（2）一般性抗辯理由。第31條第1款第1.2項根據行為人判斷和控製自己行為的能力，規定了排除刑事責任的理由。
第一，精神障礙。第1項概括性地規定“精神病或精神不健全”是排除刑事責任的理由，並未具體規定精神病的種類。在醫學中，精神病和非精神病性精神障礙包括多種類型。在法學中，不論何種精神障礙，隻要能致使行為人喪失辨認或控製自己行為的能力，就應當排除行為人的刑事責任。
第二，醉態。第2項將特定情況下的“醉態”作為排除刑事責任的理由。醉態和精神障礙截然不同，有精神疾患的人屬於無刑事責任能力或限製刑事責任能力人，而生理醉酒的人辨認和控製自己行為的能力隻是有所減弱，但並未完全喪失，不屬於無刑事責任能力或限製刑事責任能力人。生理醉酒的人在醉酒前完全有能力決定是否要飲酒，並且知道醉酒會影響其判斷能力和控製能力，對自己醉酒後可能實施犯罪行為應當預見到，甚至已有所預見，在醉態下實施犯罪行為具有主觀過錯。鑒於醉態者有健全的意識和意誌，在《羅馬規約》的談判中對醉態的法律後果是有爭議的。遵守伊斯蘭法的大多數阿拉伯國家將飲酒（超量）視為罪行加重的一個因素，而西方國家則認為醉酒是合法消費酒精飲料的結果，在原則上將其視為減輕處罰甚至免除處罰的一個因素。第2項的規定是爭議各方的妥協。依據該項，善意醉酒是排除刑事責任的理由，但惡意醉酒，即行為人在某種情況下有意識地進入醉態，明知自己進入醉態後，有可能從事國際刑事法院管轄權內的犯罪行為，或者行為人不顧可能發生這種情形的危險，不排除刑事責任。這種區分給取證帶來極大困難。
（3）正當性抗辯理由。第31條第1款第3.4項、第32條和第33條規定了正當性抗辯理由。
第一，正當防衛。第31條第1款第3項將正當防衛作為排除刑事責任的理由之一。該項在談判中有爭議。美國和以色列力促通過防衛財產的規定，美國根據憲法的規定，堅持認為“防衛住宅完全合法。”美國提出：一方麵，應將防衛生命和身體的完整性同等對待；另一方麵，防衛財產也應當受到同等對待。但沒有得到多少支持。因此，第3項將財產的保護僅限於戰爭罪方麵。即“在戰爭罪方麵，防衛本人或他人生存所必需的財產，或防衛完成一項軍事任務所必需的財產。”
依據第3項，本人或他人或財產麵臨不法使用武力的侵害，是防衛的前提；保護本人或他人的人身或財產安全，是防衛的目的；不法使用的武力即將發生，是防衛的時間；采用的防衛方式與被保護的本人或他人或財產所麵對的危險程度必須相稱，是防衛的限度。
第3項的最後一段話，即“該人參與部隊進行的防禦行動的事實，本身並不構成本項規定的排除刑事責任的理由。”，將集體自衛和個人自衛做了區分。集體自衛由《聯合國憲章》第51條加以規定，集體自衛本身不構成排除刑事責任的理由，而個人自衛方可成為排除刑事責任的理由。
第二，緊急避險。依據第31條第1款第4項，被告或他人麵臨即將死亡的威脅或麵臨繼續或即將遭受嚴重人身傷害的威脅，是避險的前提條件。其中的威脅可以是他人造成的，或被告無法控製的其他情況構成的；被告在不得已的情況下，為避免威脅采取必要而合理的行動，是避險的限製條件；被告必須無意造成比設法避免的傷害更為嚴重的傷害，是避險的主觀條件。
第三，事實錯誤和法律錯誤。根據傳統的普通法，隻有當一個錯誤能否定主觀要件時，才能作為排除刑事責任的理由。因此，事實錯誤通常能夠排除刑事責任，而法律錯誤僅在例外情況下才可排除刑事責任，因為隻有前者通常能夠否定主觀要件。《羅馬規約》第32條第1款規定：“事實錯誤隻在否定構成犯罪所需的心理要件時，才可以作為排除刑事責任的理由。”如果事實錯誤否定了心理要件，會導致犯罪主觀要件的缺失，犯罪不能成立，應當排除刑事責任。第32條第2款規定：“關於某一類行為是否屬於本法院管轄權內的犯罪的法律錯誤，不得作為排除刑事責任的理由。法律錯誤如果否定構成犯罪所需的心理要件，或根據第三十三條的規定，可以作為排除刑事責任的理由。”如果行為人沒有事實錯誤，僅有法律錯誤，則意味著行為人對事實沒有認識錯誤，隻對自己的行為在法律上是否構成犯罪、構成何種犯罪或者應當受到什麼樣的刑事處罰，存在錯誤理解，因此，其行為具備犯罪構成要件，犯罪成立，應當負刑事責任。