這次教育會議召開不久，蔡元培即因不滿袁世凱的專製行徑而辭去教育總長職務。但蔡元培的教育思想已在教育界產生很大的影響，會議實際上仍按照他的主張進行。蔡元培也希望“此次議決事件，如果件件實行，固為重要關係，即使間有不能實行者，然本會已經決議之案，將來亦必有影響”。如在教育宗旨方麵，當時的教育部於9月初公布的表述是：“注重道德教育，以實利教育、軍國民教育輔之，更以美感教育完成其道德”，基本上就是按照蔡元培的意見製定的。
蔡元培關於新教育的方針，體現了新興資產階級發展政治、經濟的要求，它以民主的精神，反對封建專製的製度和思想，以培養富國強兵的人才和健全的共和人格為目的，這反映了辛亥革命的新氣象，對建立新教育的體製和秩序，產生了積極的作用。
二、頒行新教育法令 建立新教育秩序
蔡元培作為民國首任教育總長，雖時僅半年，卻很有作為。
民國伊始，百廢待興。蔡元培在廢除前清的帶有封建專製主義內容的教育製度和教育法規的同時，采取得力措施貫徹新教育的思想和方針，製定具有近代進步意義的新教育章程和法規。在他任內，先後頒布了《普通教育暫行辦法》、《普通教育暫行課程標準》、《民國教育部官職令》，以及由他主持的全國臨時教育會議通過的如《教育宗旨案》、《教育係統案》、《小學教育令案》、《中學校令案》、《師範教育令案》、《劃分學校管轄案》、《蒙回藏教育計劃案》等法規法令；同時他還發表了許多關於新教育的主張和意見。這些新教育的法規法令和論述，對於建立近代教育製度和教育秩序，都起到了重要作用。當時為確立新教育秩序而進行的改革措施，主要有以下幾個方麵的內容：
一是除舊布新，改革學製。當時國內戰事未平，前清封建流毒遠未肅清，加以各省都督府政令不一，教育領域存在諸多混亂現象。有鑒於此，蔡元培於1912年1月19日教育部正式辦公當天，即以教育部名義頒布《普通教育暫行辦法》和《普通教育暫行課程標準》兩個重要法令，對全國普通教育的學製和課程設置，按照新的教育方針要求進行全麵整頓。
《普通教育暫行辦法》共14條，其主要內容是：從前各種學堂一律改稱學校，原監督、堂長改稱校長；小學一律於3月14日開學，中學、師範學校可根據地方財力自行決定，宜以開學為主；每學年仍分兩學期，從陽曆3月至暑假為第一學期，暑假後至來年2月底為第二學期；初等小學可以男女同校；各種教科書務求合乎共和民國宗旨，前清學部頒行的教科書一律禁止使用；民間通用的教科書，凡在內容和形式上不合共和宗旨者，由各出版書局自行修改，學校教員亦可隨時刪改；小學一律廢止讀經科目；小學應注重手工科；高等小學以上的體操應注重兵式操練；初等小學三學年起兼課珠算；中學為普通教育，不分文、實科；中學及初級師範修業年限由五年改為四年；舊時獎勵出身，一律廢止，畢業於學校者分別稱初、高等小學畢業生，中學校、師範學校畢業生。
於同年7月間召開的全國臨時教育會議重訂學製，製定學校係統表，規定初小四年，高小三年，中學四年，大學本科三至四年。從1912年初至1913年8月，教育部陸續發布各種學校規程，形成了比較規範、充實的新的學校係統。這在中國近代教育史上稱為“壬子癸醜學製”（指這兩年的紀年幹支）。這個新學製推行了十年，到1922年9月才由蔡元培主持的全國學製會議作了修訂。
《普通教育暫行課程標準》共11條，規定了初等小學、高等小學、中學校、初級師範學校的暫行課程表，分別詳列教授科目、各學年講述內容及授課時數。
上述教育法規，基本上否定了清末封建教育體製和教育思想，改變了當時的教育混亂局麵，建立起比較穩定的新的教育秩序。參與起草這兩個教育法規的蔣維喬曾說：此區區14條通令，革除前代十四經中，《易》、《論語》、《孟子》等已入哲學係；《詩經》、《爾雅》已入中文係；《尚書》、《三禮》、《大戴禮》、《春秋三傳》已入史學係，無再設經科的必要。這樣就在大學取消了經科。
蔡元培在《對於新教育之意見》中指出：“孔子之學術，與後進所謂儒教孔教，當分別論之。”主張把二者加以區別對待，這是十分正確的。他反對儒教孔教之說，他在駁斥複辟派謬論時指出：“孔教不成名詞，國教亦不成名詞，然則所謂‘以孔教為國教’者，實不可通之語。”後來他回顧民初廢止尊孔讀經的改革時說：“我素來不讚成董仲舒罷黜百家獨尊孔氏的主張。清代教育宗旨有‘尊孔’一款，已於民元在教育部宣布教育方針時說他不合用了。”他明確指出：“我認為小學生讀經是有害的，中學生讀整部的經，也是有害的。”但孔子思想和主張作為一種學派、一種學說，則是應當加以研究的。所以他說：“為大學國文係的學生講一點《詩經》，為曆史係的學生講一點《書經》與《春秋》，為哲學係的學生講一點《論語》、《孟子》、《易傳》與《禮記》，是可以讚成的。為中學生選幾篇經傳的文章，是可以讚成。”這顯然不能同尊孔混為一談。
蔡元培反對尊孔拜教，小學廢止讀經，大學取消經科，這在當時確是破天荒之舉，這不僅在教育界、思想界，而且在全社會都產生了深遠的影響。這時封建流毒遠未消除，特別是袁世凱借共和之名行專製之實，又一次借助孔教，為複辟帝製製造輿論。這時康有為也發表《孔教會序》，攻擊蔡元培的教育改革。麵對社會上複辟勢力和傳統習慣勢力的種種責難，蔡元培不為所動，循思想自由的原則，始終如一地堅持自己的正確主張。這種反映曆史發展要求的進步潮流一經蔡元培提出，便不可遏製。它對五四新文化運動的出現以及爾後蔡元培對北京大學的革新，都起了某種源頭活水的作用。