中共中央根據當時社會主義改造迅猛發展、國家全麵建設的任務即將來臨的形勢，認為有必要針對黨在執行知識分子政策上出現的問題，加強和改進黨對知識分子工作的領導，製定一整套適應新時期需要的關於知識分子的方針、政策和措施、1955年11月23日，毛澤東召開中央書記處全體成員及中央有關方麵負責人參加的會議，決定中共中央將於1956年1月召開一次全麵解決知識分子問題的大型會議，同時決定成立由周恩來負總責，並有彭真、陳毅、李維漢等參加的中共中央研究知識分子問題10人小組。負責會議的籌備工作。
1956年1月召開的中共中央關於知識分子問題會議，是黨和新中國曆史上一次具有深遠影響的會議。會上，周恩來代表中共中央作了《關於知識分子問題》的報告，報告圍繞著知識分子和發展科學技術這兩大問題進行了深入而係統的論述，並把它們作為社會主義建設的一項基本工作提到全黨麵前。
周恩來在報告中，一方麵，根據我國知識分子中的絕大多數“已經成為國家工作人員，已經為社會主義服務”這個基本事實，根據我國知識分子的政治思想麵貌，“在過去六年來已經發生了根本的變化”，明確提出了知識分子“已經是工人階級的一部分”。另一方麵，指明“人類麵臨著一個新的科學技術和工業革命的前夕”，“在社會主義時代比以前任何時代都更加需要充分地提高生產技術，更加需要充分地發展科學和利用科學知識”。強調“科學是關係我們的國防、經濟和文化各方麵的有決定性的因素”。報告由此提出“我們必須急起直追”，“趕上世界先進水平。”號召全黨全國人民立即行動起來，“認真而不是空談地向現代科學進軍”。這就從追趕世界先進水平、加速社會主義建設這樣一個全新的角度，說明尊重知識，尊重人才，充分發揮知識分子作用的極端重要性。報告為此提出了改進知識分子工作的三項措施：“第一，應該改善對於他們的使用和安排，使他們能夠發得他們對於國家有益的專長”；“第二，應該對於所使用的知識分子有充分的了解，給他們以應得的信任和支持，使他們能夠積極地進行工作”；“第三，應該給知識分子以必要的工作條件和適當的待遇”。
周恩來在這個主題報告中提出知識分子“已經是工人階級的一部分”的科學論斷，是中國共產黨在社會主義時期關於知識分子問題的基本指導思想，構成了新時期黨對知識分子的正確政策的理論基礎。
這一時期，毛澤東向全黨提出探索適合中國國情的社會主義建設道路的任務，這時他對知識分子問題進行了比較深入的、正確的分析。
第一，把知識分子作為社會主義社會的主要成員之一。在我國社會主義改造基本完成之後，毛澤東就指出：“在社會主義社會裏，主要的社會成員是三部分人，就是工人、農民和知識分子。”他認為，知識分子是腦力勞動者，他們的工作是為人民服務的。在全國的500萬左右的知識分子中，絕大多數人都是愛國的，愛我們的中華人民共和國，願意為人民服務，為社會主義的國家服務。有少數知識分子對於社會主義製度不那麼歡迎，還有懷疑，但他們還是愛國的；對於我們的國家抱著敵對情緒的知識分子，隻是極少數。總之，絕大部分的知識分子，占500萬總數的90%以上的人，都是在不同程度上擁護社會主義製度的。這個對知識分子狀況的基本估計，應該說是正確的。
第二，提出社會主義建設需要大批的知識分子。毛澤東深刻地闡述了知識分子在社會主義建設事業中的重要作用，他說：“五百萬左右的知識分子對於我們這樣一個大國來說，是太少了。沒有知識分子，我們的事情就不能做好，所以我們要好好地團結他們。”他從我國社會主義建設的緊迫性出發，提出要“改變我國在經濟上和科學文化上的落後狀況，迅速達到世界上的先進水平”，要把我國“建設成為世界上一個科學、文化、技術、工業方麵更好的國家”，就必須“有足夠數量的、優秀的科學技術專家”。要通過提倡學業務、學科學技術知識改變幹部隊伍中存在的隻紅不專，“不懂業務，不懂技術”的現狀。毛澤東強調指出：“無產階級沒有自己的龐大的技術隊伍和理論隊伍，社會主義是不能建成的。”他向全黨提出培養無產階級知識分子的要求，力爭在十年內建立起無產階級知識分子的隊伍。毛澤東還針對當時黨內存在的“左”的宗派主義傾向，要求全黨要正確對待知識分子問題，認真貫徹黨的知識分子政策。
