1940年1月，陝甘寧邊區政府決定慶環分區改名為隴東分區，管轄華池、環縣、鎮原、曲子、合水、慶陽縣，駐慶陽。
4月，成立綏德分區司法處。
12月25日，毛澤東為中共中央起草黨內指示《論政策》指出：“對任何犯人，應堅決廢止肉刑，重證據而不輕信口供。對敵軍、偽軍、反共軍的俘虜，除為群眾所痛惡、非殺不可而又經過上級批準的人以外，應一律采取釋放的政策……要消滅任何機關團體都能捉人的混亂現象；規定除軍隊在戰鬥的時間以外，隻有政府司法機關和治安機關才有逮捕犯人的權力，以建立抗日的革命秩序。”
同年，邊區23個縣（市）的裁判員均已配齊，各縣（市）的司法組織初步建立起來了。
1941年1月，陝甘寧邊區政府任命綏德專署副專員馬豫章兼任綏德司法處處長。
3月，邊區高等法院設檢察處，李木庵任檢察長。
3月，陝甘寧邊區政府在淳耀縣（今淳化）設地方法院，第一任院長張為民。
4月12日，邊府發起籌備新法學會，推舉雷經天、何思敬、南漢宸、李木庵、沈新發、馮振寰等9人為中國新法學會籌委。
5月1日，中共邊區中央局提出，中共中央政治局批準《陝甘寧邊區施政綱領》。
6月8日，中國新法學會正式成立，張曙時等13人為執行委員。
9月15日，邊府設立法製室，聘請西北局統戰部張曙時為法製主任。
9月16日，撤銷綏德分區司法處，成立了綏德分區地方法院。院長馮振寰，宋常華、劉清鼎為推事。管轄綏德、清澗、吳堡三縣的司法工作。
10月12日，邊府秘書長謝覺哉指出“司法是建立革命秩序之重要工具，是製裁人的，又是保護人的”。強調：“建立正規的司法製度，製定成文法律，充實司法幹部與人才等。”
同月上旬，邊區的第二次政務會議，討論精簡方案，高等法院係統由原390人減為305人。
同月，邊府擴大法製室，張曙時任主任。張曙時、魯佛民、李木庵等為法製委員，規定法製室的任務為：（一）關於邊區適用法律之建議及草擬事項；（二）關於邊區各種單行法規之審查修正事項；（三）關於外國法律之翻譯事項；（四）關於法學雜誌之編輯出版事項。
11月6日至21日，陝甘寧邊區第二屆參議會第一次會議在延安召開。大會聽取了邊區政府主席林伯渠的《政府工作報告》，高崗作了《關於五一施政綱領的解釋》，施政綱領的基本精神是“團結，抗戰，救中國”7個字。謝覺哉作了《關於民主建設報告》等。大會接受並通過中共中央西北局5月1日提出的《五一施政綱領》為《陝甘寧邊區施政綱領》；通過《陝甘寧邊區保障人權財權條例》《陝甘寧邊區行政專員公署組織暫行條例》《陝甘寧邊區縣政府組織暫行條例》《陝甘寧邊區各級參議會選舉條例》《陝甘寧邊區抗戰時期動員壯丁與牲口條例》和《陝甘寧邊區土地租佃條例》。
大會選舉高崗為邊區參議會議長，安文欽、謝覺哉為副議長，林伯渠為邊區政府主席，李鼎銘為副主席，雷經天為邊區高等法院院長。
11月，陝甘寧邊區參議會通過了關於製定刑、民訴訟法規的提案。會後，李木庵起草了《陝甘寧邊區刑事訴訟條例草案》和《陝甘寧邊區民事訴訟條例草案》。
同年，邊區政府主席林伯渠在政府工作總結中指出：“對犯人不采取報複和懲辦主義，而注重政治教育和感化”。
同年，邊府製定《破壞金融法令懲罰條例》。
12月21日，延安市地方法庭改為延安市地方法院。1942年1月5日，邊府公布《陝甘寧邊區縣政府組織暫行條例》。規定，在未設立地方法院之縣設立司法處，受理各項民刑案件。
同月，邊府公布《陝甘寧邊區政府公署辦公暫行辦法》。確定邊區政府設立公署辦公廳（高等法院暫緩並入），政府辦公廳下設法製室。
2月，邊區政府公布《陝甘寧邊區人權財權條例》。
3月24日，陝甘寧邊區政府決定最高有期徒刑5年改為10年。
同月，慶陽成立地方法院，石靜山為代理院長。新正縣成立地方法院，郭存信兼任院長。
4月，雷經天帶職去學習，李木庵任陝甘寧邊區高等法院代理院長。
6月12日，邊府第23次政務會議通過《邊區政府第二次精兵簡政實施方案綱要》，確定高等法院設院長1人，下設秘書處、司法行政科、法庭、監獄、衛生所，編製26人。
7月10日，設立邊區政府審判委員會，負責邊區第三審案件的審理。林伯渠、李鼎銘、劉景範、賀連城、畢光鬥5人為委員，林伯渠為委員長。
同月，邊府決定設置吳旗鎮，同時成立吳旗縣司法處，縣長兼任處長，編製工作人員3名，隸屬三邊分區。
8月22日，邊區政府公布《陝甘寧邊區政府審判委員會組織條例》。
