1996年之後，無論是美國國會還是政府對NMD的重視程度明顯提高。1996年4月9日，助理國防部長卡明斯基（Paul Kaminski）指令BMDO建立了“聯合項目辦公室”（簡稱JPO），該辦公室的重要使命就是在研製和部署的技術問題上具體落實“3+3”戰略，加強對NMD武器係統項目的監督和管理，加速NMD中的“領先係統整合”（Lead System Integration，LSI）武器單位的研製。LSI的主要任務是整合軍方各單位研製的NMD分體以便形成一個NMD有效的整體武器係統。1997年4月1日，JPO正式啟動。JPO的建立，是美國NMD曆史發展中又一個突出的轉折點，它標誌著自1976年“衛兵”反導彈係統被關閉後美國真正走上了一條重新部署和裝備本土反導彈武器係統的道路。
BMDO為了進行NMD武器係統的研製和製造，向美國軍工企業提出招標。1997年4月21日，美國最大的軍火製造商之一洛克希德·馬丁公司（Lockheed Martin）、雷神公司（Raytheon）和TRW公司為了承攬NMD係統的研製和生產承包，聯合成立了合股的聯合導彈防禦公司（UMDC）。該公司向BMDO提出建議，願意聯合承攬BMDO所提出的NMD“領先係統整合”（LSI）的試製工作。LSI包括了所有NMD項目中已經規劃研製的各分項武器係統。1997年4月25日，BMDO與UNIDO、波音公司、貝絲達公司和杜爾尼公司分別簽署了NMD係統LSI項目試製合同。在該合同結束時，BMDO將通過比較，來選擇一家公司在某一個具體的ISI項目上進行研製、試驗和生產。1998年4月，經過招標後的NMD係統合同具體敲定。雷神公司負責NMD攔截導彈的推進器，洛克希德公司負責EKV，而由波音公司負責SBIRS以及SFT。這些公司將參與1999—2000年的NMD係統整合飛行試驗，並為預定在2000年執行的NMD部署準備評估負責具體的技術研發任務。BMDO與美國軍火製造商簽署LSI項目委托研製和生產合同，標誌了NMD部署計劃的重大進展。
1997年4月24日，美國參議院軍備小組委員會曾經通過了“國家導彈防禦法”草案，要求美國軍方盡快研製並在2003年部署NMD。[56]但是，由於白宮的反對，以及多數民主黨議員對該法案缺乏熱情，並沒有形成正式的國會決議。軍方的態度主要是顧及NMD武器係統的“技術和裝備準備”程度，以及與俄羅斯的軍控和裁軍合作問題。而白宮則顯然更願意在俄羅斯作出同意修改ABM條約之後，再就NMD的部署時間作出具體的決定，並不願意讓NMD成為美俄之間的外交包袱。雖然美國軍方反對國會在1997年通過“全國導彈防禦法案”，但對NMD按照修訂後的“3+3”部署方案進行進一步發展卻沒有絲毫的鬆懈。特別是當1996年NMD從“技術準備階段”走向“部署準備階段”後，NMD研發的關鍵也從技術和各個分體的武器單位的研製轉向了一個作為統一的武器係統的研製、測試和更新，以便能夠適應快速部署的需要。
1996年後半年，NMD發展麵臨的新問題是所需經費的重新估算和能否獲得足夠的預算保證問題，而不是軍方和國會表麵上看起來的“部署時間”的爭論。1996年8月，北美空間防禦司令部開始對NMD係統測試作出經費評價。11月，BMDO進行了第一次以部署為目的的、整個NMD係統水平上的經費評估。聯合項目辦公室提出，為了維持“3+3”部署方案的時間表；在2000年作出NMD部署決定的話，1998—2003年度應為NMD撥款46億美元，比原來預計所需要的高出了23億美元。在這兩次評估的基礎上，美國國防部就NMD的部署預想時間和經費投入間的關係進行了一項綜合評估，提出了三種選擇：一是維持NMD現有經費規模，將NMD研發倒回到“技術準備階段”；二是5年內追加15億美元經費，將原來設想中的2003年開始部署階段延長3年；三是繼續貫徹原定“3+3”部署時間，5年內增加經費20億美元。最後，美國國防部選擇了第三項。
