誠然，蔡元培允許不同學派存在和發展的思想自由原則，是從學術研究的角度提出來的。但是，事物的發展往往超出人們的主觀願望，馬克思主義在中國的傳播就是一個明顯的例證。這是蔡元培所不能預料的。但應該肯定，蔡元培的兼收並蓄主張，對馬克思主義在北大以至全國的傳播，在客觀上是起了促進和保護作用的。例如，1924年，北京反動政府曾以提倡共產主義的罪名，下令通緝李大釗。當時北大給教育部的函中就提出：“大學為講學之地，研究各科學問實為大學教授應盡之責任，不能因此遽令通緝。”並要求“嗣後對於大學教授，非依據法律確實證明其為現行犯者，絕對不能任意通緝”。就是援引蔡元培思想、學術自由的原則，同反動政府進行說理鬥爭的。
蔡元培為了羅致新派人物，還注意從青年新進、國外留學生中物色人才。胡適（1891-1962），安徽績溪人。1904年後在上海先後入梅溪學堂、澄衷學堂和中國公學讀書。曾在中國公學加入“競業學會”，並積極為《競業旬報》撰稿，發表不少白話文文章和小說。1910年到北京考取留美官費生，成為第二批庚子賠款的留美學生。1910-1917年，他在美國留學期間，先後入康奈爾大學、哥倫比亞大學學習，深受杜威實用主義哲學的影響，政治上傾向改良主義，反對革命。他曾讚成袁世凱和日本簽訂賣國的《二十一條》，反對留美學生的愛國運動。胡適在留學期間，常向國內《新青年》投稿，並和陳獨秀通信，係統討論過文學革命問題。1917年1月，他在《新青年》二卷五號上發表《文學改良芻議》一文，提出了他對文學改良的八點主張，即：“一曰，須言之有物。二曰，不摹仿古人。三曰，須講求文法。四曰，不作無病之呻吟。五曰，務去爛調套語。六曰，不用典。七曰，不講對仗。八曰，不避俗字俗語。”這雖然還僅限於文學形式方麵，但在當時卻發生了積極影響，也引起北大新派教授的注意。陳獨秀曾稱其“以為今日中國文界之雷音”。同年4月，胡適又寫了一篇《諸子不出於王官論》的翻案文章。蔡元培對這個留美青年能寫出這樣興衰救弊和推翻舊案的文章，十分欣賞；而這時陳獨秀也向他作了推薦，意請胡適代其為文科學長，蔡元培除仍堅請陳出任學長外，遂決定邀請胡適來北大任教。陳獨秀到北大後，曾致書胡適說：“蔡孑民先生已接北京總長（按係北大校長之誤）之任，力約弟為文科學長，弟薦足下以代，此時無人，弟暫充之。孑民先生盼足下早日回國，即不願任學長，校中哲學、文學教授俱乏上選，足下來此亦可擔任。學長月薪三百元，重要教授亦有此數。”1917年7月胡適回國，9月就正式被聘為北大文科教授，講授中國哲學史並兼哲學研究所主任。第二年，他用白話文出版了《中國哲學史大綱》（上卷），蔡元培還專門為這本書寫了序。胡適支持蔡元培的革新事業，如在招收女生問題上，他在1919年10月發表《大學開女禁問題》一文，認為大學招收女生是近代高等教育理所當然的事情，同時提出要實現這一點，要分步驟創造條件，即第一步要先聘任女教授；二是招收女子旁聽；三是改革現行女子教育，使其與高等教育相銜接。這些意見是中肯的。他對蔡元培革新北大的精神和成就是欽佩的，他認為蔡先生造成北大最重大的變化是兩個：一個是組織方麵，即從校長、學長獨裁製改變為教授治校製；二是大力提倡學術思想的自由，容納個性的發展，使北大成為國內思想自由的中心，引起青年學生對各種社會活動的濃厚的興趣。胡適在晚年回憶北大生活情景時，仍然對蔡元培懷有崇敬之情，他說：“當我在北京大學出任教授的時候，北大校長是那位了不起的蔡元培先生。蔡校長是位翰林出身的宿儒，但是他在德國也學過一段時期的哲學，所以也是位受過新時代訓練的學者，是位極能接受新意見新思想的現代人物。他是一位偉大的領袖，對文學革命發生興趣，並以他本人的聲望來加以維護。”五四運動中蔡元培離校出走後，他協助維持校政。胡適在新文化運動中，曾作出過重要貢獻，雖然他的文學主張和他的政治主張一樣，都具有明顯的改良主義色彩，但他積極提倡白話文，後來還作白話文學史以證明白話文的價值，對當時的文學革命運動起了一定的積極作用。
