這一時期的代表人物是東晉玄學家葛洪，其作品《抱樸子》通過張揚“玄道”的超越性、神秘性，不僅從本體論上對神仙的性質作了說明，而且對人的肉體可以獲得長生，以及如何得道成仙等也作了具體論述，促成了道教仙學的第一次轉型——從主張精神主長轉移到追求肉體長生。葛洪以服藥養氣為得道成仙的根本方法，其他齋戒、拜神等宗教活動和遵循儒家忠孝仁信等倫理行為，都隻是到達肉體長生的手段。葛洪對成仙理論的哲學改造，不僅為道教建構一種全新的生活方式提供了理論指導，也凸現出魏晉道教仙學追求肉體長存的特點。
隨著南北朝道教義學的發展，道教的仙學也開始朝不同的方向發展。有的繼續將服食金丹大藥作為成仙之本，如茅山道士陶弘景注重修形養神，努力煉製丹藥，成為葛洪之後南朝時期最著名的煉丹家；也有的以齋戒為求道之本、升仙之途，南北天師道的代表人物陸修靜、寇謙之都強調此點。上清派則強調通過行氣思神之法調整人的身心，以達到長生久視的目的。
值得注意的是，南北朝的道教仙學中已出現了注重從人的心性層麵追求超越的跡象，例如南朝道士宋文明、臧玄靖都認為人心中有道性，這是人得道的先決條件。“道性者，理存真極，義實圓通，雖複冥寂一源，而亦備周萬物。煩惑所覆，暫滯凡因，障累若消，還登聖果”。凡是迷失了本性，如能悟其本性則成為仙人，因此要追求生命的超越，關鍵要在心性上下工夫。可以認為，在南北朝時萌芽的道教心性論是道教神仙信仰理論第二次轉型的重要哲學基礎。
魏晉時期道教所倡導的服食金丹以求肉體長生之風，在唐代達到高潮。然而“假外物以自堅固”的金丹非但沒有使人長生成仙，反而因服食金丹而死亡的事件比比皆是，這使人們逐漸認識到肉體成仙的虛幻性。肉體成仙有一個難以克服的矛盾，就是肉體的有和道的無之間的分裂。“道本無象，仙貴有形。以有契無，理難長久。曷若得性遺形者之妙乎？”肉體既不能契道，心性論由此凸現出來。
唐代道教理論家們通過注釋老莊，發揮玄之又玄的道本體思想，促進了道教重玄學的發展。重玄學“以采用佛教的思辨方法和詞旨發揮老莊哲學為特質，可稱老莊哲學在佛學影響下的新發展或道家、佛學融合的產物”。
以“重玄為宗”注釋《道德經》，始於曹魏時的孫登，繼為道教學者陸續闡發，成為注釋《道德經》的重要流派。成玄英釋“玄”為：
玄者深遠之義，亦是不滯之名。有無二心，微妙兩觀，源乎一道，同出異名。異名一道，謂之深遠。深遠之玄，理歸無滯。既不滯有，亦不滯無。二俱不滯。故謂之玄。（“同謂之玄”疏）
所謂“重玄”，是就“又玄”說。他解釋“玄之又玄”：
有欲之人，唯滯於有；無欲之士，又滯於無。故說一玄，以遣雙執。又恐行者，滯於此玄。今說又玄，更祛後病。既而非但不滯於滯，亦乃不滯於不滯。此則遣之又遣，故曰：“玄之又玄。”
“遣”作“排除”解，雙遣即排除又排除，也即是重玄。對“道”的認識，說它是“有”是不對的，不能固執於“有”；說它是“無”也是不對的，不能固執於“無”，那就應當是非有非無，但也不能固執於非有非無，“行為雖舍有無，得非有非無，和二邊為中一，而猶是前玄，未體於重玄理也”（“和大怨必有餘怨”疏）。也就是說，既要遣去是有是無，又要遣去非有非無，才符合“重玄”之意。
重玄學追求精神超越，促進了道教從人的內在本性即“不滅的心性”中去尋找人與道可以相溝通的本質，以求解決肉體不死與道的永恒之間的緊張關係，在客觀上導致了“以身為爐鼎，心為神室”的內丹學的發展。內丹學又稱“性命之學”，它以修煉人身體內部精氣神來達到神形俱妙、出神入化之境為主要特征。
在唐代，不少道教學者開始意識到：“神性虛融，體無變滅，形與道同，故無生死”的道理。“神”這一概念的凸現，使道教仙學的內涵產生了根本的變化，修道、修仙被歸結為修心、修性，修煉人的精氣神而獲得精神超越逐漸取代了肉體長生說。這就為道教仙學第二次轉型提供了本體論和方法論的依據。
唐代道教神仙信仰亦呈現出不同的發展傾向。如司馬承禎既講肉體成仙，又講精神不死，表現出過渡時期的性質；而成玄英則完全拋棄了傳統的肉體成仙說，提倡在修心養性上下工夫，他將得道成仙歸結為心性的徹悟、精神的解脫，認為宇宙萬象乃至人的肉體皆為虛幻，人如果能了悟“外無可欲之境，內無能欲之心”，拋掉世俗的欲念，就可在精神上達到“與道為一”的境界，從而“不複生死”。可以看出，重玄學此時為道教神仙信仰的理論轉型作了方法論的論證，到金元全真道以“真性本體論”為哲學基礎，以“性命雙修”為主要修煉方法，道教神仙信仰全麵完成了理論轉型。