中國學術思想史上關於儒教是教還是非教的爭論，如果要追根溯源的話，可以追溯到明末清初天主教來華以及稍後的中國禮儀之爭，這才是對儒教是否宗教進行本質性判定的“真正源頭”，不但儒教非教說，而且儒教是教說也正是在這一過程中真正形成。
（一）
明清之際以耶穌會為主的西方宗教傳入中國，才真正開啟了基督教文化與中國社會和文化相互溝通、交流衝突的曆史。利瑪竇為代表的耶穌會士，既忠於他們心目中的上帝，又具有足夠的智慧、學識和度量，采取了獨特的傳教策略：
――獻奇器：打通官場關節，取得官方支持。
――在文化上，采“習華言，易華服，讀儒書，從儒教，以博中國人之信用。”“其傳道之際，多取經於教義和儒學的溝通”。
――通過介紹西方自然科學、哲學、邏輯學和藝術等知識和文化，吸引中國官員和士人，客觀上起到了傳播西方近代科技文化的作用。
耶穌會的傳教策略使中西文化發生了深層衝撞，這便是導致綿延達200年之久、對近代中西文化衝突影響很大的中國禮儀之爭。禮儀之爭的核心便是對儒教的本質判釋和定位，是近代曆史上第一次為中國文化性質加以定義的大討論。
曆史地考察，儒教非教說產生的根源在利瑪竇。利瑪竇之逐漸進入中國社會，發現了中國民族與社會所具有的文明和文化以及複雜的社會關係，認識到了儒家學說在中國社會中所占據的維係人倫秩序的主導地位。在《利瑪竇中國劄記》中他對中國文化、儒家學說進行了這樣的判釋：
中國人熟習的唯一較高深的哲理科學就是道德哲學，但在這方麵，他們由於引入了錯誤，似乎非但沒有把事情弄明白，反倒弄糊塗了。他們沒有邏輯規則的概念，因而處理倫理學的某些教誡時，毫不考慮這一課題各個分支相互的內在聯係。在他們那裏，倫理學這門科學隻是他們在理性之光的指引下所達到的一係列混亂的格言和推論。
中國哲學家之中最名的叫作孔子。這位博學的偉大人物誕生於基督紀元前五百五十一年，享年七十餘歲。他既以著作和授徒，也以自己的身教來激勵他的人民追求道德……中國有學問的人非常之尊敬他，以致不敢對他說的任何一句話稍有異議，而且還以他的名義起誓，隨時準備全部實行，正如對待一個共同的主宰那樣……不僅哲學家作為一個階級是如此，就是統治者在過去的時代裏也給予他以一個人的最高敬意。然而，他卻從未像神那樣受到宗教式的崇拜。
利瑪竇的判釋中最根本的是認為中國人重視“高深的哲理科學就是道德哲學”；孔子是博學的哲學家；孔子是中國的聖人，但對孔子的崇敬並不是宗教式的。顯然，這是與西方哲學作了比較之後得出的結論。說明利瑪竇雖以教士身份來華傳教，但其視野開闊，並不是以狹隘的宗教眼光判釋中國文化和孔子學說的，這便能得中國文化之真諦。
利瑪竇之所以有這樣的見識，可以從其生長的時代背景得到說明。利瑪竇的一生，正好處在意大利文藝複興和法國思想啟蒙運動的過渡階段，受人文主義、理性主義的影響，作為傳教士，卻具有濃厚的人文理性傾向和學者風采。“人文主義”在羅馬教廷和耶穌會中都有合法地位。耶穌會的創始人羅耀拉便有強烈的人文主義精神，非常重視教育和人格訓練，使耶穌會帶上了人文主義的理性色彩。這種精神在利瑪竇手中得以弘揚和實踐。在中國禮儀之爭中，耶穌會本著他們近代的人文精神，對中國文化作了許多研究，判斷中國儒家文化的基本精神是世俗的，而非宗教的。耶穌會還喜歡從事一般學術研究，而不是一味的神學研究；耶穌會站在中國文化的立場上看問題，而其他修會很做到；耶穌會常常能站在同情中國文化的立場上，寬容中國；許多稍後來華的法國耶穌會士繼承了利瑪竇路線，並不認為“人文主義”和“理性精神”是和天主教義十分對立的思想。法國大革命前，“人文主義”和“理性精神”是在天主教神學中發生的，還沒有反對教會，這是他們敢於讚美中國文化的原因之一。正是這樣的學術文化背景，使以利瑪竇為代表的耶穌會對中國儒教的本質判釋便相當準確。
