美國核壟斷的結束和美蘇在核導彈技術方麵的突破是導致“大規模報複戰略”被替換的根本原因。到了50年代末，美國核軍事戰略麵臨的一個新局勢是美蘇的戰略核攻擊能力比50年代中期單純依靠遠程戰略轟炸機和戰術核武器已經有了實質性的變化，建立在美國單邊威懾力量基礎上的“大規模報複戰略”隨之不再可靠了。
其所遭遇的問題，已經不再是簡單地解決核武器與區域衝突或者有限戰爭的關係問題。如果繼續采取“大規模報複”戰略，對方的第二次打擊同樣也會使美國承受難以克服的“反報複”。為此，五角大樓內外都不斷有人呼籲保持“確保摧毀”能力，並且希望能夠打擊蘇聯的戰略核力量，使其失去“反報複”能力，以防止美國本土受到攻擊。美國必須具備足夠的“第一次打擊”能力，即具有可以充分摧毀蘇聯遠程核力量的能力，確保蘇聯在遭受美國襲擊後所能進行的報複性還擊微不足道。總之，50年代末美國威懾戰略需要解決的問題是，在蘇聯也具有了相應的核威懾能力之後，威懾戰略的成功又應該建立在什麼樣的基礎上。
與此相對應的是，核威懾戰略如何麵對更為緊張的地區性爭奪，也是美國威懾戰略必須解決的新問題。美國和蘇聯這兩個超級大國自50年代末期以來都進入了新的戰略性擴張時期，展開了更為激烈的全球戰略勢力競爭。50年代末期，正是全球殖民體係崩潰和瓦解的時期，隨著老牌殖民大國英國、法國等歐洲國家在亞非拉等地的殖民統治的結束，一大批新興國家在民族自決權的召喚下獲得了政治獨立。美蘇抓住這一機遇進行勢力滲透，取代了傳統殖民大國在發展中國家的影響力。這一狀況更是迫使美國拋棄“大規模報複”戰略，轉而尋求一項可以應付各種層次戰爭並以遏止蘇聯擴張為目標的新戰略。後來成為美國總統的肯尼迪參議員在1958年就提出，“蘇聯正在慢慢地吞食自由世界的邊緣地帶”，這些行動都削弱了西方，但“哪一個舉動本身都不會重要到需要我們發動一場使我們自己也遭到毀滅的核戰爭”。[33]
當時的肯尼迪參議員提出了一些與泰勒相似的戰略思想，認為既要彌補導彈差距，又要發展常規力量；戰略和戰術核力量是防止蘇聯首先使用核武器的“盾”，而常規力量則是美國防止蘇聯擴張、進行有限戰爭的“利劍”。1961年1月，M。泰勒在《外交》季刊上發表題為《安全不能等待》的文章，再次呼籲美國政府采取新戰略，並建議這項新戰略應該建立在威懾大小戰爭的靈活軍事反應的基礎上，以便幫助西方贏得冷戰。1961年初肯尼迪政府上台之後，泰勒成為了肯尼迪總統的軍事顧問，1962年又直接出任參謀長聯席會議主席。1961—1968年間，羅伯特·麥克納馬拉擔任美國國防部長。在他的主持下，美國國防部實施了“麥克納馬拉革命”，建立在“第二次打擊”基礎上的美國核戰略有了進一步的發展。“靈活反應”（flexible response）戰略正式成為了美國軍事戰略的新內容。
1962年6月，麥克納馬拉在美國密歇根大學的演講中首次公開介紹了該戰略。他強調：“在可能發生的全麵核戰爭中，隻要能夠做到，我們的基本軍事戰略就應當同過去常規作戰的戰略基本一樣……在核戰爭中，我們的主要軍事目標應該是摧毀敵人的軍事力量，而不是消滅其平民。”[34]“靈活反應”戰略把戰爭分為核大戰、有限戰爭和特種戰爭。全麵核大戰是“最後一著”，其特點是雙方不受限製地使用核武器襲擊對方的本土。核大戰的爆發可能是由小到大，逐步升級而引起的，也可能是由一方發動突然襲擊所引起。有限戰爭是交戰雙方對戰爭的目標、武器、範圍和兵力有意識地加以限製的一種戰爭。特種戰爭則是美國有可能進行軍事卷入的小規模的戰爭。1965年，美國赫德森研究所所長赫爾曼·凱恩出版了《論逐步升級》一書，把美國麵臨的戰爭分為7個階段，37個階梯，將肯尼迪政府的“靈活反應”戰略具體化。[35]在作戰準備上，該戰略要求美國具有同時打“兩個半戰爭”的能力，即在東、西兩線都要作好打一場大規模戰爭的準備，在亞非拉作好打一場小規模戰爭的準備。
