“雙百”方針提出後，如毛澤東所說，許多人實際上不讚成。有些同誌發表文章，認為“雙百”方針貫徹以來，“為工農兵服務的文藝方向和社會主義現實主義的創作方法，越來越很少有人提倡了”。他們誇大“雙百”方針貫徹以來的消極方麵，認為“真正反映當前重大政治鬥爭的主題有些作家不敢寫了，也很少有人再提倡了”，“文學藝術的戰鬥性減弱了，時代的麵貌模糊了，時代的聲音低沉了，社會主義建設的光輝在文學藝術這麵鏡子裏光彩暗淡了”。主張“應該創造新花為主，開放新花為主”。提出要“壓住陣腳進行鬥爭”。這篇具有代表性的文章發表後，立即引起毛澤東的注意，並對它進行了多次批評。他認為這篇文章對形勢的估計是錯誤的，思想方法是教條主義、形而上學、片麵性的，是“粗暴不講理”的。他指出這些同誌也許是好心，忠心耿耿，為黨為國，但意見是不對的，無非是阻止百花齊放，百家爭鳴。
毛澤東特別指出：“百花齊放，我看還是要放。有些同誌認為，隻能放香花，不能放毒草。這種看法，表明他們對百花齊放、百家爭鳴的方針很不理解。”在毛澤東看來，貫徹百花齊放，百家爭鳴那就不應是“隻能放香花，不能放毒草”，這是因為：首先，毛澤東認為，曆史上新的正確的東西，在開始的時候常常得不到多數人的承認，隻能在鬥爭中曲折地發展。正確的東西，好的東西，人們一開始常常不承認它們是香花，反而把它們看做毒草。哥白尼關於太陽係的學說，達爾文的進化論，都曾經被看做是錯誤的東西，都曾經經曆艱苦的鬥爭。我國曆史上也有許多這樣的事例。因而，對於科學和藝術上的是非，香花和毒草的辨別，應當保持慎重的態度，提倡自由討論；為了判斷正確的東西和錯誤的東西，常常要有在實踐中檢驗的時間。其次，毛澤東認為，正確的東西總是在同錯誤的東西作鬥爭的過程中發展起來的，“真的、善的、美的東西總是在同假的、惡的、醜的東西相比較而存在的，相鬥爭而發展的”。在社會主義國家，還有非馬克思主義的思想存在，也有反馬克思主義的思想存在，“馬克思主義必須在鬥爭中才能發展，不但過去是這樣，現在是這樣，將來也必然還是這樣”。他特別指出，對於人民內部的錯誤思想，不能采取禁止的辦法，不能用簡單的方法去處理、“隻有采取討論的方法，批評的方法，說理的方法，才能真正發展正確的意見，克服錯誤的意見，才能真正解決問題”。同時，“我們應當批評各種各樣的錯誤思想。不加批評，看著錯誤思想到處泛濫，任憑它們去占領市場，當然不行。有錯誤就得批判，有毒草就得進行鬥爭”。再次，在毛澤東看來，毒草的存在並不完全是壞事，毒草可以化作肥料。他說，一般說來，反革命的言論當然不讓放。但是，它不用反革命的麵貌出現，而用革命的麵貌出現，那就隻好讓它放，這樣才有利於對它進行鑒別和鬥爭。他比喻說，田裏長著兩種東西，一種叫糧食，一種叫雜草。雜草年年要鋤，一年要鋤幾次。你說隻要放香花，不要放毒草，那就等於要田裏隻能長糧食，不能長一根草。話盡管那樣講，凡是到田裏看過的人都知道，隻要你不去動手鋤，草實際上還是有那麼多。雜草有個好處，翻過來就是肥料。可以化無用為有用。農民需要年年跟田裏的雜草作鬥爭，我們黨的作家、藝術家、評論家、教授，也需要年年跟思想領域的雜草作鬥爭。毛澤東認為，正確的意見如果是在溫室裏培養出來的，如果沒有見過風雨，沒有取得免疫力，遇到錯誤意見就不能打勝仗。“禁止人們跟謬誤、醜惡、敵對的東西見麵，跟唯心主義、形而上學的東西見麵，跟孔子、老子、蔣介石的東西見麵，這樣的政策是危險的政策。它將引導人們思想衰退，單打一，見不得世麵，唱不得對台戲。”