第三，提出廣大知識分子應加強自我改造的要求。毛澤東指出，我國知識分子的大多數，在過去七年中已經有了顯著的進步。他們表示讚成社會主義製度。他們中間有許多人正在用功學習馬克思主義。有一部分人已經成為共產主義者。這部分人目前雖然還是少數，但是正在逐漸增多。在毛澤東看來，世界觀的轉變是一個根本的轉變，還需要一個很長的時間。他希望我國的知識分子為了充分適應新社會的需要，在自己的工作和學習的過程中，逐步地樹立共產主義的世界觀，逐步地學好馬克思列寧主義，逐步地同工人農民打成一片，而不要中途停頓，不要向後倒退，倒退是沒有出路的。毛澤東殷切期望要造成一種空氣，使知識分子自覺地到群眾中去。到工廠中去，到農村中去，去熟悉工人、農民的生活、工作和思想。知識分子隻有和工人、農民交朋友，研究社會的實際情況，研究實際經驗和材料，才能把書本上學來的東西變成自己的東西。
上述情況表明，在我國曆史發生重大轉折的時候，中共中央、毛澤東對社會主義建設時期知識分子的地位和作用，以及黨對知識分子的政策，都作了正確的闡述，這不僅對於推進我國的社會主義建設有著重要的意義，而且也為這時黨能夠提出“雙百”方針提供了科學依據。
同時應該指出，這時周恩來代表中共中央明確提出知識分子已經是工人階級的一部分，但黨內對這個問題的認識並不完全一致。在1956年9月召開的中共八大，繼續強調要發揮知識分子在社會主義建設中的重要作用，但大會沒有采用“知識分子已經是工人階級的一部分”這一科學表述，而是用了“資產階級和小資產階級的知識分子”這一傳統提法。到了1957年反右鬥爭擴大化的嚴重錯誤發生後，重提階級鬥爭是主要矛盾，從此知識分子被歸人了資產階級的範疇，並且被看做是資產階級同無產階級較量的主要力量。這種對知識分子階級屬性的錯誤判斷，是同黨的“左”的指導思想發生和發展緊密相關的，在實踐中造成了嚴重後果。事實證明，知識分子被視作異己力量之日，便是黨的“雙百”方針受到摧殘之時。這個曆史教訓是極為沉痛的。
四 “雙百”方針也是“民主治國”的一項基本方針
1957年3月，毛澤東《在中國共產黨全國宣傳工作會議上的講話》中，明確指出：“百花齊放，百家爭鳴這個方針不但是使科學和藝術發展的好方法，而且推而廣之，也是我們進行一切工作的好方法。”這就在實際上把它作為“民主治國”的一項基本方針提了出來。
毛澤東認為，領導我們的國家可以采用兩種不同的辦法，或者說兩種不同的方針，這就是放和收。放，就是放手讓大家講意見，使人們敢於說話，敢於批評，敢於爭論；不怕錯誤的議論，不怕有毒素的東西；發展各種意見之間的相互爭論和相互批評，既容許批評的自由，也容許批評批評者的自由；對於錯誤的意見，不是壓服，而是說服，以理服人。收，就是不許人家說不同的意見，不許人家發表錯誤的意見，發表了就“一棍子打死”。這不是解決矛盾的辦法，而是擴大矛盾的辦法。兩種方針：放還是收呢？二者必取其一。我們采取放的方針，因為這是有利於我們國家鞏固和文化發展的方針。
在毛澤東看來，我們主張放的方針，現在還是放得不夠，不是放得過多。不要怕放，不要怕批評，也不要怕毒草。馬克思主義是科學真理，不怕批評，它是批評不倒的。共產黨、人民政府也是這樣，也不怕批評，也批評不倒。錯誤的東西總會有的，並不可怕。
毛澤東把是“放”還是“收”，作為治理國家的方針問題，堅持“不能收，隻能放”的思想，是有重要的理論和實踐上的指導意義。