1997年5月，科恩首次向國會撥款委員會申請大幅度追加NMD研製經費，要求在1998年度另外增加NMD經費4.78億美元，從1999—2000年度再追加18億美元，總共在今後5年內為NMD增加軍費撥款23億美元。美國國會批準了科恩的要求，1998年度國防授權法案對NMD的撥款額為9.78億美元。[57]BMDO也不斷強調，NMD的部署“不是應該不應該”的問題，而隻是一個時間問題。在經費問題基本解決後，1997年下半年，NMD武器係統的實戰試驗開始進行。1998年1月15日，美國軍方進行的EKV截殺器在太空對目標導彈判別和鎖定方麵的試驗獲得成功。稍早的一次NMD試驗是在1997年6月23日進行的，試驗內容也是對EKV截殺器類似能力的測試，那次試驗也成功了。這證明NMD武器係統的核心部分——EKV—在導彈製導和追蹤技術上的準備工作已經基本就緒。[58]
1997年11月，美國參議院通過了《導彈防禦計劃法案》，要求克林頓政府根據需要，推進包括戰區導彈防禦計劃和國家導彈防禦計劃在內的反彈道導彈武器係統的研製，並提出要將美國在東亞的“盟友”——日本、韓國和中國台灣——也納入導彈防禦計劃的研製和部署範圍之內。該項法案明顯地違背了白宮在台灣問題上的“一個中國”政策，也不利於克林頓與葉利欽對美俄核裁軍的推動工作。考慮到中國與俄羅斯的反應，白宮對該法案采取了抵製政策。由於參議院通過的這項法案在眾議院沒有通過，事實上成為了廢案。但以共和黨為主導的美國國會在導彈防禦係統問題上的立場沒有動搖。國會通過導彈防禦計劃法案，以便使得NMD的部署成為美國國內法律，隻是一個時間上早和晚的問題。從1996—1998財政年度，國會共為NMD係統研製授權撥款11.74億美元，比克林頓政府在這3年間實際向國會提出的經費預算還要多。[59]
1999—2000年：NMD全麵進入部署準備階段
1998年下半年以來，NMD研發再一次進入了加速發展的階段。1998年8月31日，據外電報道，朝鮮進行了一次代號為“大埔洞1號”的三級導彈試射。“大埔洞1號”的射程可達4000公裏。1998年年底，西方政府和媒體又傳出朝鮮準備進行射程更長的“大埔洞2號”試射。在美國看來，朝鮮已經擁有了可以攻擊美國本土的洲際導彈實力。有關“朝鮮導彈”能力的報道給美國政府、國會和軍方加速NMD研製和部署提供了借口，朝鮮成為了美國心目中最主要的“流氓國家”。
1998年夏天，美國國會任命前國防部長羅納德·拉斯菲爾德（Ronald Rumsfeld）為主席，成立了導彈防禦計劃評估委員會，該委員會對美國麵臨的導彈威脅的性質、有可能對美國軍事行動的限製以及導彈威脅的未來變化進行了分析。1998年7月“拉斯菲爾德報告”出台，其評估結論是美國應該加速整個BMD研製和部署計劃，以解決對美國“日益升高”的“中遠程導彈威脅”。[60]“拉斯菲爾德報告”甚至危言聳聽地提出，“流氓國家”可能在未來2—3年內，在預先沒有跡象表明它們已經完善技術的情況下做好打擊美國的準備。1999年8月30日朝鮮的“大埔洞1號”導彈發射似乎在某種程度上為“拉斯菲爾德報告”提供了證據。美國國防部長科恩隨即把朝鮮的“大埔洞1號”導彈試射稱之為美國本土事實上受到導彈威脅的“明顯標誌”，為了抵禦這種威脅，“美國將不得不保護自己的人民”。[61]1998年11月17日，BMDO通知就NMD武器係統未來在美國本土部署的“選址”問題，向全體美國國民征求谘詢意見，以便考慮選址對環境的影響。目前軍方的選址方案一是在阿拉斯加，二是在北達科他。[62]
