不過，張岱年先生是在整體上對宋明理學抱著批判態度進行論證其基本性質的，所以他最後說：“惟有對於宋明理學作出科學的分析，然後對於宋明理學的批判才能夠顯得深刻而有力。”這顯然是一種曆史的局限，埋下了他以後又認識反複的種子。
為了更深入地論證其觀點，任繼愈又先後在《中國社會科學》1982年第2、第5期上連續發表了《儒教的再評價》與《朱熹與宗教》。而幾乎同時，馮友蘭、崔大華、李錦全等中國哲學史研究的專家、學者也紛紛撰文進行反駁，並表達了不同的意見，形成了爭論的第一個高潮。
馮友蘭先生在《略論道學的特點、名稱和性質》一文中以其深厚的哲學素養和曆史意識，對宋明理學（他所謂的道學）的特點、名稱和性質進行了有破有立的論證。他首先認為道學是關於人的學問，它所要講的是人在宇宙中的地位，人和自然的關係，個人和社會的關係，個人發展的前途和目的。這一類的問題，都是人類精神生活中的比較帶根本性和普遍性的問題。道學家們認為，人和其他萬物都是從一個源頭來的。這個源頭就是“理”。從源頭上說，人和其他萬物本來都是渾然同體的。學道學的人必須先知道這一點，“識得此理”，就是“識仁”。道學並不僅隻是一種知識，所以僅隻“識得此理”還不行，更重要的是要實在達到這種精神境界，要真實感覺到自己實在是“與物同體”。這種境界叫做“仁”。達到這種精神境界的人叫做“仁人”，或“仁者”。道學以仁、義、禮、智為四德，而以仁為基本。
關於“道學”和“理學”這個名稱，馮先生也進行了考辨，認為還是用道學這個名稱比較合適，而用理學這個名稱還使人誤以為就是與心學相對的那種理學，引起混亂，不容易分別道學中的程朱和陸王兩派的同異。隻有用道學才能概括理學和心學。
對於任繼愈把“道學”（理學）當成宗教，他認為任繼愈的標準以及他所用的論證，是值得商榷的。他說中國思想中的儒、釋、道三教的那個“教”，指的是三種可以指導人生的思想體係，這個教字，與宗教這個名詞的意義不同。宗教這個名詞，是個譯文，有其自己的意義，不能在中文中看見一個有教字的東西就認為是宗教。
針對任繼愈說“宗教所宣揚的彼岸世界，隻是人世間的幻想和歪曲的反映。有些宗教把彼岸世界說成僅隻是一種主觀精神狀態。”（《儒家與儒教》），他認為這裏是把對於宗教的分析和宗教混為一談了，說宗教所說的彼岸世界隻是人世間的幻想和歪曲的反映，這是我們的分析，宗教自己可不是這樣說的，如果它這樣說，它就不成其為宗教了。
任繼愈以禪宗為例說明道學是與禪宗一樣的宗教是不恰當的，禪宗所說的涅是超脫輪回了的神的狀況，一個人的肉體如果不存在了，他的超脫輪回了的神仍然存在，而且照禪宗說，存在得更好。這是一種神不滅論。道學和禪宗雖然在表麵上有點相似，但在本質上是絕對不相同的。這個不同就是宗教和哲學的差別。
任繼愈關於宋明理學體係的建立，也就是中國的儒教的完成那一段推論，好象有形式邏輯所謂“丐辭”的嫌疑。所謂丐辭，就是用所要證明的結論，作為前提，以證明那個結論。宗教必須有一個神，作為崇拜的對象；有一個教主，作為全教的首領，這是前提。這個論證，認為“天地君親師”就是儒教崇拜的對象，那就首先應該證明，“天地君親師”是神，孔子是個半神半人的人物，有這樣的性質，孔子有這樣的資格；不能首先肯定“天地君親師”有這樣的性質，孔子有這樣的資格，然後以這樣的肯定，證明儒教道學是宗教……孔子的祖先世係，曆史資料中都有詳細的記載。他的子孫，一直到孔德成，孔氏的家譜中，也都有詳細的記載。無論後世的皇帝給他什麼封號，他總是個人，沒有什麼神秘，也沒有什麼可以懷疑的地方。這樣的人能說是教主嗎？儒家所尊奉的五經四書，都有來源可考，並不是出於神的啟示，這樣的書，能說是宗教的經典嗎？這樣地一考證，如果說道學是宗教，那就是一無崇拜的神，二無教主，三無聖經的宗教，能有這樣的宗教嗎？如果說這也是宗教那恐怕就是名詞的濫用。至於說西方中世紀的宗教的東西，道學都有，因此道學是宗教。這樣地推論，也是不符合邏輯的。在形式邏輯所講的直接推論中，不能把一個命題的主辭、客辭互相調換，由此得出新的結論。因為，在一個肯定命題中，客辭是不周延的。
不能把董仲舒和道學混為一談。董仲舒的天人感應的目的論是宗教，道學的反二氏是反宗教，所以道學的道統論中不列董仲舒，認為孟子死後，道學就失傳了。道學家也認為，董仲舒尊崇孔子有功，但是道學是從孟子繼續下來的。他們的褒貶是有分寸的。