法律錯誤隻有在否定犯罪的心理要件時，才可作為排除刑事責任的理由。在《羅馬規約》中，隻有第33條對此有詳細明確的規定。依據該條第1款，某人奉上級命令行事而實施了犯罪，並不免除該人的刑事責任，但在同時具備下列三個條件時，可以免除刑事責任：1.該人有服從有關政府或上級命令的法律義務；2.該人不知道命令是非法的；3.命令的不法性不明顯。該條第3款規定，為了本條的目的，實施滅絕種族罪或危害人類罪的命令是明顯非法的。由此可見，法律錯誤作為免除刑事責任的理由，是受到嚴格限製的，隻適用於戰爭罪，不適用於滅絕種族罪和危害人類罪。
第四，上級命令。上級命令不免除責任的原則是第二次世界大戰後確立的。《紐倫堡憲章》第8條規定：“被告遵照其政府或某一長官之命令而行動之事實，不能使其免除責任，但如法庭認為合於正義之要求時，得於刑罰之減輕上加以考慮。”紐倫堡法庭在對該規定的解釋中指出：“本條的規定與所有國家法律的規定是一致的，根據命令以違反有關戰爭的國際法的方式殺害或酷刑折磨他人的士兵從未被認為可以以上級命令來為自己的暴行辯護，雖然根據憲章的規定，上級命令可能會被作為要求減輕處罰的理由。正如在大多數國家的刑法中那樣，問題的關鍵不是是否有上級的命令，而是接受命令的人是否事實上存在道德選擇的可能性。”1946年聯合國大會通過的《紐倫堡原則》第4項規定：“依據政府或其上級命令行事的人，假如他能夠進行道德選擇的話，不能免除其國際法上的責任。”《前南刑庭規約》第7條第4款和《盧旺達刑庭規約》第6條第4款都規定，被告人執行政府或上級命令而犯罪，不得免除其刑事責任，但是國際法庭裁定合乎正義則可以考慮減刑。
在《羅馬規約》的談判中，關於上級命令的規定是《羅馬規約》第三編中最有爭議的問題之一。美國代表團在麥仁（Theodor Meron）教授的協助下，在一個非正式會議上設法說服其他主要代表團，使他們相信依上級命令行事作為一個實體性的抗辯理由，已在國際法中得到承認。但美國的立場遭到了一些國家，尤其是英國、新西蘭和德國的批評，這些國家認為，上級命令本身不能作為一個抗辯理由，但在特定情況下，下級可以將脅迫、事實錯誤或法律錯誤作為抗辯理由。最後通過的《羅馬規約》第33條是兩種立場的妥協方案。該條規定，某人奉政府命令或軍職或文職上級命令行事而實施本法院管轄權內的犯罪的事實，並不免除該人的刑事責任，但下列情況除外：1.該人有服從有關政府或上級命令的法律義務；2.該人不知道命令是非法的；3.命令的不法性不明顯。實施滅絕種族罪或危害人類罪的命令是明顯非法的。較之於過去的相關規定，《羅馬規約》關於抗辯事由的規定是有利於被告的。雖然第33條肯定了上級命令不免責原則，但被告人可以以脅迫（第31條）、事實錯誤，尤其是法律錯誤為由，進行抗辯。過去的國際刑事法庭章程對這些抗辯事由沒有明文規定。
在規定排除刑事責任的理由的同時，第31條第2款規定：對於審理中的案件，本法院應確定本規約規定的排除刑事責任的理由的可適用性。該規定可以彌補《羅馬規約》相關規定的不足。第31條第3款進一步規定，審判時，除可以考慮第1款所列的排除刑事責任的理由外，本法院還可以考慮其他排除刑事責任的理由，但這些理由必須以第21條規定的可適用的法律為依據。《程序和證據規則》應規定考慮這種理由的程序。第3款為法院擴展排除刑事責任的理由開了方便之門，盡管有違背罪刑法定原則之嫌，但無論如何有利於被告。
三、一事不再理原則
一事不再理是一項重要的刑法原則，其含義是一個人不能以同一行為或同一罪名受到兩次或多次審判或處罰。大陸法係國家一般采用拉丁文“ne bis in idem”來表達。普通法係國家一般用“double jeopardy”（雙重損害）來表達。
在國際刑法中，一事不再理原則是逐漸得到確認的。《紐倫堡憲章》和《東京憲章》都沒有明文規定一事不再理原則。後來的《前南刑庭規約》和《盧旺達刑庭規約》都確認了一事不再理原則。《羅馬規約》在總結過去的立法與實踐的基礎上，進一步完善了一事不再理原則。
