冷戰結束後，大規模的全球戰略對峙瓦解了，美國不再麵臨緊迫的核大戰的危險。但是，美國並沒有放棄其核威懾戰略，相反，在繼續保持核威懾的基礎上，隨著美國常規軍事力量優勢的不斷突出，美國的威懾戰略有了進一步的發展。
首先，美國認為，在與俄羅斯和中國等擁有核武器的大國的關係中，核力量仍然能夠起到嚇阻戰爭和冒險性核攻擊的作用。
美國的“中國威脅論”就是要求美國政府保留各種手段，其中也包括核威懾手段，來遏止中國對美國安全的所謂“威脅”。對俄羅斯來說，1993年12月俄羅斯國家杜馬選舉後，俄共以及俄羅斯民族主義政黨獲得了勝利，引起了美國對未來俄羅斯民族主義力量掌權或者反美的共產黨力量再度執政的疑慮。美國因此擔心，如果俄羅斯民主力量脆弱，未來俄羅斯政治發展依然存在著不確定性，那麼，美國將不得不認真思考和對付來自俄羅斯的核威脅。美國國內學者提出，未來美國核戰略的中心問題，在相當長的時間內仍然是來自俄羅斯的潛在核威脅問題。[13]而中國力量的崛起，以及對中國未來軍事政策存在著的所謂“中國威脅論”性質的擔憂，也使得美國注重進一步保持核威懾力，來防止所謂未來的“核大國”的威脅。
第二，由於核武器以及導彈技術的擴散，在後冷戰時代美國所麵臨的戰略性進攻武器威脅的來源擴大了。
由於導彈技術的持續擴散，能夠製造中程核導彈的國家在冷戰後迅速擴大，在第三世界國家中出現了一批新的具有陸基中程導彈攻擊能力的國家。這些國家包括印度、巴基斯坦、沙特阿拉伯、阿爾及利亞、埃及、伊朗、伊拉克和阿富汗。到2000年，據美國中央情報局的估計，能夠製造中程彈道導彈的國家將增加到20個。[14]這些國家中有相當一部分對美國保持敵意，而且將美國視為頭號敵人。最重要的是，美國將這些國家都視為是“不負責任的”國家，是具有恐怖主義傾向的國家。在這種情況下，美國認為，加強冷戰後的核威懾力，是美國防範新的核力量國家所必需的。而且，由於這些國家與美國的互動層次低、關係的交往程度不夠，美國也不可能像與前蘇聯那樣與它們建立核軍控關係。因此，美國必須保持強大的核攻擊力量對這些國家在大規模殺傷性武器方麵的任何輕舉妄動進行有效的嚇阻。美國前總統布什在1991年1月海灣戰爭爆發以前曾經寫信給伊拉克總統薩達姆·侯賽因，警告伊拉克不要使用生物和化學武器攻擊美國所領導的聯合國軍隊。否則，美國將動用一切軍事手段，包括核武器，對伊拉克進行毀滅性打擊。伊拉克在海灣戰爭中果然沒有使用生化武器。這一事例被美國軍方一直視為在後冷戰時代，美國保持強大核威懾力量仍將產生巨大嚇阻性軍事和安全效應的經典案例。
克林頓在1993年上台以後，一方麵繼續與俄羅斯一起推動美俄雙邊核裁軍進程，另一方麵，則製定和改進了適應於冷戰階段需要的美國核戰略。1994年9月，美國國防部發表了“核態勢評估報告”（Nuclear Posture Review），將俄羅斯國內民族主義力量的上升和核武器與導彈技術擴散視為美國在後冷戰時代麵臨的最大的核威脅。為此，報告要求美國繼續保持進攻性戰略核武器領域的“領先”地位，同時，將美國的核戰略力量優勢稱之為美國安全最重要的“防護性”力量。美國仍然應該擁有“足夠”的戰略與戰術核武器來保證繼續發揮有效和穩定的戰略威懾，以阻止對美國安全的任何直接威脅。[15]美國雖然不再受到任何直接的核威脅，其核力量優勢也沒有任何國家可以進行挑戰，但仍然拒絕宣布“不首先使用核武器”，維持傳統核戰略中核武器使用的“預警發射”（launch-on-warning）原則。這一原則的核心就是，隻要美國判定美國將受到核攻擊，那麼，美國將會進行先發製人的核打擊。對使用核武器的預警發射原則是與“相互確保摧毀”威懾戰略緊密聯係在一起的。它意味著美國隻要有警報告知正在受到核攻擊，即便這樣的攻擊還沒有打中美國本土或者軍事目標，美國也將向侵略者發動核打擊，以便使對方遭到難以承受的核報複。在冷戰時期，美蘇都使用“預警發射”原則，以便達成穩定的“相互威懾”，避免任何一方冒險進行“第一次核打擊”。在冷戰後，克林頓政府繼續沿襲核武器“預警發射”原則，表明美國政府的核威懾戰略依然建立在“確保相互摧毀”的基礎之上，突出進攻性核力量的威懾效應。