崔大華先生的《“儒教”辨――與任繼愈同誌商榷》針對任繼愈在《論儒教的形成》、《儒家與儒教》兩篇文章中的三個基本觀點進行批評，認為不符合思想史的實際。這三個觀點是：（1）儒教的形成過程。“儒家學說本來就是直接繼承了殷周宗教思想發展而來，本身就具有再進一步發展成為宗教的可能”。儒家學說經過漢代神學的改造和宋代融合佛教、道教的改造，終於形成了“儒教”（即宋明理學）。“宋明理學體係的建立，也就是中國的儒學造神運動的完成。”（2）儒教的理論本質。“儒教（宋明理學）具有宗教的一切本質屬性。僧侶主義、禁欲主義、原罪觀念、蒙昧主義、崇拜偶像，注重內心反省的宗教修養方法，敵視科學、輕視生產，這些中世紀經院哲學所具備的落後的宗教內容，儒教應有皆有。”儒教也有教主（孔子）、崇奉對象（天地君親師）、經典、傳法世係（道統論）等宗教的外在特征。（3）儒教的社會作用。“儒教本身就是宗教，它給中國曆史帶來了具有中國封建宗法社會特點的宗教神權統治的災難。”
崔大華的意見：
首先，儒家學說思想不是從殷周宗教思想發展而來，而是從西周的倫理道德思想發展而來。他論證道：殷周之際，隨著社會政治製度的變遷，思想意識也發生了巨大的變化。殷人的思想意識，主要是圖騰崇拜、自然崇拜、上帝崇拜、祖宗崇拜等宗教的觀念。但從《尚書》中，《周書》各篇裏，卻可以看到周人思想有了重大的變化，例如：第一、周人產生了“敬德”、“保民”的道德思想；第二、周人形成了“禮”的倫理思想。因此，周的統治者和殷人不同，在意識形態方麵，發揮最重要作用的不是宗教，而是倫理道德。
他承認周人的倫理道德中也有很重要的宗教思想因素，但它和殷人的宗教思想既有聯係也有區別。其一，周人的“天命”即是殷人的“上帝”。其次，殷人的宗教觀念和祭祀行為，主要是出於對自然力的恐懼。但周人的宗教思想中逐漸補充了道德的內容，認為祭祀對象都有某種“善”的品質。這樣，在殷周之際，中國古代的宗教思想和倫理思想就發生了“換位”。此後，倫理思想逐漸成為中國思想的主導成分，而宗教思想隻是作為倫理思想的補充和附屬，“天地”（鬼神）隻是人需要處理的各種倫理關係的一種，而不是中心，更不是全部。
孔子繼承周人的倫理思想，並發展之。孔子提出了一個內容極為豐富的、新的道德範疇――“仁”。“孝弟也者，其為仁之本與。”（《論語?學而》）這是說“仁”就是“孝”、“弟”等這些倫理。“仁者愛人”（《論語?顏淵》）。“能行五者於天下為仁：恭、寬、信、敏、惠”（《論語?陽貨》）。這是說“仁”也是個性品質的道德修養。孔子提出“克己複禮為仁”《論語?顏淵》。“人而不仁如禮何，人而不仁如樂何？”（《論語?八佾》）把社會倫理和個人道德修養緊密結合起來。
孔子對宗教淡薄，是倫理取向，非宗教取向。對於周人思想中的宗教方麵，孔子是很淡泊的。他仍保持有傳統的“天命”信仰，如說“五十而知天命”（《論語?為政》）。“死生有命，富貴在天。”（《論語?顏淵》）通觀《論語》可以斷定這是一種模糊的客觀必然性觀念，而非人格神的宗教觀念。同時，孔子也很少談論這些，“子不語怪力亂神”（《論語?述而》）。他覺得現實人世的問題更為迫切，故“季路問事鬼神，子曰：未能事人，焉能事鬼。敢問死？曰：未知生，焉知死？”（《論語?先進》）。這些都表明孔子繼承和發展了西周的倫理道德思想，而棄置了殷周以來的宗教思想。這樣，孔子所創立的儒家學說，就進一步固定了殷周之際已開始形成的那個中國古代文化的發展方向，即倫理的而非宗教的方向。
其次，從先秦儒家到宋明理學的發展，不是造神運動。他說：從原始社會的自發宗教到階級社會的人為宗教，從多神教到一神教，這個宗教思想發展的一般過程，在不十分嚴格的意義上，可以說是一個“造神運動”。但這種情況在儒學中從未發生過，因為儒家學說作為一種倫理思想體係，它的主要理論對象不是超脫於人之外的某種客觀力量或彼岸世界，而是人置身於其中的現實社會的各種關係，它的思想發展主要表現為不斷探索這些關係的最後根源，以論證封建倫理道德規範的絕對合理性、永恒性，以及完成這種道德修養的方法。
儒家倫理關係的根源。崔大華舉例說明這個探索與論證的過程。
孟子：儒家這個論證過程從孟子開始，孟子認為人的倫理行為和道德情操來源於心，是人性所固有的。
董仲舒：到了漢代的董仲舒，開始用“三綱五常”來概括儒家的道德思想，並吸收了當時最能廣泛解釋自然和社會現象的陰陽五行學說思想，來論證其為“天經地義”。
宋明理學：到了宋明理學，更吸收了佛家、道家及道教的思維方法和諸如“事理圓融”、“明心見性”、“天理”、“無極”等思想內容，對儒家所主張的人的倫理道德的根源進行了新的論證。這個倫理根源程朱派認為是“理”（道），陸王派認為是“心”（即“理”）。
宋明理學也提出了道德修養的方法，程朱派提出“居敬窮理”，強調“道問學”，即主張由知識的積累而達到立場的確立；陸王派提出“發明本心”或“致良知”，強調“尊德性”，即主張首先端正立場，則修養自然完成（他還強調“此種解釋是任繼愈同誌主編的《中國哲學史》所提出的”，表示對任現在又提出理學為宗教的不可理解）。這些都是異於先前儒家的具有哲學理論色彩的新論證、新觀點，是對儒家倫理道德根源的哲學論證和對儒學中宗教神學的哲學改造，而非“造神運動的完成”。