TMD和NMD雖然是克林頓政府導彈防禦計劃中的“雙子星座”，但由於其在戰場上的用途不同，以及不同的戰略需要，無論是武器係統的規劃、研發重點，還是其作戰用途，都有明顯的不同。
（1）從一開始，美國的BMD計劃就選擇了以TMD為研發和部署的重點。
在開始階段、NMD的“概念”遠不如TMD那麼明確。由於顧及《反彈道導彈條約》，BMD在起步階段就包括有NMD的設想，但克林頓政府的NMD立場較之TMD來說，在相當一段時間內要“猶豫”得多。
1994年6月美國國防部頒發的BMDO作章程指令，對其使命作出了如下規定：一是“研發出有效並能夠快速部署的TMD，以保護前沿部署和特遣部署的美國軍事力量，並保護美國的盟友和友好國家”；二是“研發和根據指示部署能夠為美國本土提供有效防禦能力的反彈道導彈武器係統，以便阻止和攔截由於意外、非正式授權發射或對美國故意的彈道導彈進攻”；三是“說明高級技術，以便不斷替代和加強早期的BMD係統，例如發展空間部署的導彈防禦武器，以及相關的跟蹤器，為陸基攔截武器提供幫助”；四是“繼續進行基礎的和應用性的研究，以便為了近期和未來的技術和武器更新發展出相關的新的防禦手段，促成美國持續擁有高效化的導彈防禦係統”[18]。可見，BMD一經確立，TMD就在其中占據了首要的位置。
在克林頓總統上台初期，NMD最早隻是作為一項技術研發方案而出現的。[19]在1994—1995年間，NMD並沒有一個明確的部署方案，隻是在BMD使命中闡明了要直接在美國本土建立彈道導彈防禦係統的預估目標。從先後次序上來說，NMD明顯排在TMD之後。直到1999年1月，才正式出現了NMD和TMD並重的局麵。1995年4月，首任BMDO局長馬爾科·奧尼爾在眾議院國家安全小組委員會上答詢時，對NMD和TMD在克林頓政府的“彈道導彈防禦計劃”中的地位和作用首次作出了係統說明。[20]當時，將NMD明確定位在研製階段，是否部署，則要視今後的具體狀況來決定。
（2）TMD與NMD在美國行政和立法程序中得到授權的時間上也有明顯的差別。
在BMD問題上，美國行政部門從一開始就下定決心進行TMD的研製和部署。有關戰區導彈防禦的構想在“沙漠風暴行動”結束後不久就於1991年獲得了美國白宮和國會的認可和批準。美國軍方迅速開展了TMD研製和基地建設，並被授權在研製成功之後就立即進行部署。1993年BMD計劃正式問世時，TMD早就在3年前進入了研製階段。隻不過在BMD框架下，TMD地位更突出、戰略更明確、規劃更全麵和研製更集中而已。1994年，五角大樓為BMD研製所編製的經費預算為450億美元（1995—2005年），其中TMD占據了整個BMD經費的70%以上。NMD雖然一直是BMD中的重要組成部分，1993年的“兜底評估”報告就提到NMD是後冷戰時代美國反彈道導彈計劃的應有內容，但白宮在1999年1月以前始終沒有提出正式部署的時間表，直到1997年5月，美國國防部長科恩才要求增加NMD研製撥款。白宮在1999年1月才最終下決心具體落實NMD部署的各項準備工作，並提出將在2000年夏天作出部署NMD的正式決定。
（3）與上述原因相聯係，TMD和NMD迄今以來所獲得的經費支持也不同。
從1996—1999年，美國國會通過的國防授權法為整個BMD撥出的研製經費約為160億美元。其中，用於TMD的研製經費占到了71%，約為110億美元。[21]從1993—1999年，美國導彈防禦計劃的總體預算分配情況為：NMD計劃（23.6%），TMD計劃（58.9%），相關支援科技開發（8.6%），其他部分（8.9%）。[22]這一經費分配結構主要受NMD係統的研製進度和缺乏明確的部署時間的影響。1999—2000年度美國國防預算中加大了對TMD和NMD的經費投入，NMD新增研製經費22億美元。在該年度，NMD經費增長幅度首次超過了TMD研製費用的增長。1999年3月中旬，美國國會正式通過法案，授權並要求美國軍方進行NMD的研製和部署，NMD在撥款總額上出現了迅速攀升。
（4）作為國際戰略武器領域的新發展，BMD必然會同當代國際武器控製框架，特別是美俄之間限製和削減軍備的有關協議發生衝突和矛盾。其結果是，TMD和NMD在美國外交日程上的地位和命運也各不相同。
