三是倡導男女平等，小學實行男女同校。提倡和重視女子教育，是蔡元培教育思想的又一個重要內容。他一向反對男尊女卑、“女子無才便是德”等封建禮教信條對女性的摧殘和壓迫，認為要提高婦女的社會地位，發揮女子在家庭和社會中的作用，就要使男女有同樣受教育的權利。他說：“求國富強，人人宜受教育。既欲令人人受教育，自當以女學為最重要之事。”他主張“無論中外，男女都要受教育，並且所受的教育都要一樣的”。他出任教育總長後，對推廣女子教育，采取兩方麵的舉措：一方麵，支持創辦各種新式女校，如女子中學、女子師範和女子職業學校；另一方麵，規定在小學實行男女同校。當時男女同校雖然還僅限於小學，但畢竟打破了長期以來所謂“男女授受不親”的封建禁令，開創了近代中國男女同校的先河。
四是對大學教育進行了初步整頓。在蔡元培的教育思想中，大學教育占有重要的位置。他在《我在教育界的經驗》中曾回憶說：“我與次長範靜生君常持相對的循環論，範君說：‘小學沒有辦好，怎麼能有好中學？中學沒有辦好，怎麼能有好大學！所以我們第一步，當先把小學整頓。’我說：‘沒有好大學，中學師資哪裏來？沒有好中學，小學師資哪裏來？所以我們第一步，當先把大學整頓。’把兩人的意見合起來，就是自小學至大學，沒有一方麵不整頓。不過他的興趣，偏於普通教育，就在普通教育上多參加一點意見。我的興趣，偏於高等教育，就在高等教育上多參加一點意見罷了。”這時他對大學學科進行了調整，取消了經科，同時鑒於大學數量不足，規定除北京外，在南京、漢口、成都、廣州各設大學一所。他還鑒於各省所辦的高等學堂程度不齊，畢業生升入大學甚感困難，決定將其改為大學預科，附屬於大學，以期提高質量。
1912年5月，蔡元培以教育總長身份出席北京大學的開學典禮，他在講演中強調“大學為研究高尚學問之地，”這是他對大學定位，也是對大學辦學宗旨的第一次闡述。他認為大學是研究學理的機關，要偏重文理兩科，所以在《大學令》中規定，設法、商等科而不設文科的，不得為大學；設農、工、醫等科而不設理科的，亦不得為大學。同時，他還仿德國大學學製，在《大學令》中將前清大學之上設立的通儒院改稱大學院，並分設各科研究所，規定大學高年級學生必須入所研究，俟研究取得成果後，方能畢業。
五是倡導社會教育。為了向社會普及教育，提高全民族的文化素質，蔡元培還極為重視社會教育。在教育部機構設置上，除設有普通教育、專門教育兩司外，“我為提倡成人教育、補習教育起見，主張增設社會教育司”。為此，蔡元培邀請魯迅到社會教育司任職，任僉事兼社會教育司第一科科長，主管科學、博物院、圖書館、美術館、音樂會、演藝會等與社會教育有直接關聯的各項文化事業。社會教育司為此做了許多工作。教育部創設不久，即通電各省都督，促其推行社會教育，電文稱：“社會教育，亦為今日急務，入手之方，宜先注重宣講。即請貴府就本省情形，暫定臨時宣講標準，選輯資料，通令各州縣實行宣講，或兼備有益之活動影畫，以為輔佐。並由各地熱心宣講員，集會研究宣講法，以期易收成效。……至宣講標準，大致應專注此次革新之事實，共和國民之權利、義務及尚武、實業諸端，而尤注重於公民之道德。當此改革之初，人心奮發，感受易。即希貴府速予查照施行。”根據當時曆史條件，以宣講作為社會教育的切入口，對宣講內容的提示具體而切合鞏固共和政治的需要。這反映了蔡元培對社會教育的重視和見解的深刻。
再者，蔡元培認為，教育並非止於學校，還要對社會負有教化之責。1912年2月中旬，蔡元培、李石曾等在上海發起“進德會”，很有針對性地指出：“亡清之腐敗，積社會之腐敗而成。……若民國新建，承其流而不加注意，將腐敗之根株不去，而凋蔽之原氣難複。”他們希望通過進德會的組織，“為社會樹之風聲，庶國風丕乎其變焉。”隨後，蔡元培、宋教仁、李石曾等又在天津旅次組織“六不會”和“社會改良會”。六不會是作為通俗之進德會，蔡元培談及組織緣起時說：“以革命後舊同誌或均將由野而朝，不免有染著官場習氣；又革命黨既改成政黨，則亦難保無官吏議員之競爭”，於是“欲提倡一種清靜而恬淡的美德”。
社會改良會還發表了宣言和章程，“以人道主義及科學知識為標準，而定改良現今社會之條件”為宗旨，要求人們具備共和思想要素，“尚公德，尊人權，貴賤平等而無所謂驕諂，意誌自由而無所謂僥幸。不以法律所不及而自恣，不以勢力所能達而妄行”。章程列舉改革社會惡習共36條，諸如：不狎妓；不置婢妾；實行男女平等；提倡廢止早婚；提倡自主婚姻；離婚、再嫁自由；提倡少生兒女；禁止體罰兒童；不得苛待傭工；廢跪拜之禮，以鞠躬拱手代之；廢大人老爺之稱，以先生代之；不賭博；在官時不受饋贈；一切應酬禮儀，宜去繁文縟節；年節不送禮，吉凶等事不為虛糜之饋贈；提倡以私產或遺產補助公益善舉，戒除各種迷信活動，戒除鴉片、嗎啡及煙酒不良嗜好；日常行動不得妨礙公共衛生（如隨處吐痰及隨意拋擲汙穢等事）；不可有辱罵、喧鬧、粗暴之行為；等等。
這些切中時弊的警示和改良措施，對於推進社會文化道德建設，加強人們的自我修養，避免革命之後重蹈腐敗之覆轍，是很有意義的。當然，僅靠良好的願望和個人的道德修養，還不足以解決這樣的曆史課題，但是，他們敏銳地看到新政權仍存在變質的危險，並試圖解決這個問題，這對後世來說是富有啟迪意義的。
綜上所述，蔡元培在民國初年進行的教育改革，奠定了我國近代教育製度的基礎，是有曆史功績的。他提出的教育方針和各種改革措施，是他教育思想的重要體現，是值得我們研究的。