予每恨陳壽私且陋，凡侯經略次第，與夫燭微消患、治國用人、馭軍行師之要，悉癱而不章，幸雜見於他傳及裴鬆之所注，因彙而集之，不敢飾辭以忘其實，其載非實者則刪之，庶幾讀者可以得侯之心。
比較張縂《諸葛武侯傳》和陳壽、裴鬆之編撰的有關諸葛亮的傳記和注釋，我們可以發現，張縂實際上以他自己的義利觀為準繩對傳注材料進行了一番有規則的取舍。他對諸葛孔明推崇備至，視其為三代以下扶皇極、正人心、行仁義，具有嶽峙淵□之氣度，光風霽月之襟懷，光明俊偉之人格，與天地同久，與日月爭輝的忠義風範。他以對儒家義理的理解為尺度，擇取諸葛亮符合“純儒”標準的嘉言懿行竭力發揮彰揚，而對那些他認為的“雜駁”之術一概棄而不取。如諸葛亮曾為後主劉禪寫《申》、《韓》、《管子》、《六韜》之事，備載於劉備之遺詔，證據確鑿，無可置疑，而南軒居然視而不見，悉意刪去，因為他所理解的諸葛孔明仍是一位儒者楷模，決不可能為後主抄寫《申》、《韓》之類為謀取功利而用的“雜駁”之書。另外，陳壽《諸葛亮傳》載武侯少時曾“自比管仲、樂毅”，南軒對此亦大不以為然。他一向貶損管仲、樂毅，在南軒看來，助齊桓公九合諸侯的管仲和輔燕昭王連下齊城七十二的樂毅是典型的霸者之徒，而他心目中王道之典範的諸葛武侯是不可能以此兩人自比的，南軒認為：
侯在隆中，傳稱以管、樂自許。予謂侯蓋師慕王者之佐，其步趨則然，豈與管、樂同在功利之域者哉？意傳者之誤，故不複雲。
事實上，武侯自比管、樂，決非“傳者之誤”，也就是說，在曆史事實層麵上，諸葛亮躬耕隆中時確曾以管、樂自比，張縂刪去“自比管、樂”並不是由於史料上的疑誤，而是出於貶損管、樂功利之論，表彰武侯忠義風範的主觀需要。南軒明確表示，“予推明其本心，證以平生大節，而削史之說，有近於霸術者，區區妄意，扶正息邪，而不自知其過也。”實際上，張縂的這種做法，涉及到對曆史研究中事實判斷與價值判斷的關係的認知。出於資治經世之目的，曆史學家必須對曆史事實和過程進行解釋並作出價值判斷，也就是說，曆史學的追求應該是始於求真，而終於求善，即通過史料認知的具體途徑把握曆史的真相，從而為曆史上真實的人和事起借鑒訓誨作用。在張縂看來，曆史學的主導價值就應是實用。張縂本人的理學觀點，就是他撰史、評史的一種“義理”，一種曆史哲學。如果具體的曆史事實適合於發揮他的理論預設時，他就把具體的曆史事實弄成闡揚自己思想體係的實用的例證，用“義理”來粘合史實；如果“義理”與史實相抵牾，“義理”就成為一種“預先的假設”，以這種先驗的設定來評判和舍棄曆史事實。南軒作《諸葛武侯傳》，從自己的價值觀念出發，選擇那些諸葛亮身上符合儒家主流政治和倫理觀點的表現，舍棄那些與此不相合拍的事實，重新構塑了諸葛亮的形象。其目的不但僅在於以理學思想邏輯大力發揮曆史的勸善懲惡的職能，建立一種提供道德借鑒的新史學。還在於南軒要利用這個以自己的思想體係為指導重塑的曆史名臣為楷模抨擊南宋政壇權臣弄權，破壞抗金大業的醜惡情況，扭轉權幸奸劫弄權偏安江左的政治格局。張縂所持的這種以實用主義對待曆史的態度，盡管要以犧牲太多的曆史事實為代價來換取對現實政治的批判，但無須對此進行太多的指責，因為“曆史事實僵死地躺在記載中，不會給世界帶來什麼好的或壞的影響。而隻有當人們，你或我，依靠真實事件的描寫、印象或概念，使它們生動地再現於我們的頭腦中時，它才變成曆史事實，才產生影響。正是這樣，我才說曆史事實存在於人們的頭腦中，不然就不存在於任何地方。因為，當它不是再現於人們的頭腦中，而是躺在毫無生氣的記載裏的時候，就不可能在世界上產生影響。”
呂祖謙繼承了二程所創立的天理觀，把“理”或“天理”當作自己哲學思想的最高範疇。全祖望在《宋元學案》裏，給予呂祖謙很高的學術地位。“宋乾淳以後，學派分而為三：朱學也、呂學也、陸學也。三家同時，皆不甚合。朱學以格物致知，陸學以明心，呂學則兼取其長，而複以中原文獻之統潤色之。門庭徑路雖別，要其歸宿於聖人則一也。”“複以中原文獻之統潤色之”一語，道出了呂祖謙深厚的家學淵源。自北宋呂公著以來，呂氏家學便注重“多識前言往行以畜其德”，注重對古今之曆史和文獻的研究，南渡後，呂家有中原文獻之傳。正是這種對曆史學價值的高度重視，影響所及以至於後代，“浙東之學言性命者必究於史”。東萊學術的特點就是經史並重，突出曆史學的地位。
呂祖謙認為，世界上任何形下的存在物都是有始有終、有生有滅的，惟有“理”是常在的。“天理與乾坤周流而不息”，是無始無終、無生無滅的永恒存在。而且，這個永恒存在的“理”是亙古不易的。正是這無始終、無變化的“理”，產生了天地萬物，因此，天下的萬事萬物看起來千差萬別，實際上都出於同一的“純全”的天理。不過，盡管“理”的範疇極為廣泛，但其核心就是“惇典庸禮”，即融攝著倫理原則的最高實體：
