應當說，蔡元培非常重視中國的傳統文化，對中國古代教育思想和教育製度也采取研究和分析的態度。1925年7月，世界教育會聯合會第二次大會在英國愛丁堡舉行，作為中國代表的蔡元培因故未能出席，他為大會準備的演說詞由他人在大會上代為宣讀。他在演說詞中介紹了中國教育的曆史和現狀，他認為我國有兩千多年曆史的從“太學”到“國子監”，是一種個別教學的教育體製。在這種教育體製的學院中，如同其他學校一樣，班級由教師管理，而學生則接受單獨的授課。這種教育方式，正是孔子、墨子時代那種單純由私人講學的形式的必然結果。在他看來，孔墨時代的這種與古希臘書院相當的私人講學形式，在當時教育界是頗為突出的、有影響的組成部分。即使在最近二百年中，這類學校仍可以說具有一種深遠的教育意義。他把中國古代教育製度的優點概括為：（1）注意道德倫理的教育和個人修養；（2）在任何環境與條件下，可以由個人自由鑽研學問；（3）可以因材施教，教學不致因班級中落後學生而受到影響。他說：“我們在源於早期學院而來的王陽明書院（大學）中，在源於古代教育發展而來的清朝的顏元（習齋）書院中，可以發現其顯著影響。盡管這些製度已經過時，但是我認為它們的曆史對當前許多尚未解決的問題仍有所啟示。”與此同時，他認為中國古代教育製度也存在著一些缺點，這主要是：（1）我國古代學校的課程，過分重視人文學科，特別是文學、考據學等。我國早期的教育製度實際上隻重視個人修養的盡善盡美，重視培養個人的文學才能，而不注重科學方麵的教育。（2）我國古代的教育目標，主要是使少數人畢生攻讀，使他們能順利通過朝廷舉辦的各種考試，而考試則是讀書人入仕的唯一途徑。至於就平民文化而言，它並沒有普及教育的明確目標。這就說明向近代教育製度轉變是曆史的要求和曆史的必然。從上述分析中我們可以看到，蔡元培對中國傳統文化教育的見解是比較深刻的、科學的，反映了他對傳統文化的繼承與發展關係的正確處理。
談到如何對待傳統文化，必然要涉及作為封建社會大一統的儒家思想問題。蔡元培極不讚同漢代董仲舒“獨尊儒術、罷黜百家”，致使“諸家之說熸矣”的錯誤主張和做法。反對尊孔讀經，是蔡元培教育思想的一個重要內容。他十分注意在大一統的封建文化中剔除封建糟粕，如前所述，辛亥革命後他革除舊教育宗旨中“忠君”和“尊孔”的條款，小學校廢止讀經，大學取消經科。這些革命性的措施，必然引起保皇勢力的恐慌和反對。在袁世凱擅權複辟，一些人竭力鼓吹定孔教為國教時，康有為發表《孔教會序》，他說：“自共和以來，禮樂並廢，章典皆易，道揆法守，掃地無餘，遂在教育之有司議廢孔子之祀典，小則去跪拜而行鞠躬，重則廢經傳而裁俎豆，……嗚呼，曾不意數千年文明之中華，一旦淪胥為無教之國，豈不哀哉！”這裏所稱“教育之有司”者，正是指堅持民主改革的教育總長蔡元培。但是蔡元培不為所動，沒有畏懼後退。他隨後在各地發表的演說中，明確批判了複古派要以孔教為國教的謬論，“力斥提倡孔教之妄說”。他指出，孔子的學說是關於教育、政治和道德方麵的學說，孔子與宗教自劃界限，從不言鬼神事，曾說過“未能事人，焉能事鬼”，“未知生，焉知死？”他強調：“宗教是宗教，孔子是孔子，國家是國家，各有範圍，不能並作一談。”“孔教不成名詞，國教亦不成名詞，然則所謂‘以孔教為國教’者，實不可通之語。”駁斥了那些“今日尊孔之徒”。他還批判了那種把前賢典籍奉為萬言不變的教條，要求後人不得越雷池一步的錯誤觀點，他說：“乃若古聖先賢之格言嘉訓，雖屬人造，要亦不外由時代經驗歸納所得之公律，不能不隨時代之變遷而異其內容。吾人今日所見為嘉言懿行者，在日後或成故紙；欲求其能常係人之信仰，實不可能。”這對於破除迷信，打破思想束縛，振奮精神，是很有意義的。