1997年12月，克林頓政府對核戰略作出了進一步修整，放棄了1981年裏根政府執政時期所提出的美國應該準備打一場“延長性核戰爭”（protracted nuclear war）的理論。當時，裏根政府認為，美國可能被迫卷入核戰爭，但是，不是一場一開始就大規模彼此毀滅性的核戰爭，而是首先以小規模進行的核戰爭。這樣的有限核戰爭可以根據戰場形勢而出現升級，或者就此停止。但克林頓政府認為，在後冷戰時代，有限核戰爭要爆發也是在核大國之間，但由於大國關係的協調與合作趨勢的發展，使有限核戰爭爆發的可能性也在縮減。為此，克林頓政府頒發了“總統指令”（the Presidential Decision Directive，PDD），要求美國國防部將原來計劃用來對付美蘇核對抗的核戰略修改為對付來自發展中國家的有限“核挑戰”，以及來自中國或者俄羅斯“未經合法授權或事故性的”的核攻擊。[16]該指令還提出，核武器在後冷戰時代的最大作用，不再是如何進行戰場使用以及應付有可能爆發的大規模核戰爭問題，而是轉向了威懾和嚇阻所謂“流氓國家”、國際恐怖主義組織和擁有核武器的國家有可能動用核武器攻擊美國的危險。因此，克林頓政府的這項核戰略調整的具體結果，就是進一步突出美國戰略核力量的威懾效應。其威懾的目標，不但對準了擁有核武器的核大國，也對準了目前正在進行核武器研製或準備進行核武器研製的發展中國家。
這一美國核戰略的調整，使得美國國防部在設計運用核武器作為報複性攻擊手段時，具有了更多的彈性。[17]相對來說，美國的“預警發射”核武器使用原則也出現了某些鬆動。針對學術界提出的美國既然不再麵臨大規模核武器攻擊的前景，那麼，美國就應該放棄“預警發射”原則的意見，美國國家安全事務委員會主管武器與軍控問題的資深專家羅伯特·貝爾（Robert Bell）表示，美國在這方麵的政策是，美國在發動報複性核攻擊之前，美國已經明確無誤地知道美國受到了核攻擊。[18]但迄今為止，美國的核武器政策文件中都沒有明確提出美國政府已經決定放棄“預警發射”原則。貝爾的話隻是傳達了美國可能在行使核報複攻擊時，將趨向於謹慎原則而已。
克林頓政府的這一核戰略與導彈防禦係統之間存在著密切的關係。克林頓政府認為，在後冷戰時代，雖然美國遭受大規模核攻擊或者核訛詐的可能性越來越小了，但是由於大規模殺傷性武器擴散和“流氓國家”存在的現實，美國要想控製不受核攻擊的難度反而提高了。因為這些國家不是單純依靠美國實行“威懾戰略”就可以循規蹈矩的。由於這些國家受專製體製和極端宗教信仰的左右，往往並不認同美國的實力地位和威懾力。而且，進一步來說，美國和這些所謂“流氓國家”之間也不存在著“恐怖均勢”的問題。“恐怖均勢”可以對有核武器的大國來說是有效威懾的基礎，但美國與這些隻有非常有限核武器的國家，隻有到底敢還是不敢使用核武器的“意誌均勢”，而沒有“恐怖均勢”。因此，美國必須考慮到“威懾”有可能失敗的後果。
從50年代中期以來，盡管曆屆美國政府都奉行核威懾戰略，核威懾戰略的核心是不使用核武器，而不是最終使用核武器。一旦美國被迫使用核武器，也就證明“威懾”失靈。所以，威懾理論強調的是在沒有使用核武器之前的過程，而一旦使用了核武器，威懾理論也就崩潰了。美國認為，對那些不負責任、不講“道理”的“流氓國家”來說，威懾就有失靈的威脅。因為兩極體係下的威懾戰略和威懾理論，都是建立在“以蘇聯為壓倒一切的假想敵”、“雙方都為理性決策者因而知道核戰爭的災難性後果”、“彼此熟悉對方的思維方式”以及“擁有固定的對話渠道”等等基礎之上的。而進入後冷戰時代後，美國認為，它與“流氓國家”之間並沒有固定的、明確的互動機製，也難以把握這些國家的文化、製度、領導者的行為方式和價值觀，因此，傳統上以“報複”來否定挑戰行為的威懾效用有可能失靈。[19]為此，克林頓總統一方麵要繼續維持核力量優勢，維持“預警發射原則”來嚇阻美國可能受到的核攻擊；另一方麵，也通過導彈防禦計劃來保護美國免受威懾一旦失靈之後的核打擊。美國前國防部長威廉·佩裏就是這一理論的強烈支持者。他認為，導彈防禦係統可以在美國核力量威懾失靈的情況下，免於受來自“流氓國家”的有限核導彈攻擊。導彈防禦係統的研製和部署，是美國在後冷戰時代形成有效核威懾戰略的重要基礎。它體現了美國在後冷戰時代應該具有的“預防性防禦”的思想。[20]
此外，在冷戰後美國防務和學術界對冷戰時代的威懾理論也進行了反思，認為威懾同樣會產生許多的風險和困境。例如，美國受到了來自“流氓國家”的有限核導彈攻擊，此時威懾失靈。按照威懾戰略，美國應該立即給予大規模的核報複。但是，如果白宮真的要作出這樣的大規模核報複的決定時，核倫理就可能起阻止作用。因為將來自一個極端的、不負責任的政府的核攻擊，轉化為對該國人民的大規模的核屠殺，在美國也沒有任何這樣的道德基礎。這就是美國在後冷戰時代所麵臨的“威懾困境”。
在這種情況下，後冷戰時代美國對於所謂“流氓國家”這樣的中小國家，很難運用“相互確保摧毀”的威脅戰略。而其他國家倒反而傾向於尋找核報複的合法化，以此來打擊美國所施加的壓力，或者美國進行的幹涉性舉動。當其他國家將核力量作為可以對付美國威脅的手段時，這就會刺激軍備競賽，增加核擴散，提高危機事件中動用核力量的可能性，並提升關係的緊張程度。這時，美國戰略核力量的威懾性反而“弱化”了。因為美國難以依靠冷戰時與蘇聯關係中積累起來的經驗來保持威懾，如定期磋商、相互理性機製以及規則認同等方式一直被認為是威懾效力的基礎。所謂“流氓國家”似乎成為了不能用威懾來降低其攻擊性的國家。[21]