《羅馬規約》第20條規定：“（一）除本規約規定的情況外，本法院不得就本法院已經據以判定某人有罪或無罪的行為審判該人。（二）對於第五條所述犯罪，已經被本法院判定有罪或無罪的人，不得因該犯罪再由另一法院審判。（三）對於第六條、第七條或第八條所列的行為，已經由另一法院審判的人，不得因同一行為受本法院審判，除非該另一法院的訴訟程序有下列情形之一：1.是為了包庇有關的人，使其免負本法院管轄權內的犯罪的刑事責任；或2.沒有依照國際法承認的正當程序原則，以獨立或公正的方式進行，而且根據實際情況，采用的方式不符合將有關的人繩之以法的目的。”本條規定的一事不再理原則與第17條規定的補充性原則有緊密的邏輯關係，第17條規定了案件在調查與起訴階段的可受理性問題，第20條規定了已經審判的案件能否受理的問題。依照第20條，國內法院有效處理的案件，法院不再插手。在例外情況下，法院可以審理國內已經審結的案件，以發揮補充作用。
第20條第1款是針對法院自身而言的，在法院中，凡已審理過的案件，不能再次就同一行為進行審判。這是一事不再理的具體反映。本款中規定的是“行為”（conduct），而不是“犯罪”（crime），這反映了法院判決的“已決性原則”和“不得翻案原則”（estoppel）。本款適用的例外情況是《規約》第81條關於上訴的規定和第84條關於複審的規定。
根據該條第2款，法院已審判過的犯罪，另一法院不得就同一犯罪再行審判。該款中使用“犯罪”（crime）而不是“行為”（conduct），這樣，國內法院可對法院已作出判決的案件按照其國內法的規定再次進行起訴與審判。這種規定或解釋不一定符合一事不再理的精神。
根據第3款，已被國內法院審判的行為，法院不再審判，除非存在該款第1.2項規定的情形之一。該款中又使用了“行為”而不是“犯罪”。有人認為使用“行為”一詞，意味著即使這些案件是以普通罪名進行起訴與審判的，法院也不能再審理這些案件。如果允許這樣做的話，國內法院很有可能希望根據國內法，按照普通罪名認定本應認定為《規約》規定的滅絕種族罪、危害人類罪、戰爭罪案件，以此擺脫法院對案件的管轄，如國內法院以殺人罪認定了“危害人類罪”，法院就很難起補充作用了。對此，《前南刑庭規約》第10條和《盧旺達刑庭規約》第9條都規定，如果被告人的行為被國內法院定性為普通犯罪，仍有可能受到國際法庭的審判。
第3款在理解上會產生分歧。第一，如何理解其中的“訴訟程序”（proceedings）一詞，它僅指審判階段還是也包括第17條涉及的調查和起訴階段。不同的理解會產生不同的結論。一方麵，如果依字麵意思理解，“訴訟程序”似乎僅限於審判階段，該條的實施將會產生嚴重的問題。例如，在審判階段，訴訟程序無任何瑕疵，但調查或起訴不是以獨立或公正的方式進行的，或是為了包庇有關的人而進行的，如果這種情況直到審判結束後才發現，將意味著什麼？換言之，調查或起訴階段不是以適當的方式進行的，而審判程序是以善意方式進行的，但審判結果將是不公正的，因為該審判建立在虛假證據基礎之上。在這種情況下，如果“訴訟程序”僅指審判階段，國際刑事法院就不能審判有關的人。另一方麵，如果按照第17條的含義去理解，“訴訟程序”應當包括調查和起訴階段。這樣，就會得出不同的結論。此外，如果按照設立法院的目的解釋，“訴訟程序”應當包括調查、起訴、審判階段，其他任何解釋都會阻卻法院行使管轄權。從前述的兩方麵看，“訴訟程序”應做擴張解釋，才有可能做到法網恢恢、疏而不漏，才能實現法院控訴、審判犯罪、使罪犯不再逍遙法外的目的。否則，會使一部分罪犯漏網，達不到懲罰的預期目的，有悖於設立法院的目的。第二，第3款中未提及國家法院是否應當作出判決。如果應當作出判決，應是什麼樣的判決；是否必須為終局裁決。筆者認為，第20條是關於一事不再理的規定，國家法院在審判程序中應當作出判決，並且作出的判決應為發生法律效力的判決，即最終判決。