11月，陝甘寧邊區高等法院命令取消《縣裁判委員會》，重要案件由縣政府委員會決定。
同年，起草了《陝甘寧邊區刑法總、分則草案》。1943年1月9日，陝甘寧邊區政府第十八集團軍後方留守處公布《陝甘寧邊區抗屬離婚處理辦法》《陝甘寧邊區軍民訴訟暫行條例》。
1月13日，邊區政府成立司法工作研究委員會，李木庵任主任委員。
2月3日，毛澤東為邊區受獎的22位先進模範人物題詞，其中有“馬錫五同誌，一刻也不離開群眾。”
2月24日，公布《陝甘寧邊區簡政實施綱要》。
3月1日，邊府第41次政務會議準予秘書長羅邁辭去政府司法研究委員會委員職務，重新由謝覺哉、李木庵、李景林、周玉潔等5人組成，謝覺哉為負責人。
3月28日，縣裁判處改稱司法處。
同月，邊府頒布《陝甘寧邊區高等法院分庭組織條例（草案）》，規定了除延屬分區不另設高等分庭外，其他分區設立分庭組織。高等分庭設立後，除延安市地方法院外，原設其他地方法院一律取消。分庭不是一個審級，是高等法院的代表機關，設於專員公署內，由專員兼任庭長。
3月30日，邊區政府頒布《陝甘寧邊區縣司法處組織條例（草案）》。邊區所轄各縣，除延安設地方法院外，各縣均設立司法處，受理轄區內第一審民刑案件。縣長兼任司法處長，裁判員改為審判員。司法處設處長1人，審判員1人，書記員1人，法警2人。
4月，成立了綏德高等分庭，庭長喬鬆山，推事史文秀。三邊高等分庭，庭長羅成德。推事陳思恭。管轄鹽池、定邊、靖邊等縣司法處。隴東高等分庭，庭長馬錫五，推事石靜山。關中高等分庭，庭長張仲良，推事周鳴，管轄淳耀、赤水、新正3縣司法處。高等分庭管轄轄區刑民二審案件。
6月11日，陝甘寧邊區政府頒布《陝甘寧邊區民刑事件調解條例》。調解工作的範圍是民事糾紛和輕微刑事案件。調解工作的原則是：調解必須雙方自願，調解必須以法律為準繩，照顧民間習慣。調解的種類有民間調解、群眾團體調解、政府調解、司法機關調解。但調解不是訴訟的必經程序。
10月28日。邊府任命喬鬆山為邊區高等法院審判法庭庭長。
10月29日，毛澤東發出“一個不殺，大部不抓，是此次反特鬥爭中必須堅持的政策”等九條指示，對糾正審判和肅反中的錯誤起了很大作用，肅反擴大化的嚴重錯誤及時得到糾正。
12月，邊府命令，恢複雷經天高等法院院長職務，免去李木庵代院長職務。
同年，馬錫五在任陝甘寧邊區隴東分區專員兼高等法院隴東分庭庭長期間，創造了“馬錫五審判方式”。
1944年1月，陝甘寧邊區政府第四次會議通過《陝甘寧邊區地權條例草案》。
1月22日，邊府決議將邊區三級審判改為二級審判製，取消邊區政府審判委員會，成立司法委員會，以謝覺哉、羅邁、李木庵、雷經天、唐洪澄、周玉潔、劉秉溫、葉季壯、王子宜等9人為委員，謝覺哉為主任委員。
2月15日，邊府發出《關於邊區審判改為二級審判製》命令，取消邊區政府審判委員會，將邊區審判改為二級審判製。此後民刑訴訟均以高等法院為終審機關。
2月16日，邊府任命劉漢鼎為高等法院推事，黨鴻魁為高等法院典獄長。
5月21日，邊府決定各分區設立監獄，各縣設立看守所，分別直屬於高等分庭和縣司法處領導。
8月29日，邊府第28次政務會議決議：今後司法案件的處理，除死刑案件不服高等法院判決之上告及因案情特殊必須請示邊區政府外，其他案件概由高等法院處理。不必再呈請核示。
12月，邊區第二屆參議會第二次大會通過《陝甘寧邊區土地租佃條例》。1945年3月9日，雷經天院長調任八路軍南下第三支隊政委，邊區命令王子宜代理邊區高等法院院長。
5月18日，鹽池縣政府在財神廟召開公審大會，判處土匪馬明岐死刑，立即執行。
5月22日，邊區發出通令，“望以清澗縣政府保安科打人事件一案為戒，檢討自己，教育幹部遵守法令，切實廢止肉刑，加強調查研究，改進司法工作。”
10月18日，邊區舉行高等法院、高等分庭、縣司法處推事、審判員聯席會議。林伯渠到會講話，指出“邊區司法之目的在於懲處漢奸及一切破壞分子，保障人民的民主自由及人民的一切利益”。
10月22日，為爭取“雙十協定”的實現，促進全國和平的到來，邊區政府主席林伯渠、副主席李鼎銘邀請延屬各縣名流、學者及法律專家座談實施憲法的問題，發起成立“憲法研究會。”
10月30日，邊府秘書長羅邁會見美軍觀察組有吉少尉，介紹陝甘寧邊區曆史及選舉、司法等工作情況。