由於TMD不是在美國本土部署的反彈道導彈武器係統，在某種程度上繞開了1972年的ABM協議，再加上美國的外交壓力，1997年，美國副總統戈爾與俄羅斯簽署了TMD問題上的“劃界協議”。該協議規定，美、俄雙方將互不部署針對對方的TMD武器係統，在此前提下，俄羅斯“不反對”美國研製和部署TMD。而NMD則明顯違反了反導條約，美國要“合理合法”地部署NMD，首先就必須說服俄羅斯廢除或修改該條約。俄羅斯卻一直反對就此條約作出任何修改和廢除。美國試圖再三說服俄羅斯改變態度，但俄羅斯均未作任何妥協。美國國會在1999年3月中旬通過部署NMD的立法決議後遭到了俄羅斯和中國的強烈抗議。因此，NMD部署決定可以說是徹頭徹尾地違背了國際武器控製的現有架構，是美國“霸王硬上弓”的強權做法。
（5）TMD同NMD最為重要的區別，還是這兩者在具體的係統武器配置和研製路徑上的區別。
TMD是在美國本土之外部署和使用的武器係統，又麵對著今天攻擊性導彈技術的飛速發展和美國海外駐軍及盟友中需要保護的目標的多樣性，所以美國軍方特別強調單一的TMD係統不能達到有效的導彈防禦目的，強調TMD各武器單位的機動性和相互支持性。為此，TMD由陸基、海基和空基三大武器係統構成，是一個導彈防禦武器的“係統家族”。這樣，既可以形成立體式的嚴密的導彈防禦網，又可以充分利用美國海陸空軍事力量的現有裝備，同時，避免在部署時受到基地所在國在主權等問題上的牽製。而NMD直接部署於美國本土，所以不存在武器係統海外基地選擇方麵的任何限製，而且也可以充分利用美國北美防空戰略司令部下屬的各種軍事設施，如雷達站、軍事衛星和軍事通訊、指揮係統，NMD在武器單位的構成上較TMD簡單得多。
在戰鬥構想方麵，NMD將主要是在外空擊落敵方來襲的目標導彈。其戰鬥空域為距地麵220公裏以上的高空。而TMD武器係統的攔截高度可以依照其不同係統要求而不同。例如，PAC-3和海軍低空層導彈攔截係統（NAW）的攔截高度是距離地麵4公裏的大氣層內（endo-atmosphere），主要攔截飛行階段都是在大氣層內中低空層的短程導彈和巡航導彈；而戰區高空層導彈防禦係統（THAAD）則可以在大氣層外（exo-atmosphere）對中遠程彈道導彈進行攔截。[23]海軍低空層（NAW）與高空層戰區導彈防禦係統（NTWD）的聯手，可以在距離地麵150公裏高度內攔截各個飛行高度的戰區導彈。在對付的目標導彈的射程方麵，NMD最主要的使命是攔截和摧毀射程超過5500公裏的遠程彈道導彈以及洲際彈道導彈，而TMD係統攔截的是射程在3500公裏以下的各種類型的導彈。
由於美國處於大西洋和太平洋之間的地理屏障優勢，無論是南美還是北美都不存在對美國的導彈威脅，世界其他國家的陸基中短程導彈都不具備直接攻擊美國本土的能力，因此，NMD隻是為美國本土構築遠程戰略導彈防護體係。而TMD是力圖在區域衝突中直接使用的武器，要麵對各種射程的導彈，TMD的技術要求和防禦能力在整體上有別於NMD武器係統。但是，TMD中的海基THAAD係統，由於以水麵艦艇為發射平台，具有機動性和突擊性。因此，可以大大擴大NMD防禦的範圍，從美國本土的外圍構築NMD的協防體係。因此，一旦TMD投入現役，完全可以對NMD形成巨大支持和補充，甚至TMD可以先於NMD對攻擊美國本土的遠程戰略導彈作出發現、跟蹤到攔截摧毀的戰鬥反應。這也是從1993—1997年在美國BMD日程上TMD要優先於NMD的一大因素。
克林頓政府時期，美國的BMD計劃和部署戰略呈現出了三個方麵的基本特點。
（1）給BMD設置高目標，並通過大投入來保證BMD研製計劃的成功，以便使TMD和NMD一旦投入使用，基本上能夠一步到位地建立起可以適應各種戰場形勢、多種戰略需要的、高攔截能力的反導彈武器係統。
（2）在BMD的武器配置上，強調係統性和多樣化的結合，以反導彈武器的家族概念來形成嚴密的導彈“防護網”。同時，注意現有武器裝備與反導彈技術發展之間的結合、武器的有效性與實際操作性之間的結合、技術要求與生產和部署成本之間的結合以及現有技術的成熟度與後繼技術發展之間的結合。
（3）在部署的時間考慮上，強調軍事目的與政治和外交目的之間的結合，以BMD的研製和部署促進美國戰略、政治和外交目的的實現，並以戰略、政治和外交利益，來主導BMD研製、發展和部署的重點和節奏。但是，以部署反彈道導彈武器係統作為美國未來軍事力量建設中的“重中之重”的地位不會變。
彈道導彈防禦計劃的研製和實施，都是高投入的軍備擴張計劃和防務建設計劃。從1955年美國開始著手從事導彈防禦研究到1999年，美國總計花費的資金為1380億美元（以2000年的美元價格計算）。美國政府現在正在從事的NMD計劃一旦投入部署，無疑將會使得彈道導彈防禦計劃成為世界上有史以來最為昂貴的武器係統。它對國際戰略格局和大國關係的影響力，在國際軍事技術和武器係統的發展曆史上，隻有核武器的出現以及核導彈的廣泛使用，才能與它相提並論。