隻有確定的判決，才能適用一事不再理原則。如果判決處於效力待定狀態，則被告人有罪還是無罪不確定。此時，如果適用一事不再理原則，會違背司法審判的公正原則，補充性原則也會受影響。不過，大陸法係和普通法係對什麼是最終判決，存在著不同的實踐和觀點。在大陸法係的實踐中，最終判決的含義是已經“用盡所有的一般救濟辦法。”即檢察官可以就法律問題、事實問題和程序問題進行上訴，在上訴法院作出最終裁決後，才能適用一事不再理原則。在普通法係國家，對被告作出有罪或無罪的判決後，就可以適用一事不再理原則，檢察官不得上訴，除非又發現了在審判中得不到的新證據。因此，在普通法係中，一般而言，一審判決後就可適用一事不再理原則。
四、無罪推定原則
無罪推定（presumption of innocence）經曆了一個從政治法律思想到憲法原則和刑事司法原則的嬗變過程。無罪推定原則作為一種政治法律思想，是意大利法學家貝卡利亞首先提出的。貝卡利亞在《犯罪與刑罰》一書中首先指出：“在法官判決之前，一個人是不能被稱之為罪犯的，隻要還不能斷定他已經侵犯了給予他公共保護的契約，社會就不能取消對他的公共保護。”“如果犯罪是不肯定的，就不應折磨一個無辜者，因為，在法律看來，他的罪行並沒有得到證實。”後來，一些歐洲國家將無罪推定作為一項法律原則，規定在憲法或憲法性文件中。例如，法國《人權宣言》第9條規定：“任何人在未經判罪前均應假定其為無罪，如非拘禁不可，法律應規定對他采取的嚴厲措施不得超過為防止他逃脫而必須采取的措施。”意大利1947年《憲法》第27條規定：“被告人在最終定罪之前，不得被認為有罪。”在英美法係國家，無罪推定是一項基本的普通法規則。例如，美國《憲法》第五修正案的“正當法律程序”包含了無罪推定原則。我國的法律未完全承認無罪推定原則。1996年頒布的《刑事訴訟法》第12條規定：“未經人民法院依法判決，對任何人都不得確定有罪。”該規定雖然吸收了無罪推定原則的部分內容，但並未毋庸置疑地明確規定無罪推定原則。該法的其他條款，如第93條、第128條、第162條、第165條和第166條等，還包含了與無罪推定原則相悖的內容。
一些國際或區域性人權公約也確認了無罪推定原則。1948年聯合國大會通過的《世界人權宣言》是規定該項原則的第一個國際法文件。該《宣言》第11條第1款規定：“凡受刑事控告者，在未經獲得辯護上所需的一切保證的公開審判而依法證實有罪以前，有權被視為無罪。”隨後，1966年聯合國通過的《公民權利和政治權利國際公約》再次確認了無罪推定原則。該《公約》第14條第2款規定：“凡受刑事控告者，在未依法證實有罪之前，應有權被視為無罪。”此外，一些區域性人權公約也規定了無罪推定原則。
《羅馬規約》第66條明文規定了無罪推定原則。該條規定：“（一）任何人在本法院被依照適用的法律證明有罪以前，應推定無罪。（二）證明被告人有罪是檢察官的責任。（三）判定被告人有罪，本法院必須確信被告人有罪已無合理疑問。”其中，第1款規定了無罪推定的含義；第2款和第3款分別規定了確定被告有罪的證明責任和證明標準。《羅馬規約》的其他條款也相應地規定了和無罪推定原則相關的內容。
無罪推定的出發點是確保訴訟程序公正、公平，確定被告人在刑事訴訟中的主體地位，使被告享有與原告對等的訴訟地位，享有以辯護權為核心的各項訴訟權利；無罪推定原則下的證明責任由檢察官承擔。根據無罪推定原則，犯罪嫌疑人或被告人的法律地位預先被推定為無罪狀態。因此，證明犯罪嫌疑人或被告人有罪的責任便責無旁貸地落在了控訴方的肩上，辯護方不承擔證明被告人有罪的責任，辯護方提出事實和證據的行為是行使辯護權的行為，不是履行證明責任的行為；無罪推定原則下的證明標準與證明責任有密切的關係。如果隻有證明責任，沒有證明標準，那麼，被告人的權利仍然得不到真正的保護，被告人仍有可能被恣意定罪。隻有證明責任達到高標準的證明程度，被告人的權利才能得到切實的保障。證明的標準應達到“排除合理懷疑”的程度；如果最終不能“排除合理懷疑”，則應遵循“疑罪從無”的規則。