那麼，又如解釋利瑪竇在《天主實義》中的儒學觀呢？《天主實義》乃是專為中國人寫的，是為了傳教而帶有功利目的，具有宣傳風格的作品，是他從宗教立場尋求儒教與天主教的一致以利傳教，其中不免有牽強附會之處，但也表現出尋求儒耶溝通的可貴精神。這種從宗教角度對儒教的判釋，便也是後來儒教是教說的一個根據。然而如果不是膠柱於表麵現象，而是深入其內在動因，便能夠理解利瑪竇的這種“矛盾”。利瑪竇向西方人吐露自己的心聲說：“他們擁護孔夫子，所以可以對孔夫子著作中遺留下來的這種或那種不肯定的東西，作出有利於我們的解釋。這樣以來，我們的人就可以博得儒士們的極大好感。”這就是說，在儒家經籍中確實是保存著不少帶有宗教色彩的可以這樣解釋，也可以那樣解釋的內容，這主要是中國上古原始宗教的遺存，對它們宗教性的強調，隻是為了與西方宗教比附，增加中國人的親近感，以接受基督教。然而，利瑪竇根本不可能想到的是這一功利性、有違儒教本性的做法竟然在中國士人當中引起了儒教是教的反應。
利瑪竇的傳教策略得到了當時來華的天主教傳教士的積極響應，早期來華的麥安東、孟三德、金尼閣、艾儒略、畢方濟等人，無不以利瑪竇的方式接近中國社會。如艾儒略“航海而來，以事天之學倡。其標號更尊，其言辭甚辯，其持躬甚潔，辟二氏而宗孔子，世或喜而信之，且曰聖人生矣”，因而博得“西來孔子”的美譽。把傳教士稱為孔子，說明耶穌會對中國文化傳統的理解和尊重，也使傳教士本身具有了中國儒家的人文色彩，並獲得了中國人的認同。
對利瑪竇的傳教策略及其中表現出的機會主義行為中包含的追求真理的精神和對中國人、中國文化的愛。後人評論到：
在天主教會的曆史上，這是一個改良和同化方麵的最輝煌而勇敢的嚐試，可以稱為明智的機會主義，這個嚐試會被誤解為引誘中國人皈依基督信仰。但是，如果恰如其分地看到利瑪竇的決心和動機，就會明白利瑪竇的努力接近真理……他的靈魂中燃燒著對中國人民的愛，他為他們在藝術和文化上的成就讚歎不已，他為他們古代著作的思想讚美叫絕。他懂得，中國的精神中沒有平庸的東西，上帝賜予它一個卓絕的稟賦，在它自身內部具有超越歐洲取得卓絕的人類精神成就的能力。
（二）
利瑪竇逝世後，既定的傳教策略受到後來者的懷疑。龍華民繼任耶穌會中國會長後，批評利瑪竇的做法是迎合儒家，他本來就反對會士們容忍中國教徒祀孔祭祖，更反對用《尚書》中的“上帝”和“天”對譯Deus（拉丁文“神”的意思）。龍華民、龐迪我等人認為，中國人祭祀祖先，孔子的典禮是崇拜偶像，是祭祀之禮，應該加以禁絕。他們的態度在耶穌會內部引起爭議，即為“禮儀之爭”之起。到了17世紀30年代，“禮儀之爭”擴大到了天主教內部，爆發了耶穌會與多明我會和方濟各會的爭論，內容還主要是對“天”和“上帝”的稱呼，對中國信徒的祭祖祭孔是否屬偶像崇拜，是否是迷信的分歧。