1999年是NMD研發和決策的關鍵年。一方麵，1996年李萊斯出任BMDO局長後製定的“改進版”的“3+3”部署方案事實上是以1999年為NMD係統在“部署準備階段”的高峰年。1999年按計劃將進行NMD係統試驗和綜合研發。另一方麵，1996年“李萊斯方案”提出預定部署準備階段的啟動是在2000年，曾以2003年為實戰部署的起點年，在2006年完成具體部署。如果要按這樣的預定計劃走，1999年無疑是NMD在經費保障、下一段研發重點以及研發與部署如何銜接的轉折之年。因此，1999年美國的NMD項目必須作出若幹個明確選擇：一是如何回應“快到時間了的”1996年的“李萊斯方案”，具體來說，是繼續往前走還是再作調整？二是如果要往前走，下一步的計劃和戰略又是什麼？
1999年1月20日，科恩就NMD問題闡述了美國政府的“新方針”，既回應了1996年李萊斯所提出的以2003年為預定部署時間的“3+3”部署方案，又對此作出了進一步發展。其內容包括：
（1）美國將大幅度增加NMD的研發經費。1999—2000財政年度開始將首次對NMD以實戰部署為目的的研發作出大量的經費投入，國防部決定在今後3年內新增NMD經費66億美元，其中1999—2000年新增NMD研製費用23億美元，到2005年新增經費總額將達到105億美元。而在這之前，1999年度國會通過的補充撥款法案為NMD在該年度已經增加了8億美元預算。這些新增撥款使NMD原有的預算水平提高了將近3倍。[63]具體什麼時間美國最終部署NMD，將於2000年6月進行評估後決定。
（2）美國仍然沒有就具體什麼時間部署NMD作出最後的決定，但是，科恩在講話中特別強調：“我們正在確信，美國麵臨的導彈威脅在不斷提高，威脅不但針對美國的海外駐軍，也同樣針對居住在本土的美國人。”[64]為此，科恩宣布，美國將在2000年6月作出評估，以便決定是否正式部署NMD武器係統。這就是說，2000年6月，將是美國作出NMD部署的最後期限。
（3）科恩宣布，將NMD原定的“3+3”部署方案改成“3+5”部署方案，即一旦在2000年作出部署的決定，美國將用5年的時間完成NMD武器係統的最後研製，再用3年的時間完成實戰部署。為此，NMD武器係統的預定實際部署時間已經不是李萊斯所提出的2003年，而是2005年。之所以要將“3+3”改成“3+5”，最重要的原因是為了能夠增加NMD技術的成熟性。李萊斯1月20日在訪問科恩之後所作的補充發言及答記者問中，再三強調了這一點。[65]按照這樣的時間表推算，NMD投入實戰的最晚時間將不超過2008年，而這個時間恰恰也是TMD進入現役的時間。總的來說，根據調整後的美國BMD戰略，從現在起的不到10年的時間內，美國將裝備並擁有大規模反彈道導彈的強大軍事實力。
以1999年1月科恩所宣布的“3+5”部署方案為標誌，整個NMD計劃開始全麵邁入“部署準備階段”。其目標是通過一係列的飛行試驗證實NMD的實戰能力，說明NMD的技術可行性，在2000年夏天白宮一旦作出部署決定之後，立即啟動部署方案；NMD武器係統的技術和攔截能力在部署過程中再加以不斷完善。至此，以2000年夏天為部署起點，整個NMD係統的實戰裝備工作開始全麵加速，NMD部署的前景徹底明朗化了。克林頓政府之所以從1999年年初開始提升NMD研製和部署計劃，很重要的原因是受到國內政治的壓力。[66]克林頓“性醜聞”彈劾案在1998年12月中旬終於告一段落的情況下，克林頓總統和白宮雖然躲過了這一“劫”，但為了重整總統和政府形象，爭取和平衡美國國內各種政治力量對剩餘任期的支持，改變多年以來共和黨對民主黨政府在軍備問題上“軟弱”政策的批評，克林頓政府希望能夠推進導彈防禦計劃的研製和發展，在軍備政策上采取強硬態度。