蔡元培在去除傳統文化中的封建糟粕、批判尊孔讀經的同時，提倡“以科學的方法，揭國粹之真相”，揭示其中民主性、科學性的成分，使之成為對新時代有用的東西。他明確指出：“孔子之學術，與後世所謂儒教、孔教當分別論之。”這就是說，要把孔學、儒家作為本來意義上的一種學說、學派，加以研究、繼承和發展。比如，他在反對小學生讀經的同時，又提出：“為大學國文係學生講一點《詩經》，為曆史係的學生講一點《書經》與《春秋》，為哲學係的學生講一點《論語》、《孟子》、《易傳》與《禮記》，是可以讚成的。為中學生選幾篇經傳的文章，編入文言文讀本，也是可以讚成的。”這表明，他是反對用古代典籍束縛青少年的思想，強製他們讀青少年無法理解的東西，但他並不是一概反對青年讀經，而是主張讓已具有一定思考和分析能力的青年學生進行學習和了解，從傳統文化中汲取養分。這種態度，既不同於完全否定傳統文化的全盤西化派，也有別於那種極端的“國粹派”，是值得讚許的。又如，他對包括孔子儒家學說在內的古代教育思想是很重視的。他注意從中引出適合於新時代的新義。他在闡述新教育方針時認為，“所謂自由，非放恣自便之謂，乃謂正路既定，矢誌弗渝，不為外界所征服。孟子所稱‘富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈’者，此也。準之吾華，當曰義。所謂平等，非均齊不相屬之謂，乃謂如分而與，易地皆然，不以片麵方便害大眾。孔子所稱‘己所不欲，勿施於人’者，此也。準之吾華，當曰恕。所謂友愛，義斯無歧，即孔子所謂‘己欲立而立人，己欲達而達人’。張子所稱‘民胞物與者’，是也。準之吾華，當曰仁。”他以法國的“自由平等博愛”，“證以中國意義，要亦不失為道德之重要綱領”。他還十分注意借鑒中國古代教育的內容和方法中進步的、合理的成分，他舉例說，古代的“六德”教育即現代學校課程中的倫理學，“六藝”中的射、禦，相當於我們現在的體育，算術則成了我們今天的抽象思維訓練，禮儀的教學“是一種介乎於道德教育與智力訓練範圍之間的科目”。他認為這種“對人的身心予以全力關注”的教育，反映了中國古代教育的發達和成就，是值得我們借鑒的。他認為孔子所說的“學而不思則罔，思而不學則殆”，是經驗與思考並重，這在今天也值得提倡。他還十分欣賞孔子“因材施教”的教育方法，他說：“照《論語》所記的，問仁的有若幹，他的答語不一樣；問政的有若幹，他的答語也是不一樣，這叫做‘因材施教’。可見他的教育，是發展個性，適應社會，決不是拘泥形式，專講劃一的。”後來他在對留美中國學生講演時又說：“孔子主張陶養性情，發達個性。其教人之法，為因材施教。”從這裏我們可以看到，蔡元培十分重視的“尚自然、展個性”這一教育主張的思想淵源。
應當指出，在對中國古代文化教育遺產所應采取的態度上，蔡元培是比較全麵正確的。當然，講到蔡元培正確對待古代文化教育遺產時，還需要論及他融彙中西文化教育的思想，但為避免同後麵的論述重複，這裏姑且從略。綜上所述，我們可以看到，他對待傳統文化是比較自覺地采取了“批判地繼承”的態度和做法，這既貫穿了他教育實踐和教育思想的全過程，也是他的教育實踐和教育思想的一大特色。
其三，了解和學習西方，取文化世界主義，因而“融彙中西”成為蔡元培教育實踐和教育思想的一大特點。
自19世紀中葉以來，苦難的中國在半殖民地的泥淖中越陷越深。特別是中國在甲午戰爭中遭到慘敗之後，帝國主義列強掀起了瓜分勢力範圍的狂瀾。多少愛國誌士悚於亡國慘禍之降臨，“嚐中夜起而大哭”（嚴複語），憤怒譴責腐朽的清廷“疆臣跋扈，政府闒葺，外內狼狽，虛疑恫愒，已成煬灶之計，聚鐵鑄錯，一至於此”，實乃“可為痛哭流涕長太息者也”（蔡元培語）。當時有識之士無不驚呼：國家已處在“列強環伺，虎視鷹瞵”，“蠶食鯨吞，已效尤於接踵；瓜分豆剖，實堪慮於目前”（孫中山語）的狀況。正是在中日甲午戰爭失敗的刺激下，蔡元培開始接觸新學，“涉獵譯本書”。為了了解西方和直接學習西方，他從1898年起學習日文，進而學習歐洲多國語言。他曾說：“今後學人須具有世界知識，世界日在進化，事物日在發明，學說日新月異。讀歐文書價貴，非一般人之力所克勝。日本移譯西書至富，而書價賤，能讀日文書則無異於能遍讀世界新書。”他經過努力和探索，使自己具備了一定的世界知識和世界眼光。