自從任繼愈先生提出“儒教是教”至今，關於儒教問題的爭論大致經過了三個發展階段：一是80年代初，任繼愈一提出“儒教是教”說，不但“當時反對者眾，響應者幾無一人”，而且有許多資深學者、專家，如馮友蘭、張岱年、崔大華等都提出了有理有據的批評。二是80年代中期至2001年，在“儒教是教”發展為“中國文化宗教論”的同時，學術界越來越關注這個問題，形成了大陸――港台――海外層層波動，互相作用的局麵，探討的問題越來越廣泛、深刻。三是21世紀初，即2001年末至2002年近一年在孔子2000學術網站的“儒學與宗教”問題大爭鳴，把20多年來的爭論推向了從未有過的高度和熱度，深深地震動了中國學術界。
1978年年底，在南京市召開的中國無神論學會成立大會上，任繼愈先生發表演講，首次公開提出了“儒教是教”說。1979年，在太原市召開的文化大革命之後中國哲學史學會第一次大型的學術討論會上，任繼愈先生論證了“儒教是宗教”的問題。同年，他去日本的訪問，作了題為“儒家與儒教”的學術報告。1980年這篇報告經過補充改寫以《論儒教的形成》為題，發表在《中國社會科學》該年度第1期上，同年《中國哲學》第3輯發表了內容大致相同但比較簡略的《儒學與儒教》，應該就是那篇報告。這裏以《論儒教的形成》一文為例概括儒教是教說的基本內容。
任繼愈接受了中國一些馬克思主義學者研究中國曆史的基本觀點，這就是社會發展五階段論，並在此基礎上把儒教作為封建社會意識形態的中心來進行研究的，認為“這種同封建宗法製度和君主專製的統一政權相適應的意識形態，對勞動人民起著極大的麻醉欺騙作用，因而它有效地穩定著封建社會秩序。”這樣，他就有了預設的價值判斷：儒教是封建意識形態，封建意識形態是維護封建統治的，是麻醉欺騙勞動人民的，儒教顯然就隻有否定價值。帶著既定的價值判斷，他展開自己的論點：
1.春秋時期孔子創立的儒家學說本來就是直接繼承了殷周奴隸製時期的天命神學和祖宗崇拜的宗教思想發展而來的，這種學說的核心是強調尊尊、親親，繼護君父的絕對統治地位，鞏固專製宗法的等級製度。所以他認為這種學說，“稍加改造就可以適應封建統治者的需要，本身就具有再進一步發展成為宗教的可能。”
2.儒教形成的第一階段。任繼愈指出，儒家學說在先秦時代還不是宗教，而是一種政治倫理學說，它和諸子百家爭鳴。然而“由儒學發展為儒教是伴隨著封建統一大帝國的建立和鞏固逐漸進行的，曾經曆了千餘年的過程。”形成儒教的第一階段是在漢朝的武帝之時，就是董仲舒所提議的“罷黜百家，獨尊儒術”的政策。漢代大一統的中央集權封建宗法專製國家需要一套在意識形態上和它緊密配合的宗教、哲學體係。因此董仲舒以及《白虎通》都是借用孔子的思想，去宣傳適合漢代統治者的宗教思想。
3.儒教形成的第二階段。在宋朝的時候，宋代的統治者利用唐末五代分散割據的局麵，因勢乘便取得了政權。他們鑒於唐代藩鎮割據，尾大不掉的曆史教訓，把政治、軍事、財政、用人的權力全部集中到中央。宋朝對外寧可退讓，對內則強化中央集權的封建宗法專製製度，思想領域裏，也要有與它相適應的意識形態相配合，因而產生了宋明理學，即儒教。
任繼愈認為儒家的改造成為儒教，雖然說是在宋代完成的，但是這個形成儒教的第二階段，可以上溯到唐代。例如韓愈推重《大學》，用儒教的道統對抗佛教的法統；李翱用《中庸》來對抗佛教的宗教神秘主義。到了宋代的朱熹則把《論語》、《孟子》、《大學》、《中庸》定為四書，用一生的精力來為它作注解。朱熹的《四書集注》被宋以後的曆代封建統治者定為全國適用的教科書。《四書》從十三經中突出出來，受到特殊的重視。
4.儒教的宗教特征。至於儒教的宗教本質，任繼愈指出：從漢武帝獨尊儒術起，儒家雖已具有宗教雛形，但是，宗教的某些特征，仍有待完善。經曆了隋唐佛教和道教的不斷交融，互相影響，又加上封建帝王的有意識的推動，儒、釋、道三教合一的條件已經成熟，以儒家封建倫理為中心，吸取了佛教、道教一些宗教修行方法，宋明理學的建立，標誌著中國儒教的完成。
儒教具有那些宗教特征呢？它信奉的是“天地君親師”，把封建宗法製度與神秘的宗教世界觀有機的結合起來。其中君親是中國封建宗法製的核心。天是君權神授的神學依據，地是作為天的陪襯，師是代天地君親師立言的神職人員，擁有最高的解釋權，正如佛教奉佛、法、僧為三寶，離開了僧、佛與法就無從傳播。宋朝理學興起的時候，恰恰是釋、道兩教衰微的時候。風靡全國，遠播海外的佛教，形式上衰微了，實際上並沒有消亡，因為儒教成功的吸收了佛教。看起來中國沒有像歐洲中世紀那樣宗教獨霸絕對權威，但中國中世紀獨霸的支配能量，是不具宗教之名，而有宗教之實的儒教。所以，儒教是個宗教，確定無疑，但是它沒有宗教的名。
通過與其他宗教，如基督教、伊斯蘭教、佛教等比較，任繼愈具體地指出儒教含有下列四種宗教特征：
至高無上的神：凡是宗教都要樹立一個至高無上的神（名稱各有不同）。儒教亦宣傳敬天、畏天，稱國君是天的兒子。君權和神權緊密合起來。國君被賦予神權。儒教還有祭天、祀孔的儀式。
聖賢的追求：儒教把一切學問都歸結為宗教修養之學。儒教不去改造客觀世界，而是純潔內心；不向外觀察，而是向內反省；不去認識世界的規律，而是去正心誠意當聖賢。聖賢的規格就是儒教規格的人的神化，即典型的僧侶主義的人。
精神世界的追求：宗教都主張有一個精神世界、彼岸世界，或稱為天國、西方淨土。儒教雖不講出世，不主張有一個來世的天國，但是卻把聖人的主觀精神狀態當作彼岸來追求，亦即把天國放在此岸的現實生活之中，而不在彼岸的現實生活之外。
教主、教義、經典、道統：宗教都有教主、教義、教規、經典，隨著宗教的發展形成教派。儒教的教主是孔子，其教義和崇奉的對象為“天地君親師”，其經典為儒家六經，教派及傳法世係即儒家的道統論，有所謂十六字真傳kk“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允執厥中。”（《尚書?虞書》）
歸根結底，他把儒教與西方中世紀神學進行比附，總結性地說到：“僧侶主義、禁欲主義、‘原罪’觀念、蒙昧主義、偶像崇拜，注重心內反省的宗教修養方法，敵視科學、輕視生產，這些中世紀經院哲學所具備的落後宗教內容，儒教應有盡有。”否定的價值判斷在此歸結，但並沒有完。這是正麵的否定，還有反麵的否定――就是把儒家、儒學被人們普遍認為積極的內容再給予否定，這就使以否定的價值觀為引導儒教是教說得到了正反兩方麵的“證明”。