在科恩1999年1月20日講話後不久，美國參眾兩院在3月中旬相繼通過了“全國導彈防禦法”，以國會立法的形式，正式要求美國政府盡快在本土部署NMD武器係統。該方案的通過，是美國朝著NMD部署目標所邁出的決定性步伐。1999年7月23日，美國總統克林頓正式簽署了“1999國家導彈防禦法案”。在簽署後克林頓發表了聲明，提出美國政府“致力於對付來自‘流氓國家’可能發展和部署遠程導彈以及投擲大規模殺傷性武器對美國及其盟國構成的威脅”[67]。2000年夏天美國最終決定在2005年部署NMD可以說已經是“呼之欲出”。NMD計劃經過從1993—1995年的“技術準備階段”、1996—1998年的“部署準備開始階段”，1999年的部署準備加速階段，到2000年秋天，按照原定計劃將正式過渡到最後的部署準備實施階段。
為了便於克林頓總統在2000年作出NMD部署決定，美國國防部主持下的各項NMD係統研製、試驗、評估和基礎設施動工修建的準備工作，也都進入了加速實施的具體進程。4月14日，前BMDO局長李萊斯在國會聽證會上表示，軍方將從1999年秋天開始進行NMD整合飛行試驗（IFT），以檢驗NMD的技術準備程度，並將在2000年6月之前完成NMD的“部署準備報告”（DRR）。[68]計劃的IFT為1999年下半年一次，2000年上半年兩次。
同時，NMD攔截能力也在不斷地調整和提高。美國當前已經不再是以來自所謂簡單的“流氓國家”的導彈技術為NMD攔截能力的實現標準，而是強調應該為美國建立起相應的戰略防禦能力。美國NMD係統能力的需要和具體的NMD係統研發和建設的具體進程在不停地趨向一致，這兩者之間內在的關係也不斷受到美國軍方的重視。按照“3+5”部署方案，如果美國在2000年作出NMD部署決定，將在2003年首先建成部署有20枚攔截導彈的NMD係統，並在2005年將攔截導彈的數量提高到100枚。這也表明美國國防部基本拋棄了有關NMD攔截能力最初擬訂的“C-1”方案，將目標鎖定為“C-2”方案。C-2也被稱為“C-1 Prime”，或者“Extended C-1”。它對NMD係統攔截能力的設計是建立一個反彈道導彈發射場，部署100枚攔截導彈，可以同時攔截25枚目標導彈。韋爾奇在1999年的報告中就提出，2005年建立部署有100枚攔截導彈的NMD係統似乎是一個C-2能力方案的NMD係統，但卻隻能對付對美國來說壓力遠不太大的C-1層次上的導彈威脅。美國軍方開始規劃將C-2再進一步提升到C-3.C-3的目標是建立兩個反彈道導彈發射場，在每個發射場各部署120枚攔截導彈，其目標是可以有效攔截同時襲擊美國的50枚目標洲際導彈。[69]
1999年5月，NMD聯合項目辦公室根據“卡帕斯通需求報告”（Capstone Requirement Document，CRD），對NMD係統的攔截能力進行了新的需求設計，認為NMD的攔截能力應該按照不同的層次有所發展。該報告認為：
C-1方案符合CRD報告中所說的對“非精密型”導彈威脅的防禦需要，所以，隻不過是為美國反導彈威脅提供了“門檻層次”（Threshold Level）上的導彈防禦能力，充其量隻能對付來自所謂“流氓國家”的技術能力比較低的導彈攻擊。這樣的導彈威脅也被稱為“門檻威脅”（Threshold Threat），即美國本土所麵臨的最低層次的洲際導彈威脅。C-1能力可以同時攔截5枚單彈頭的技術低級性的洲際導彈的攻擊，並識別出這些導彈飛行中所施放出的低級“誘餌”，也可以破掉目標導彈發出的如照明彈、金屬顆粒霧、幹擾彈等其他“反製措施”（countermeasures）。2000年作出NMD部署決定後，2003年，現有研發中的NMD係統就能達到C-1能力。