“儒教是教”說提出以後，在相當長在時間裏並沒有多少人表示讚同，反之，還遭到了許多學者的反駁。正如任繼愈的弟子李申所說：“在此後的十多年裏，學術界，首先是中國哲學史研究領域，許多學者都在自己的論著裏表示了對‘儒教是教’說的批評意見，而幾乎沒有一個學者表示支持。”“僅是任先生一人的主張，而無一人響應。”下麵僅舉幾位重要的學者的文章加以綜述。
李國權和何克讓先生在《儒教質疑》一文中，對任繼愈的觀點提出質疑。他們認為任繼愈對立論的大前提即孔子創立的儒家學說具有再進一步發展成為宗教的可能是值得研究的。
首先，他們認為任繼愈說儒家的“天命觀”是由殷周奴隸製時期的天命神學發展而來並不確切。儒家“天命觀”的精髓可以從兩方麵來看。其一，孔子的天命觀是對殷周天命神學的否定。孔子的“天”不是上帝的天，不是虛幻的精神世界，而是不斷運行的自然界。其二，孔子對鬼神的存疑，絕口不談鬼神問題，乃是對殷周“天命神學”的懷疑和否定。
其次，孔子的“仁學”是對專製宗法的擺脫。任繼愈認為儒家學說的核心是強調尊尊、親親、維護君父的絕對統治地位，鞏固專製宗法的等級製度。李國權和何克他們則認為孔子的政治思想體係是以“仁學”為中心，孔子提出“仁者愛人”、“克己複禮為仁”等基本命題，是要求擺脫宗法製度的羈絆的呐喊，雖然說它對統治階級也用處，不僅可以用“仁”的思想來調整內部關係，也可以用來調整統治階級和被統治階級間的關係。如果把孟子對此一思想的拓展包含在內，那麼“民貴君輕，土芥寇仇”的命題則完全是對“尊尊”的改造。
再次，從儒家的道德倫理思想和教育思想來看，也並不如任繼愈同誌文章中所說的那樣。孔子的倫理學說和他的政治思想一樣，是以“仁”為出發點的。它有糟粕，但也有如“泛愛眾”、“四海之內皆兄弟也”等等具有積極意義的論點。特別要指出的是，孔子的“己欲立而立人，己欲達而達人”（《論語?雍也》），“己所不欲，勿施於人”（《論語?顏淵》），可以說是最早的人道主義思想。孔子的教育思想，反映了孔子樸素的唯物主義認識論，他主張“多聞”、“多見”，並在這基礎上建立起了一套教學思想。
他們反對任繼愈把儒家發展曆史簡單化、絕對化的觀點。任繼愈認為儒家學說的流傳和發展，隻有一條線索，而且這條線索隻是儒家變成儒教，而無儒家的精華被繼承和發展。李國權、何克讓認為這不符合實際的情況。他們說儒家有“發展成為宗教的可能”，但這僅僅是一種可能，還有其它的可能。統觀二千多年的曆史，宗教學說的流傳和發展，並不是單獨一條線索，而是縱橫交錯，情況極為複雜。他們特別的強調在考察儒家學說的演化過程時，要防止簡單化的方法和片麵性觀點，不能隻看到其接受封建政治改造，被利用作統治工具，“可能”變成宗教的一麵，還要看到有它自己獨立的發展線索以及反宗教的一麵。
具體到儒學發展曆史，他們反對“儒教二次改造說”。任繼愈認為在漢朝的董仲舒對儒家進行第一次改造，形成儒教。李國權和何克讓認為，儒家學說在漢代之所以受到重視，與其說是封建統治者的主觀願望，不如說是曆史的客觀要求。從李斯勸秦二世《行督責書》中看到，這種陰慘刻毒的、獨夫民賊的、極端壓製人民的政治思想，描繪出來的政治生活圖景，自然就是盡滅仁義、殘暴異常的宗法專製主義；劉氏王朝吸取秦亡的教訓，固是選中儒家的一個因素，從社會進化的角度來考察，客觀的曆史要求則是更為重要的原因；人民憎惡暴政、渴求仁政，迫使漢朝統治者棄“申韓之術”、“商君之法”，歡迎與督責之術對立的孔孟正統派的仁義學說。因此，對漢代的儒學，他們提出下列和任繼愈不同的意見：
