此時大後方物價已如脫韁之馬，老百姓更是怨聲載道，政府各部門之間也相互推諉。為了堵塞民怨，蔣介石決定“借人頭，平物價”，1940年12月28日，他指示戴笠等軍統人員將章元善和國貨聯營公司經理壽墨卿秘密扣押。然而調查了大半個月，並沒有查到章元善等人的貪汙證據，加上經濟部部長翁文灝的力保，隻能將他們釋放。然而為了麵子，最終還是以“玩忽政令，貽誤事機”的莫須有罪名，免去章元善的所有職務。
另一件令人矚目的事件則是成都市長楊全宇的囤積居奇案。當時大後方物價飛漲、物資緊缺是一個普遍的現象，特別是糧食供應的短缺更加牽動市民的神經。1940年3月13日成都市發生搶米風波，作為一市之長的楊全宇自然負有一定責任。其後又傳出有人以他的名義購進300石大米的消息，盡管他本人事先可能並不知情，但此事一經披露，立即引起成都市民的憤怒和輿論的抨擊。正為糧食問題感到焦頭爛額的蔣介石聞訊後極為震怒，並下令從嚴懲治。於是，楊全宇先是被逮捕，免去所有職務，接著便移送軍法總監部審理。
軍法總監何成浚以為楊囤奇糧食數額未超過1000石，尚未達到死刑標準，對他擬判處有期徒刑，但蔣介石為了製止物價上升，決定殺一儆百，最終下令將楊全宇以囤積糧食之罪名處以極刑。
經濟部部長翁文灝聞訊後曾在日記中發表一番感慨：“前成都市長楊全宇，因囤積糧食被槍決。大川銀行（其後台聞為楊森及王纘緒）渝分行經理歐書元、合川萬福臻、糧行經理李佐臣各處徒刑。不知其他囤積者反響如何！”
而當時任行政院參事的陳克文看到報紙上刊載楊全宇被槍斃的消息不禁大吃一驚，他在當天的日記上寫道：“吃午飯時看報，朋友楊全宇被槍斃的消息突然射進眼簾。囤積居奇以至處死這是第一個，他是才卸任的成都市長，大川銀行的總經理，官不大不小，地位不高不低，這時候恰好做一個犧牲品。他囤的麥子雖不過三百石，處死的作用卻是不小的。”陳克文的說法倒是言簡意賅，一語中的。對此事的處理蔣介石心中當然十分清楚，這就是亂世用重典，他在日記中說：“楊全宇於二十三日伏法後，人心為之一快，物價已趨平穩。”三天後他又重申：“石友三通敵謀叛，楊全宇囤積居奇，兩人先後正法，關於軍事與經濟前途之影響甚大。”
關於政府在反腐肅貪中“隻打蒼蠅，不打老虎”的弊病，社會輿論亦深為不滿，成都一家報紙在社論中曾評論說：“至於縣市以上，官愈大勢愈厚，而貪汙數目愈為警人者，無有。這是不是說大官盡廉、小官才貪呢？不是。政治上從沒有大官真廉而小官敢貪汙者。真貪汙而無人告發檢舉。吞舟之魚漏網，而落網者皆鼠竊狗偷之徒。大奸大惡，逍遙法外，為所欲為，所以由此產生的下級貪汙，也就誅不勝誅、越來越多了。”
這倒不是說，蔣介石對於高層官員的貪腐行為完全不聞不問，他在日記中就經常痛斥屬下、包括一些高級官員貪腐的行徑。1942年，林世良以中央信托局運輸處經理地位和名義，勾結大成商行章德武從仰光將3000萬元物資運往昆明，轉手就圖利1000萬元。此案為軍統人員所破獲，社會為之震動。但是林世良與孔公館的關係實在太深，他常替孔夫人與孔二小姐做生意，眾人皆知，因此孔祥熙竭力為其緩頰，軍法執行總監部判處他無期徒刑。此案傳到侍從室後，引起唐縱、陳芷町等人的不滿，他們覺得這樣執法不公，並聯名上書蔣介石要求重判。當天蔣介石就親自下令，林世良判處死刑，不許緩刑，並限第二天執行公布。蔣介石認為：“林世良與許性初案，依法嚴懲，此實為以後祛除貪汙、修明政治最大之關鍵。”
另一個案件則直接牽涉到孔祥熙。抗日戰爭勝利前夕，蔣介石接到有關孔祥熙涉嫌卷入美金公債舞弊案的報告後，即多次下令財政部予以認真調查。
當財政部將確鑿證據提交在他麵前時，蔣介石極為憤怒，他在日記中說：“審閱中央銀行舞弊案全文，為之痛憤不已。”在這前一天他曾親自召見剛剛回國的孔祥熙，“告以此案調查經過與事實及人證物證，屬其好自為之”。然而孔祥熙“總不肯全部承認也，可歎！”甚至蔣介石“將其人證物證與各種實據交彼自閱，彼始猶指誓強辯，令人痛心，殊愧為基督徒矣”；“彼總想口辯掩飾此事，而不知此事之證據與事實俱在，決難逃避其責任也。餘以如此精誠待彼，為其負責補救，而彼仍一意狡賴，可恥之至！”蔣介石雖然經常在日記中責罵屬下，但用“可恥之至”這樣的言辭辱罵孔祥熙還是第一次，可見蔣此時的確是對孔痛憤已極。
雖然蔣介石在日記中對孔祥熙予以痛斥，但並沒有公開道破，還是讓他“設法自全”，算是給他留足了麵子。然而在人證、物證麵前，孔祥熙還想抵賴，這時蔣介石憤怒至極，“更覺此人之貪劣不可救藥，因之未能午睡，痛憤極矣”。他曾一度決定將此案公開，由監察院和國民參政會進行徹底調查。他的親信聞訊後立即加以阻止，說此案若要深入調查，勢必破壞國家的形象，失去國際的援助。最終蔣介石決定，將此案“仰令速了，以免夜長夢多，授人口實”。隻是“庸之之不法失德，令人不能想象也”。這樁震驚中外的貪腐大案，最終就這樣不了了之、倉促結案了。