毛澤東正是從哲學的高度，從對立統一的觀點出發，科學地闡明黨的“雙百”方針。在上述分析的基礎上，他進而指出：“對立物的兩個相互對立相互鬥爭的側麵，總有個主，有個次。在我們無產階級專政的國家裏，當然不能讓毒草到處泛濫。無論在黨內，還是在思想界、文藝界，主要的和占統治地位的，必須力爭是香花，是馬克思主義。”“百花齊放，百家爭鳴”這兩個口號。從字麵看，是沒有階級性的，無產階級可以利用它，其他的人們也可以利用它們。但在事實上，對於香花和毒草，不同的階級、階層和社會集團，都有不同的標準和看法。因而，“雙百”方針是有階級性的，是無產階級的、馬克思主義的方針。這是我們黨和國家的性質決定的。為了幫助人們發展對於各種問題的自由討論，毛澤東提出了在我們人民的政治生活中判斷人們言論和是非的政治標準，這就是：“（一）有利於團結全國各族人民，而不是分裂人民；（二）有利於社會主義改造和社會主義建設，而不是不利於社會主義改造和社會主義建設；（三）有利於鞏固人民民主專政，而不是破壞或者削弱這個專政；（四）有利於鞏固民主集中製，而不是破壞或者削弱這個製度；（五）有利於鞏固共產黨的領導，而不是擺脫或者削弱這種領導；（六）有利於社會主義的國際團結和全世界愛好和平人民的國際團結，而不是有損於這些團結。這六條標準中，最重要的是社會主義道路和黨的領導兩條。”
毫無疑義，“百花齊放，百家爭鳴”作為我國發展科學和文化的基本方針，既是認真總結汲取了曆史與現實、國際與國內科學和文化發展史上的經驗教訓，又是毛澤東為代表的中國共產黨人的一大創造，是對馬克思主義的一個發展。它對於發展我國的科學和文化事業有著重大的意義。
首先，正確處理了政治與學術、政治與文學藝術之間的關係，反對了文化專製主義和政治對學術文化領域不恰當的幹預。這是發展學術和文化藝術常常遇到的問題。由於我國長期受封建社會的影響，又使得這個問題更加突出。同時，在社會主義曆史上，由於大多數社會主義國家是在經濟文化落後的基礎上建立起來的，因而在發展科學文化問題上也不同程度地受到曆史遺留的文化專製主義思想的影響，出現過諸如對學術文化性質的問題隨意貼政治“標簽”，扣政治“帽子”，扶持一派，壓製一派，粗暴幹涉，混淆敵我，等等。這方麵的教訓是極其深刻的。“雙百”方針的提出，正是對中外曆史和現實經驗的深刻總結，指明了發展科學文化的正確道路。
其次，正確反映了發展科學文化的客觀規律，是社會主義社會發展科學和繁榮文化的必由之路。1957年2月，毛澤東為《如何處理人民內部矛盾》的報告擬了提綱，在有關“雙百”方針的部分，曾根據這一方針提出後一年來的實踐經驗，進一步提出應根據學術發展的特殊規律製定我們的方針政策。他寫道：“曆史上的香花在開始幾乎被認為毒草，而毒草卻長期被認為香花。香毒難分，馬克思、列寧、達爾文、哥白尼、伽利略、耶穌、路德、孔子、孫中山、共產黨……”“馬克思主義是和它的敵對思想作鬥爭發展起來的。”他進而提出：“馬克思主義還要發展，如何發展？”這個命題，擴而大之，實際上是涉及如何發展學術和文化的問題。提綱寫道：“統一戰線，長期共存，百花齊放，百家爭鳴，治病救人，反對形而上學、教條主義——聯係起來。”提綱特別強調“雙百”方針是一個人民內部教育自己和發展自己事業的方針。由此可見，毛澤東正是從發展科學文化這一特殊矛盾出發，自覺地運用它的客觀規律來為我國發展科學文化事業服務。這是我們黨和毛澤東的一個創造性的貢獻。正因為“雙百”方針反映了我國科學和文化事業發展客觀規律的要求，所以是促進科學文化事業繁榮發展的科學方法。“雙百”方針提出後的幾十年曆史反複證明：凡是堅持並正確貫徹“雙百”方針，我國的科學文化事業就獲得繁榮發展；而每當“雙百”方針不被尊重，受到損害甚至被踐踏，我國的科學文化事業就發展緩慢，甚至停滯、倒退。曆史經驗教訓表明，客觀規律是不以人的意誌為轉移，隻有認識它、尊重它，自覺地運用它，方能促進我們事業的發展。