理之在天下，猶元氣之在萬物也，一氣之春，插於品物，根莖枝葉，華色芬臭，雖有萬不同，然曷嚐有二氣哉！理在天下遇親則為孝，遇君則為忠，遇兄弟則為友，遇朋友則為義，遇宗廟則為敬，遇軍旅則為肅，隨一事而得一名，名雖千萬，而理未嚐不一也。
如此，“理”既是自然界的最高原則，又是人類社會的最高原則，“禮”和“理”合二為一，封建等級製度也就上升為“秩然不可廢”的宇宙本體而成為超時空的永恒的存在。就這樣，天理綱常便是曆史興亡盛衰的根本，審視曆史，首先要看所謂的“統體”，“統體，蓋謂大綱。如一代統體在寬，雖有一、兩君稍嚴，不害其為寬。一君統體在嚴，雖有一兩事稍寬，不害其為嚴。讀史自以意會之可也。”在這裏，用以闡釋“統體”的“大綱”就是“綱紀”，以“統體”觀史，就是“合一代綱紀風俗消長治亂觀之”。“綱紀”和“風俗”作為“統體”的內涵，以其消長治亂的傾向來表明每個時代的曆史特征，這便是呂祖謙史學認識論的基點所在。
在南宋的學術舞台上，朱學以“道問學”見長，陸學以“尊德性”名世，而呂學不但能兼取朱、陸之長，而且能綜合其他諸家之說。全祖望道：“乾、淳之際，婺學最盛，東萊兄弟以性命之學起，同甫以事功之學起，而說齋則為經製之學。考當時之為經製者無若永嘉諸子，其於東萊、同甫皆互相討論，臭味契合，東萊尤能並包一切。”也就是說，東萊除朱、陸學術外，還能兼收並蓄永康事功之學與永嘉經製之學，這種兼綜百家的思想特點，使得東萊經世致用的觀點，表現得尤為明顯。他就是希望從曆史上盛衰興亡的事例中得出治世的借鑒，希望從曆代政經製度的研究中總結出曆代治世的經驗和教訓。不僅僅是以簡單的曆史事例說明天理綱常以及等級製度的永恒存在有絕對的合理性，闡釋修齊治平對於執政者的重要性，而是直視曆史學為當代立政行事的指導性學問：
聖人之心，萬物皆備，不見其為外也。史，心史也；記，心記也。
在這裏，曆史學的價值被界定為能夠直接體現把握了自然與社會普遍法則的德合天地、道濟天下的聖人之心，其重要性可想而知。研究曆史的目的就在於通曉曆史興亡之緣由，從曆史中獲取立政施教的經驗：
大抵看史見治則以為治，見亂則以為亂，見一事則止知一事，何取？觀史當如身在其中，見事之利害，時之禍患，必掩卷自思，使我遇此等事，當作如何處之？如此觀史，學問亦可以進，知識亦可以高，方為有益。
看史須看一半便掩卷，料期後成敗如何，其大要有六：擇善、儆戒、閫範、治體、議論、處事。
看史非欲聞見該博，正是要識前言往行以畜其德。大抵事隻有成己、成物兩件事……前時亦嚐作六事看，如儆戒、擇善、閫範、議論、處事、治體，要之止是兩件，然兩事又卻隻是一個成字。
這些議論表明，呂祖謙對曆史學價值的肯定集中表現在要求了解史事的本末源流和成敗興亡的前因後果，以作為立政行事的借鑒。而要做到這一點，“見一事則止知一事”的方法是無法深切把握曆史意義的脈絡的，因為史料的搜集、整理無疑是了解曆史事實的最基本的工夫，但這些還隻不過是曆史的基料，並不是曆史。曆史的事實要通過解釋和再解釋的步驟才能獲得它的意義，當解釋停頓時，意義也就喪失，就看不到它對曆史的重要性。有人認為呂祖謙治史，“僅援據典製風俗，而於小學、天文、輿地、金石、版本諸專門學問，未加以利用，加以旁征博采，且未以歸納法尋求史籍義例，以演繹法解釋史實，是其所短。”事實上，這種指責，恰好反映出東萊對曆史學性質和價值獨特的認識。曆史學家對曆史事實的解釋才是恢複曆史真相的重要手段，史識的高下也在這裏分判得清清楚楚。史家必須用史實（證據）為起點，通過解釋去把握曆史事件的意義。“曆史學是曆史學家跟他的事實之間相互作用的連續不斷的過程，是現在跟過去之間的永無止境的問答交談。”因此，以主觀來左右客觀，決不是一種值得褒揚的做法，但純粹客觀的史學也是一種不可能的理想。曆史學是要通過史家主觀的正確判斷，來重新建構出客觀曆史的真相。良史就是應對所掌握的史料作一番徹底融會貫通的工夫，建立起意義貫通的體係。必須指出的是，這樣的意義本來就蘊藏在史料之中，經史家的闡釋而呈現在我們的麵前，絕對不是勉強地將外在的意義強加到史料上去，更不能別有用心地故意歪曲、利用重要的史料以達到獲取私利之目的。總之，隻要恪守曆史解釋的原則，借助於過去，是能夠充分了解現在的。“使人理解過去的社會，使人增加掌握現在社會的能力，這就是曆史的雙重作用。”