國君是天的兒子，君權和神權緊密結合起來，國君被賦予神性。儒教還有祭天、祀孔的儀式。”（同上）他們說，祀孔的儀式，隻是表示不忘先輩，勉力後進的意思。祭孔的儀式，與其說是為了死者，不如說是為了活人。曾子說：“慎終追遠，民德歸厚矣。”（《四書集注?論語注》）荀子說：“祭者，誌意思慕之情也……其在君子以為人道；其在百姓以為鬼事。”（《荀子》）
任說：“宣傳‘以貧為榮，以貧為樂’。也是儒教的一個重要內容。儒教著作稱讚有道之士‘雖簞瓢屢空，宴如也’。”（同上）他們說，儒家的主流思想是樂道，而非安貧。儒學者並沒有宣傳過“以貧為樂”，更未宣傳“以貧為榮”。相反，從孔子到朱熹都以貧為恥，認為富貴是應用正當手段追求的。孔子說：“邦有道，貧且賤焉，恥也；邦無道，貴且富焉，恥也。”（《四書集注?論語注》）孔子甚至說：“富而可求也，雖執策之士，吾亦為之。”（同上）
任說：“儒教把一切學問都歸結於宗教修養之學，儒教不去改造世界，而是純潔內心，不向外觀察，而是向內反省，不去認識世界的規律，而是正心誠意當聖賢。”（同上）他們說，朱熹一方麵主要研究修己治人的帝王之學，另一方麵也探討宇宙萬物的奧秘。他研究了氣化萬物的過程、宇宙的演化、宇宙的結構、地球的來源，並提出了一些有科學意義的見解。
總之，儒家思想不是宗教，也不可能被任何人變成宗教，就是康有為也沒有那個能力。因為儒家是不信且批判宗教迷信的。但是儒家對宗教迷信不僅持了一種批判的態度，而且還持了一種利用的態度，這種對宗教迷信的利用，就是儒家思想中的“神道設教”。這種思想被後世統治者所廣泛采用，對中國社會產生過深刻影響。
鍾肇鵬《以儒學代宗教》一文主要是介紹馮友蘭先生儒學可以代替宗教的觀點，也有自己的體會和發揮。如何區分哲學、宗教、科學？哲學訴諸理性，宗教訴諸信仰，科學訴諸實驗。馮先生主張以哲學代宗教，鍾肇鵬先生概括為“以儒學代宗教”。中國古代把自然稱為“天”，哲學是貫通天人的，所謂“究天人之際，通古今之變”。宗教是在自然界和人類社會之上相信有一種超自然、超社會的“神”主宰著人類和自然，而“神”則存在於彼岸的另一世界裏。馮先生說：“神話和宗教，其目的和作用，都在於說明人和自然的關係，使人知道在自然界中所處的地位，從其中可以得一個‘安身立命之地’。”（馮友蘭：《三鬆堂自序》，第264-265頁）但這是低層次的，天地境界則是由反思而得的對“理”和“真際”有完全的“覺解”的精神境界。因此，馮先生說：“天地境界是人的最高的‘安身立命之地’。”（同上第265頁）馮先生認為哲學與宗教的區別有四點：第一，宗教基於迷信，哲學則側重理智，反對迷信。第二，宗教一般用形象思維，哲學是用理論思維。第三，宗教所幻想的世界模式是社會組織的反映，哲學所思考的世界是人類精神的創造。第四，信仰宗教的人，一般屬功利境界，精神境界不高，哲學則可以達到最高的天地境界。總而言之，哲學高於宗教，在未來的世界，人類將要以哲學代宗教。鍾肇鵬認為馮先生講的“以哲學代宗教”中的“哲學”，不是別的哲學，就是中國傳統的儒學。因為，其一，馮先生在四十年代完成了他的《貞元六書》，建立了新理學的理論體係。“新理學”實即新儒學體係。其二，馮先生認為儒學較宗教高明，可以起到宗教的作用。