再者，體現了發展科學文化事業所必需的民主作風和民主領導方法。“雙百”方針是以尊重知識，尊重學術文化活動，尊重科學文化發展客觀規律為前提的。對於學術和藝術性質的問題，實行學術自由、創作自由、批評與自我批評自由，反對以勢壓人，粗暴幹涉，提倡平等的、說理的、民主的方法，並且通過科學和藝術的實踐去證明去解決。這種民主風氣和民主領導方法對於促進科學文化繁榮發展的重要作用，是顯而易見的。
三 要充分重視和發揮知識分子在社會主義建設中的特殊作用
如前所述，“百花齊放，百家爭鳴”這一方針的提出，是以尊重知識，尊重科學，尊重知識分子勞動的特點為出發點的。也是為了調動廣大知識分子的積極性，以加快我國的社會主義建設。應當說，這一方針的提出及其完善和貫徹，體現了我們黨在社會主義事業中，充分重視並注意發揮知識分子的特殊作用。
如何正確認識知識分子在中國革命和建設中的地位和作用，是涉及黨的一個大政策。毛澤東在知識分子問題上的正確與失誤，都同中國共產黨的知識分子政策息息相關，是值得認真研究和總結的。
在新中國誕生前夕，毛澤東曾多次把腦力勞動者作為我國人民革命和人民政權的主體即勞動人民的一部分。他說：“所謂勞動人民，是指一切體力勞動者（如工人、農民、手工業者等）以及和體力勞動者相近的、不剝削人而又受人剝削的腦力勞動者。”1949年毛澤東在黨的七屆二中全會上也指明：我國的人民民主專政包括兩個團結：一個是“團結全體工人階級、全體農民階級和廣大的革命知識分子，這些是這個專政的領導力量和基礎力量”。一個是“團結盡可能多的能夠同我們合作的城市小資產階級和民族資產階級的代表人物，它的知識分子和政治派別”。
由此可見，毛澤東是明確地把“腦力勞動者”、“廣大的革命知識分子”，作為勞動人民的一個組成部分，作為“人民民主專政的領導力量和基礎力量”的一部分。這個正確的認識和判斷，在新中國成立後得到了延續。1950年中央人民政府政務院重新公布1933年《關於土地改革中一些問題的決定》這一文件時，專門在補充決定中指出：“凡受雇於國家的、合作社的或私人的機關、企業、學校等，為其中辦事人員，取得工資以為生活之全部或主要來源的人，稱為職員。職員為工人階級的一部分。”並規定工程師、教授、專家等高級職員，“其階級成分與一般職員同”。這個文件作為劃分階級成分的規定，仍反映了是把知識分子作為工人階級的一部分。
新中國成立後，隨著國民經濟的迅速恢複和各項建設工作的逐步展開，迫切需要有更多的知識分子參加到建設新中國的行列中來。正如這時周恩來所指出的：我們要在舊中國遺留的滿目瘡痍的“這個破爛攤子上進行建設”，“就會感到我國的科學家不是太多而是太少。現在愈接觸各種事實，愈使我們感到這個問題的嚴重性”。但是，對於知識分子的重要作用的認識在黨內並不完全一致，在黨內一些人中還嚴重地存在著“左”的宗派主義情緒，他們看不到從舊社會來的知識分子，經過解放初期的思想改造運動及其對新中國的親身感受，在思想感情和政治麵貌方麵已發生的帶根本性的變化，因而在黨內不尊重知識，不尊重人才，甚至歧視和排斥知識分子的現象時有發生。這些現象的存在，顯然是同新中國的建設任務極不相稱的。