隨著“靈活反應”戰略的形成，以及60年代初“三位一體”的核力量取代了以往以中程導彈和遠程轟炸機為主體的戰略進攻力量，原來建立在“第一次打擊”基礎上的核威懾設想也全麵讓位給了以“第二次打擊”為中心的新威懾戰略。該戰略的核心是美國假設不首先使用戰略核武器對蘇聯進行“第一次核打擊”，並從這一角度來定位美國新的安全構想。[36]這一點是“靈活反應戰略”與“大規模報複戰略”的主要不同。這一戰略的確定，使得“核威懾”中的基本元素——報複和難以承受的“受報複”的後果——明朗化了。核威懾最重要的是避免最後攤牌，以此來嚇阻蘇聯有可能對美國的核冒險，並不惜以迅速降低“核門檻”和將常規戰爭演化為核戰爭的方式，遏止蘇聯的常規戰爭冒險。可以說，“靈活反應戰略”確立了當代核戰略中真正的威懾效用。
從老的轟炸機過渡到新的洲際導彈，武器具有了一些新的性能，同時又失去了一些老的性能。進攻的一方即使用盡了自己所有的核打擊力量，仍然不可能消滅對方所有的核報複力量。核報複使敵方所遭受的損失完全可能大於敵方發動全麵打擊給對方造成的損失。蘇聯有可能為了謀求優勢或者保護自己的核力量而進攻美國的軍事意義就越來越小。客觀上來說，技術的發展不僅沒有提供擺脫“恐怖均勢”的辦法，反而使它更加牢固了。美國的核打擊目標也由傳統的對敵方城市，轉向了對蘇聯軍事和戰略武器基地。保證“第二次打擊”的成功和其相應的威懾力，也是肯尼迪政府推行“靈活反應”戰略中核武器的運用構想。建立在“第二次打擊”力量基礎上的“核威懾”，成為“兩個半戰爭”構想的信心基礎。1961年10月第二次柏林危機期間，美國助理國防部長羅斯韋爾·吉爾帕特裏克就提出：“即使在蘇聯對我們的武裝力量發動了一次突然襲擊之後，美國摧毀敵人的能力仍將相當於或者大於敵人可用來威脅對美國進行第一次核打擊的未遭任何損失的全部力量。簡言之，我們的第二次核打擊能力至少和蘇聯第一次核打擊能力一樣大。”[37]
此外，麥克納馬拉也強調，對城市進行核報複的戰略是不可信的，因為敵人可以動用的核武器在沒有被摧毀之前，核攻擊隨時都可能存在。這就會導致以對城市報複為主的傳統“威懾概念”在重壓之下崩潰。1963年2月，美國空軍的一份文件對動用核武器報複城市的戰略如何不可信作出了說明：“盡管潛在的敵人可能有理由懷疑，用摧毀城市來進行報複的戰略是否可信，但是他卻不會懷疑依靠摧毀他的軍事力量的能力最終戰勝他的戰略是可信的。他不能冒著失去這些軍事力量的風險，因為一旦失去這些軍事力量，他就被迫依照我們提出的條件接受和平。”[38]這就是威懾理論中所強調的：威懾的效力最重要的是能夠使得敵人失去它所最珍貴的東西。
麥克納馬拉將美國核威懾的重點從對城市和工業區的打擊轉向了對軍事目標和戰略武器基地的打擊，其本身也存在著諸多的問題。一是在三位一體的核力量時代，打擊戰略力量的方案有不確定性；二是如果蘇聯發動先發製人的核攻擊，這時即使進行有效的“第二次打擊”也有點來不及了；三是由於核導彈的攻擊都有一定的預警時間，當蘇聯的導彈都飛走之後，美國的打擊才降臨的話，本身也沒有了多少意義。這也是他的核戰略思想後來曾遭到猛烈批評的主要原因。[39]盡管如此，麥克納馬拉所製定的核戰略對“威懾理論”作出了較大的修正和發展。