儒學並沒有成為絕對統治者。在漢朝的時候，儒學並沒有成為各派學說的“統治者”、“太上皇”，就是支持董仲舒的漢武帝，也根本沒有這個意思，在他統治的幾十年間，一直鼓勵“百家之學”、“多說並存”、對“茂材異行”者重用之。所謂“獨尊”，隻不過是利用，或者說是一種“調和”，把各學派之間的尖銳衝突，用皇權的威力限製在一定的秩序範圍之內。
董仲舒的唯心主義、迷信不等於宗教。他們兩位認為董仲舒的《春秋繁露》，是以原始儒學為基礎吸收先秦諸子百家思想、縱橫交錯、互相滲透的新儒學專著。對於這個“第一次改造”的產物，應該給予實事求是的評價。唯心主義不等於宗教，唯心主義隻是通向僧侶主義的道路！“公羊學”徹底陰陽五行化，是董仲舒學說的很重要的部分。其內容雖然蒙上一層迷信色彩，但在封建專製的社會裏，一些正直的儒生可借天變災異，對真龍天子表示異議，進行諫諍，及至有道伐無道，這算得上是對宗教王國神靈無錯的一個消極的否定。
說董仲舒宣揚宗教思想與當時的社會進步矛盾。漢武帝“獨尊儒術”益得安邦，生產發展較快，人口增多，無疑是社會的進步。如果說董仲舒借孔子之口，宣傳適合漢代統治者要求的宗教思想，豈不是等於承認宗教對社會的進步作用？
宋明理學不是儒教的完成。對於宋明理學對儒教的第二次改造，李國權和李克讓指出：
如果說宋學比之董仲舒的漢儒學，偏離原始儒學愈遠的話，也不是像任繼愈同誌所說的那樣：“宋明理學的建立，標誌著中國儒教的完成”。他們通過對宋明理學的粗略分析，認為宋明理學在它的建立過程中，吸收了禪宗的思想，但“不論儒家如何吸收佛教哲學，但對生死問題，在說經時依然保持‘未知生，焉知死’或神滅論的儒家麵目，所以儒學始終不曾宗教化”（《中國通史簡編》，第2編，第438頁）。總之，他們認為，宋明理學的建立，不是“標誌著中國儒教的完成”，從哲學整個發展過程來說，是一個很大的推進，是中國哲學發展的前進運動。
孔子不是儒教的教主。任繼愈認為孔子就是儒教的教主，李國權、何克讓持否定的態度。他們說，在宗教經典中開宗明義宣布耶和華、穆罕默德、釋迦牟尼受命於天，要教徒無條件地聽從這些“獨一”的神的擺布。在儒家著作中，哪個地方宣布了孔夫子受命於天訓導人們超塵出世？任繼愈認為孔子是“儒教”的教主，但宗教教主是享有無限權威的，基督教規定“不可妄稱耶和華的名字”，伊斯蘭教規定“教徒要無條件地聽從穆罕默德的擺布”，佛教中的釋迦是“最高實體”或“終極原因”的化身。然而，孔子則要聽曆代君王的封賞，他的權威性在哪裏呢？是的，作為一家學說的創始人來說，因其學說普遍流傳，名氣很高，甚至被捧上“至聖先師”的寶座。然而，他畢竟不是教主，因為他沒有像穆罕默德那樣，編造一套荒誕的神話，說他得到“安拉”的啟示，在人間來為真主“傳警”、“報喜”和“慈惠眾生”；卻為後人留下了一筆寶貴的文化遺產。曆史上確有某些賤儒或政客，試圖把儒家變成宗教，把孔子“推”為教主，但都失敗了，其關鍵原因在於真正的儒家是反宗教的。