北大新派教授中著名的還有錢玄同和劉半農，他們都是文學革命的積極響應者。
錢玄同（1887-1939），原名夏，字中季，浙江吳興人。早年曾剪發以示“義不帝清”，1906年留學日本早稻田大學，加入同盟會。在東京曾師事章太炎治音韻訓詁之學，並與魯迅、劉師培等交往。1910年回國後在中學任教。辛亥革命後，痛感複古的危害，後以“疑古玄同”自號。1913年到北京，曾任北京高等師範附屬中學教員，授文字學。1916年到北京大學為沈兼士代課，1917年9月，蔡元培正式聘任他為文本科教授兼國文門研究所教員。在新文化運動中，錢玄同猛烈抨擊舊文學，斥之為“文選妖孽”、“桐城謬種”。他極力主張用白話文體作文章，在《新青年》上他是第一個寫白話文的，並建議《新青年》“做為白話文的試驗場”，改用橫排版，加新式標點等。在他的倡議下，《新青年》自四卷一號起（1918年1月），改用白話文，並加標點符號。錢玄同還是一個激烈的語言文字改革論者，主張廢除漢字代以拚音文字。他曾說：“欲使中國不亡，欲使中國民族為二十世紀文明之民族，必以廢孔學、滅道教為根本之解決，而廢記載孔門學說及道教妖言之漢文，尤為根本解決之根本解決。”他還在校內講演宣傳這個主張，而他所授的文字學課也確有獨到之處。錢玄同這種以拚音文字代象形文字的主張，是有進步意義的。但他對漢字缺乏曆史主義的分析，過於偏激，蔡元培也認為“不易實現”。
劉半農（1891-1934），名複，號曲庵，江蘇江陰人。早年參加過反清革命活動，辛亥革命後在上海任中華書局編輯。1916年積極投身於新文化運動，成為《新青年》的重要撰稿人。1917年蔡元培聘他為北大文預科教授，先後開設了國文、文法等課程，並在文科研究所小說組講授“中國的下等小說”（通俗小說）。他講授文法課時，編輯出版了《中國文法通論》、《中國文法講話》等。劉半農是文學革命的健將和最早的新詩人之一。從1918年起，他用白話寫了許多活潑清新的新詩，另外還仿他家鄉江陰的民歌，創作了具有濃厚地方方言色彩的詩歌，分別收在《揚鞭集》和《瓦釜集》中。劉半農在反對封建複古主義的鬥爭中，具有勇敢戰鬥的精神。為了推動文學革命運動的發展，1918年3月出版的《新青年》四卷三號上，刊出了錢玄同化名王敬軒給編輯部的信（即《文學革命之反響》）。信中把舊文人攻擊新文學的各種謬說羅織在一起，樹立起對立麵，然後由劉半農在同一期《新青年》上著文作答。劉半農的複信筆鋒犀利，文字詼諧活潑，把封建複古派的各種謬論駁斥得淋漓盡致。這兩封轟動一時的“雙簧信”，成為新文化運動中的一段佳話。魯迅曾稱讚這一時期的劉半農“喜笑怒罵，皆成文章”，是“新青年》裏的一個戰士。他活潑，勇敢，很打了幾次大仗”。五四運動後不久，劉半農轉而專心治學，安於學者的生涯。