首先，堅持采取“放”的方針，是基於對社會主義社會基本矛盾的性質、特點和主要矛盾變化的深刻認識。在社會主義社會裏，仍然存在著矛盾，但同舊社會不同的一個重要表現，就是人民內部矛盾突出出來成為曆史發展的動力。它廣泛地存在於社會生活的一切領域，對社會生活的各個方麵產生深刻的影響作用。因此能否正確處理人民內部矛盾，關係到黨和國家能否保持對社會主義社會的正確領導，關係到整個社會的穩定團結，關係到能否調動一切積極因素建設社會主義。堅持“放”的方針，就是承認社會主義社會存在著矛盾，並尋求正確處理人民內部矛盾的過程。而“收”的方針，則是否認或掩蓋矛盾，一旦矛盾出現，勢必采取壓製的方法，或是導致混淆兩類不同性質矛盾的錯誤，這顯然是不利於社會主義的錯誤方針。毛澤東多次強調指出，正確處理人民內部矛盾的根本方針就是調動一切積極因素，建設強大的社會主義國家。他說，要通過正確處理人民內部矛盾，造成一個又有集中又有民主，又有紀律又有自由，又有統一意誌、又有個人心情舒暢、生動活潑，那樣一種政治局麵，以利於社會主義革命和社會主義建設，較易於克服困難，較快地建設我國的現代工業和現代農業。所以堅持“放”的方針，是發展社會主義民主的重要體現。
其次，實行“放”的方針，有利於提高幹部的領導能力，並使人民群眾受到鍛煉。毛澤東說，這個方法可以使我們少犯錯誤。有許多事情我們不知道，因此不會解決，通過“放”的方針，我們就會懂得解決問題的方法。各種不同意見辯論的結果，就能使真理發展。他認為，把一些毒草，把非馬克思主義和反馬克思主義的東西，擺在我們同誌麵前，擺在人民群眾和民主人士麵前，讓他們受到鍛煉。“不要封鎖起來，封鎖起來反而更危險。這一條我們跟蘇聯的做法不同。為什麼要種牛痘？就是人為地把一種病毒放到身體裏麵去，實行‘細菌戰’，跟你作鬥爭，使你的身體裏頭產生一種免疫力。”
再者，堅持“放”的方針，有利於加強人民內部的團結，發展社會主義事業。采取“放”的方針，容許人民內部不同意見的自由討論，容許不同學派、不同風格的自由發展，這不僅有利於發展真理，發展我們的事業，而且有利於加強人民內部的團結。例如在遺傳學領域，由於受到蘇聯的影響，新中國成立之初也采取獨尊李森科學派而貶損禁止摩爾根學派，一些科學試驗遭到粗暴幹涉而被迫停止；著名植物學家胡光因在《植物分類學簡編》中批評了李森科，竟遭到政治批判。對於這些情況，毛澤東、周恩來等指示中央宣傳部和中國科學院進行調查研究，要求按照“雙百”方針的精神加以解決。1956年8月全國遺傳學座談會在青島召開，與會130多人中包括了我國遺傳學界兩派的主要學者。中宣部有關負責人針對遺傳學界兩派之間的嚴重的不正常狀況，闡述了黨的“雙百”方針，明確表示不讚成把摩爾根的觀點說成是唯心論，宣布全部摘掉過去強加給摩爾根學派遺傳學的各種政治帽子，強調學術上的不同見解要通過自由討論和科學實踐去解決，一時解決不了的問題可以等待，不要急於作結論。這次會議打破了幾年來我國遺傳學派形成的“一家獨鳴”的僵硬局麵，促進了不同學派之間的團結與合作，產生了良好的影響。1957年4月，《光明日報》刊登了北京大學遺傳學教授李汝琪的《從遺傳學談百家爭鳴》一文。毛澤東讀後立即請胡喬木在《人民日報》上轉載，並親自寫了“本報編者按”：“這篇文章載在4月29日的光明日報，我們將原題目改為副題，替作者換了一個題目，表示我們讚成這篇文章。”毛澤東替作者換的題目是《發展科學的必由之路》。這個題目既體現了百家爭鳴對發展科學的重要意義，也表達了他對科學工作者的殷切期望。
應當指出，把“雙百”方針作為治理國家的一項基本方針，是發展社會主義民主的一個創造。所以，毛澤東不僅把“雙百”方針作為發展科學文化的方針，而且看做是發展馬克思主義的方針，統一戰線的方針，正確處理人民內部矛盾的方針。毛澤東堅信：“采取現在的方針，文學藝術、科學技術會繁榮發達，黨會經常保持活力，人民事業會欣欣向榮，中國會變成一個大強國而又使人可親。”