孔子是儒家學說的創始人，不是“儒教的教主”。“稱國君是天子”，雖儒學著作中出現過，但絲毫不像宗教那樣特意去塑造具有無限權威淩駕於一切之上的“神”。
可以看出，他們的意見可以說是針鋒相對，有理有據，互不相讓。
除了李國權和何克讓之外，張岱年先生在《論宋明理學的基本性質》一文中通過對宋明理學的概括論證，反駁任繼愈關於宋明理學是儒教的完成的說法。他把宋明理學分成道學、理學、心學三個流派：一是張載的“氣”一元論，後來到明代的王廷相才得到進一步的發展。二是程頤、朱熹的“理”一元論，後來成為南宋中期至清代中期的官方哲學。三是陸九淵的“心”一元論，到明代的王守仁得到了充分的發展。概括這三派的共同的特點為：
（1）理學為先秦儒家孔丘、孟軻的倫理道德學說提供了本體論的基礎。
（2）理學把封建地主階級的道德原則看作永恒的絕對的最高原則，這樣來為封建等級秩序提供理論辯護。
（3）理學認為在現實生活中提高一定覺悟即可達到崇高的精神境界，而不需要承認靈魂不死，不需要承認有意誌的上帝。
這三個特點是統一的，是不可分割的。
在這樣的基礎上，他認為理學是哲學而非宗教。理學與佛教之間，還有一個最重要的區別，就是：佛教是宗教，而理學隻是哲學，不是宗教。理學不信仰有意誌的上帝，不信靈魂不死，不信三世報應，沒有宗教儀式，更不作祈禱，所以理學不是宗教。他覺得儒教是教說的提出是把唯心主義與宗教機械等同的結果，所以說：“哲學唯心主義與宗教有聯係，也有區別。不承認哲學唯心主義與宗教的聯係，是不對的；不承認哲學唯心主義與宗教的區別，也是不對的。”理學吸取了道教和佛教的一些修養方法，如周敦頤講“主靜無欲”，二程經常靜坐，這是理學家的一個嚴重缺點。雖然如此，周、程的學術宗旨，基本傾向還是與佛教、道教不大相同的。我們不能因為理學家采取了佛教、道教的一些修養方法便認為理學也是宗教。
在理學與宋明封建製度的關係上，他不完全否定理學有積極作用。他承認宋明理學實際上是為宋明時代的封建等級秩序提供理論根據，為宋明封建製度進行哲學的論證的。但是理學家並不讚成絕對君權，不讚成君主個人專斷。在政治思想上，程頤主張開發民智，反對愚民政策。他強調研究學術、從事著述是士的義務。程頤是一個思想家，也是一個著作家，也是一個教育家，他的學術著作與教育事業在中國文化史上是有貢獻的。總之，理學雖然是為封建製度提供理論根據的哲學，但也包含了一些進步的觀點。這樣的看法顯然是比較辨證的。
另外，理學是宋明哲學的主要潮流。但宋明時代在理學之外，還有反理學或非道學的思想。北宋時代有王安石的“新學”與蘇軾、蘇轍的“蜀學”，都是與理學不同的。南宋時代，有陳亮、葉適重視事功的學說。北方金國還有尊崇佛教的李純甫，更是猛烈反對理學的。推崇理學，輕視反理學的思想，是不對的；褒揚反理學思想，不作具體分析，也是不對的。
理學不借助於宗教信仰，而充分肯定精神生活、道德修養的重要；不信有意誌的上帝，不信靈魂不死，不信來世彼岸，而充分肯定人的價值、人的尊嚴、人生的意義，力求達到崇高的精神境界。雖然他們的精神境界具有曆史的局限和階級的局限，但這種在無神論的基礎上充分肯定人類精神生活的價值的學說，確實具有重要的理論意義。