魯迅是稍後一點到北大任教的，而他與北大的關係卻早已十分密切。魯迅和蔡元培之間有著真摯的友誼。辛亥革命後不久，魯迅就應蔡元培的邀請到南京教育部供職。當時向蔡元培推薦魯迅的許壽裳，後來曾記述了這件事：“我被蔡先生邀至南京幫忙，草擬各種規章，日不暇給，乘間向蔡先生推薦魯迅，蔡說：‘我久慕其名，正擬馳函延請。現在就托先生——蔡先生對我，每直稱先生——代函敦勸，早日來京。’我即連寫兩封信給魯迅，說蔡先生殷勤延攬之意。”魯迅應邀到南京臨時政府教育部任職。隨後，蔡元培隨政府北遷而來到北京後，即電催魯迅北上。從這時起，魯迅即開始和北大一些教授，如錢玄同、朱希祖、馬敘倫、沈尹默、沈兼士等人有往來。1917年1月4日，蔡元培出任北大校長職務，1月7日，魯迅由紹興省親返抵北京，三天後他就往北大訪晤了蔡元培，此後他們之間時通音問，常相過從。蔡元培曾說，自魯迅供職教育部後，他們“始常常見麵”。此後二十餘年間，他們的友誼一直在延續和發展著，特別是在30年代，他們共同為保障民權而戰鬥，更增進了他們之間的關係。蔡元培對北大進行的改革，魯迅是關注的。1917年8月，魯迅應蔡元培的要求為北大設計了校徽圖樣。他巧妙地將北大二字組成一個圓形圖案，這個圖樣後被采用作校徽而為北大學生長期佩帶。1918年6月25日，《北京大日刊》刊登了魯迅的《新出土呂超墓誌銘考證》的考古論文（署名周樹人，後以《南齊〈呂超墓誌〉跋》為題收入《集外集拾遺》）。這是魯迅在北大刊物上最早發表的一篇文章。從1918年起，魯迅和北大的一些新派教授，一道參加了《新青年》的編輯工作，並在《新青年》先後發表了白話小說《狂人日記》、《孔乙己》、《藥》、《風波》和《故鄉》等不朽名作。這些現實主義的傑作，顯示了文學革命的實績，為中國新文學的發展奠定了堅實的基礎。對於這一時期魯迅的文學創作活動，蔡元培曾譽之“為新文學開山”。而這時北大學生中出現的進步社團組織，也引起了魯迅的注意，如文學團體新潮社及其出版的《新潮》雜誌，曾得到魯迅的讚許，並向友人作過推薦。在五四前夕發生的新舊思潮激戰中，魯迅堅定地和北大新派教授站在一起。他在這時寫的《敬告遺老》、《舊戲的威力》、《現在的屠殺者》、《人心很古》等幾篇雜文，以匕首般的犀利，尖銳批判了林紓等複古守舊派。1920年8月2日，北大正式聘請魯迅為文科講師，講授中國小說史。8月6日魯迅在日記中載：“晚馬幼漁來送聘書。”即指應聘北大一事。馬幼漁即馬裕藻，時任北大中國文學係主任。魯迅受聘後，於這一年12月24日起，開始到北京大學兼職授課，直至1926年8月，前後達六年之久。北大成為魯迅任教時間最長的一所學校。魯迅在北大任教期間，積極支持進步學生運動，熱情關懷進步文學社團如新潮、淺草、沉鍾、春光等，大力獎掖文學後進，成為北大學生敬愛的一位導師。
魯迅在國文係講授的中國小說史，是一門選修課。魯迅以他淵博的學識、鞭辟入裏的精湛分析和密切聯係實際的教授法，使這門課成為聽講的人最多、最受學生歡迎的一門課。當年一位聽講的學生曾這樣描述魯迅講課時的情景：“每次每次，當魯迅先生仰著冷靜蒼白的麵孔，走進北大的教室時，教室裏兩人一排的座位上，總是擠著四五個人，連門邊走道都站滿了校內的和校外的正式的和非正式的學生。教室裏主宰著極大的喧鬧，但當魯迅先生一進門，立刻安靜得隻剩下呼吸的聲音。”“他敘述著極平常的中國小說史實，用著極平常的語句，……然而教室裏卻突然爆發笑聲了。他的每句極平常的話幾乎都被迫停頓下來，中斷下來。每個聽眾的眼前赤裸裸地顯出了美與醜，善與惡，真實與虛偽，光明與黑暗，過去、現在和將來。大家在聽他的中國小說史的講述，卻仿佛聽到了全人類的靈魂的曆史，每一事態的甚至是人心的重重疊疊的外套都給他連根撕掉了。於是教室裏的人全笑了起來。笑聲裏混雜著歡樂與悲哀，愛戀與憎恨，羞慚與憤怒……於是大家的眼前浮露出來了一盞光耀的明燈，燈光下映出了一條寬闊無邊的大道。……大家抬起頭來，見到了魯迅先生蒼白的冷靜的麵孔上，浮動著慈祥親切的光輝，像是嚴冬的太陽。”
