他逐條批駁了中國傳統文化研究中一些肯定的觀點：有人認為中國曆史上不曾出現過歐洲中世紀那樣的政教合一的黑暗統治時期，是得力於孔子的儒家學說。儒家起了抵製宗教的作用，儒家不迷信，所以抵製了神學的統治。
有人認為中華民族屹立於世紀民族之林，經曆了多少風雨，儒家提倡的氣節，起了重要作用。
有人認為儒家有愛國主義的好傳統，儒家保存了中華民族的文化，形成一種團結的向心力。
有人認為有了以儒教為中心的文化共同體，團結了中華民族。華僑多半相信儒家思想，他們的愛國主義精神，多得力於儒家的傳統。
有人說，儒教集中體現了中華民族優秀的文化傳統，它培育了許多“取義”、“成仁”、可歌可泣的民族英雄。
最後，他得出了結論：
如果說儒教應當廢除，這是應該的，他已成為阻礙我國現代化的極大思想障礙。
中國儒教頑強地控製著中國，它與中國的封建社會相始終，甚至封建社會終結，它的幽靈還在遊蕩。
儒教帶給我們的是災難、是桎梏、是毒瘤，而不是優良傳統。它是封建宗法專製主義的精神支柱，它是使中國人民長期愚昧落後、思想僵化的總根源。有了儒教的地位，就沒有現代化的地位。為了中華民族的生存，就要讓儒教早日消亡。我們隻能沿著“五四”時代早已提出的科學與民主的道路，向更高的目標――社會主義前進，更不能退回到“五四”以前的老路上去。倒退是沒有出路的。
在《儒教的再評價》一文中，任繼愈對儒教是教說有進一步的闡述和說明。他以西方宗教發展的曆史為坐標，認為中國宗教也經曆了從原始宗教發展成熟為人為宗教的過程，強調宗教在中世紀普遍興盛繁榮不是一個偶然現象，中國的封建社會就相當於中世紀，“儒教是在中國封建社會形成的一種宗教，它既有中世紀世界的一般宗教的共性，也有自己獨特的個性。”
儒教是對宗法思想的宗教化、神聖化。儒家思想是以三綱五常為基本內容的宗法思想，宗法思想本身不是宗教，但是把它宗教化，變成一種神聖的教條，例如董仲舒說：“道之大原出於天，天不變，道亦不變。”就是藉天神的權威來論證宗法思想的絕對合理性。所以，董仲舒的神學目的論，其實就是一種宗教化了的宗法思想。董仲舒的神學目的論給封建的國家政權罩上神的靈光，天（上帝）成了最高權威，政府的行政命令，都假借天意來推行，皇帝“奉天承運”，代天立言，詔書名曰“聖旨”，即具有神學的意義。為了給予宗教神學以理論的解釋，儒家的經書便被捧上神聖地位。其中所包含的上古宗教神秘內容，被用來引申發揮以解釋“天命”、“聖意”。他指出：把宗法思想宗教化，可以說是統治者的一種內在的要求。董仲舒的神學隻是儒教的雛形，宋明理學才是儒教的完成。在這一千餘年的曆史過程中，不管論證的形式和手段有什麼改變，但是萬變不離其宗，總的目的都是為了把“三綱五常”變成神聖的教條。
為什麼宋明理學是儒教的完成？任繼愈指出：宋明理學這種成熟了的儒教，是儒、釋、道三教合一的產物。它以儒家的封建倫理綱常名教為中心，吸取了佛教、道教的一些宗教修行方法，加上煩瑣的思辨形式的論證，形成了一個體係嚴密、規模宏大的宗教神學結構，它既是宗教又是哲學，既是政治準則又是道德規範――這四者的結合，完整的構成了中國中世紀經院神學的基本因素。
宋明理學是用“天理”取代人格神的崇拜。他認為宋明儒教揚棄了董仲舒神學目的論這種粗糙的神學形式，不宣揚有意誌的人格神，吸收了佛教的宗教理論，以作為世界本身的“理”或“天理”來論證“三綱五常”的合理性；宋明理學的“天理”，就是“三綱五常”的異化，它把隻存在於封建社會中的人與人的關係和價值標準異化為絕對的永恒的神聖秩序，壓製人們的理性，使人們溫馴、順從。
對於宗教領域的生死問題，儒教以家族延續來解決。儒教不重視個人的生死問題，卻十分重視家族的延續。所謂“不孝有三，無後為大”，就是把斷子絕孫，不能傳宗接代看作極端可怕的事。在封建宗法製度中，個人依附於家族，以斷絕“宗祖血食”為大罪，個人的生存的目的和意義，就是承繼祖宗的餘緒，維係家族的延續。在儒教所崇拜的“天、地、君、親、師”中，“親”雖居第四位，是從上古氏族社會沿襲下來的祖宗崇拜，是一種古老的宗教形式。所以儒教盡管不像佛教那樣多的談論個人的生死，“奉天法祖”的觀念本身就是一種宗教觀念。
儒教以三綱五常取代彼岸的追求。凡是宗教都有一個彼岸的追求，像“天國”、“涅般木”、“極樂世界”、“天庭”、“仙界”，甚至要求出家做專業的，全心全意的追求，但是任繼愈說：儒教不主張出家，而注重現實的人倫日用之常，帶有很強的世俗性。宗教的世俗化是宗教發展的一般趨勢。例如，馬丁路德的宗教改革就是把僧侶變成了俗人，但又把俗人成了僧侶。中國的禪宗也是如此，它把西方極樂世界轉化為人們所體驗的一種精神境界，《壇經》上說：“東方人造罪，念佛求生西方；西方人造罪，念佛求生何國？”所謂的彼岸世界並不在這個現實世界之外，而就在人們的心中。“運水搬柴，無非妙道”，解脫的道路就體現於日常的生活之中。宗教的世俗化是宗教適應現實生活的一種表現，是否具有這種適應性，是判定宗教生命力強弱的主要標準。
儒教和其他的宗教不同，它不是先虛構出一個彼岸世界，然後逐漸挪到現實世界中來，而是把現實世界中的“三綱五常”進行宗教的加工，使之轉化成為一個彼岸世界。宋明儒教反複討論所謂“下學上達”、“極高明而道中庸”和禪宗從“運水搬柴”中體驗妙道一樣，這是主張從下學人事去上達天理，在人倫日用之常中去追求所謂高明的精神境界。這種精神境界實質上就是一種彼岸世界。
董仲舒的神學和宋明理學的差異。董仲舒的神學和宋明理學都是朝向儒教的宗教化去發展，但是二者在程度上有所不同。董仲舒的神學，宗教的某些特征尚有待於完善，因為在董仲舒的神學體係中，“彼岸世界”的思想還不夠成熟。至於宋明儒教吸收了佛教的思想，按照維護宗法製度的要求進行改造，把天理說成是人們應該畢生追求的目標，是惟一的精神出路，並且設計出了一套完備的主敬、靜坐、“存天理，滅人欲”的修養方法，儒教的宗教體係也就發展成熟了。