麥克納馬拉所側重的是“威懾”的靈活性和針對不同情況下動用核威懾的同時也要管理核威懾，以避免讓任何戰爭都變成核戰爭。麥克納馬拉對威懾戰略最大的貢獻是在美蘇核力量均勢和以洲際導彈為代表的“三位一體”核力量形成之後的新時代，為核威懾勾畫了新的藍圖，製定了這一戰略所應具有的各種元素。到60年代，再也不能說美國在核較量中能夠占到絕對優勢或者便宜。將威懾建立在擴大美國的選擇餘地的基礎上，意味著要進一步發展美國的常規力量，也意味著美國準備打純粹是常規性的戰爭。這也說明了肯尼迪政府拋棄了艾森豪威爾政府認為核威懾也可以抑製常規戰爭的幻想，而將核威懾的重點放在了美蘇在歐洲進行一場常規戰爭，這樣的戰爭美國可以獲得勝利，而不用過於擔心蘇聯會對歐洲或者美國進行直接的核戰爭。此外，美國當時還特別需要防範蘇聯利用核導彈對歐洲進行“核恐嚇”，以削弱美國在歐洲的戰略利益或者美國與歐洲的戰略團結。1967年，北約接受了“靈活反應戰略”，美國向歐洲提供核保護傘和不惜在歐洲受到蘇聯常規侵略時動用核武器。這就是著名的“延伸性威懾”（protracted deterrence）。
麥克納馬拉的思想中有一點也是值得一提的。他曾在1962年12月接受《星期六晚郵報》采訪時說，可靠的第二次核打擊能力有許多的好處，一個國家有了這種能力就不急於發動先發製人的襲擊，或許有利於保持穩定的“恐怖平衡”。在核導彈發展之後，美蘇兩國加固了的“恐怖均勢”也為美國在歐洲以及其他地區的常規軍事行動提供了空間。而美國的軍事力量在當時確實要為它想要維護的安全勢力範圍或者預防“多米諾骨牌”效應找到行動空間。可以說，“靈活反應”戰略既為美國在新的核導彈競爭環境下找到了鞏固核威懾這一軍事戰略核心的途徑，也為美國常規軍事力量的發展和使用從“恐怖均勢”中鬆了綁。隨後，我們就可以很快地看到在1964年8月的“東京灣事件”中，美國就立刻擴大了在越南的軍事幹涉行動。
到了60年代中期，麥克納馬拉轉而提出了“相互確保摧毀”（Mutual Assured Destruction，MAD）戰略，這是美國對核戰略所作的又一次調整，或者說一次修正。1962年的古巴導彈危機證明了核威懾必須與堅定的政策行動相結合，單純設想得再精密的核戰略都無法預見現實的情況，也無法自動對局勢的發展起控製作用。如何使威懾同具體的政策行動相互配合，這是美國核戰略必須解決的問題。例如，靈活反應戰略在總體上否定美國首先進行先發製人的核攻擊，但在1961年的柏林危機時，出於美國核保護傘對歐洲安全和提升歐洲盟國對美國軍事信心的考慮，肯尼迪總統明確提出，如果歐洲受到蘇聯的進攻，美國將會考慮首先動用核武器。肯尼迪總統的這番講話雖然具有政治意味，但卻表明了美國以歐洲受侵略就要動用核武器的立場。這事實上同“靈活反應”戰略有出入，卻達到了渲染美國威懾戰略的“意誌力”的目的。
這時，美國軍方的普遍看法是：蘇聯已經具備了可靠的“第二次打擊”的確保摧毀能力。美蘇之間已經形成了“相互威懾”的局麵。如果蘇聯對美國采取先發製人（pre-emptive）的核攻擊，美國報複的能力還需要進一步加強，以便具備更為可靠的“確保摧毀”的第二次打擊能力。美國雖然此時在戰略武器的數量上仍然占據優勢，但是於事無補。大規模核導彈所建立的“核恐怖”變得越發堅固，使得核戰爭對雙方動用核武器的可能性本身產生了越來越強烈的“威懾”作用。美蘇大規模的核軍備競賽，迫使雙方在采取針對對方的行動時，必須更加小心翼翼。正如基辛格所說的：“這種形勢反映了現代技術發展的基本矛盾，力量從來沒有像現在那樣強大，也從來沒有像現在那樣無用。”[40]