詩人馮至也回憶說：“魯迅每周一次的講課，與其他枯燥沉悶的課堂形成對照：這裏沸騰著青春的熱情和蓬勃的朝氣。這本是國文係的課程，而坐在課堂裏聽講的，不隻是國文係的學生，別係的學生，校外的青年也不少，甚至還有從外地特地來的。那門課名義上是中國小說史，實際講的是對曆史的觀察，對社會的批判，對文藝理論的探索。有人聽了一年課之後，第二年仍繼續去聽，一點也不覺得重複。”“我們聽他的課，和讀他的文章一樣，在引人入勝，娓娓動聽的語言中蘊蓄著精辟的見解，閃爍著智慧的光芒。”
魯迅在北大的教學和文學革命活動，使他成為青年學生最敬重的導師和諍友。當有人問起他是否對上課有興趣時，他曾說：“那配教什麼哩，不過很喜歡年輕人，他們也還沒有討厭自己，所以一點鍾也是還樂於去做的。”他非常愛護青年，為了“造出大群的新戰士”，在青年身上傾注了他的心血，確實做到了“肩住了黑暗的閘門，放他們到寬闊光明的地方去；此後幸福的度日，合理的做人”。魯迅的寓所經常接待一批又一批登門求教的學生，他們之間雖然年齡相差很大，但魯迅總是像朋友一樣親切接待、交談；夜深了，他親自端著煤油燈送出門外，而偏僻的小巷早已沒有人聲人影了。這種“和藹若朋友然”的接觸和交談，和他的講課一樣，給學生的教益和印象都十分深刻。這正如他的一位學生說的：“我走過許多紳士、老爺、教授、名流和學者的書齋，在此地我才看見知識和人凝結在一起的典型。”和魯迅一夕交談得到的勉勵和啟示，“已把我從小地主的狹籠中解放了出來，我嚐到自由的美味了”。魯迅在北大的教學實踐話動和進步活動，也從一個方麵反映了蔡元培傑出的大學教育思想。
1925年12月北大校慶27周年的時候，魯迅出席了紀念會，並應學生會征文請求，寫了《我觀北大》一文，發表在《北大學生會周刊》上。他公開回答了當時一些幫閑文人、無聊政客散布魯迅利用北大搞派別活動的流言飛語，說：“我向來也不專以北大教員自居，因為另外還與幾個學校有關係。然而不知怎的，——也許是含有神妙的用意的罷，今年忽而頗有些人指我為北大派。我雖然不知道北大可真有特別的派，但也就以此自居了。北大派麼？就是北大派！怎麼樣呢？”又說：“我覺得北大也並不壞。如果真有所謂派，那麼，被派進這派裏去，也還是也就算了。理由在下麵：……第一，北大是常為新的，改進的運動的先鋒，要使中國向著好的，往上的道路走。雖然很中了許多暗箭，背了許多謠言，教授和學生也都逐年地有些改換了，而那向上的精神還是始終一貫，不見得弛懈，自然，偶爾也免不了有些很想勒轉馬頭的，可是這也無傷大體，‘萬眾一心’，原不過是書本子上的冠冕話。第二，北大是常與黑暗勢力抗戰的，即使隻有自己。”這是魯迅對蔡元培長校時期北大的正確評價，它也反映了魯迅和北大的密切關係。
北大新派教授除了這些《新青年》的編者們外，蔡元培在文理科教員中，都引進了一些思想新進、讚同革新的人物，如顧孟餘、朱希祖、馬裕藻、陳大齊、周作人、吳虞、沈兼士、沈士遠、高一涵、周鯁生、陳啟修、馬寅初、陶孟和、徐寶璜、李四光、顏任光、朱家驊、李書華等。著名物理學家、相對論學者夏元瑮繼續留任理科學長。這使北大教師隊伍發生了很大的變化，也使整個學校氣象一新。