索邦神學院的判決對於羅馬教廷的調查自然有影響，它引起羅馬對閻當訴案的重視並加快了審查進程。這時調查委員又得到一份更加不利於耶穌會士的材料，即剛剛返回歐洲的湖廣宗座代牧萊奧尼薩（Giovanni Francesco Nicolai de Leonissa）編輯的一份對於儒生行為的描述。萊奧尼薩雖然不是有意為難耶穌會士，但他在將一些術語翻譯成拉丁文時就如當初黎玉範所為，用天主教世界裏的宗教性詞彙來轉譯儒家的整套喪葬、祭祖和祀孔禮儀，比如指孔子時所用的“聖”被譯為“聖徒”（saint）而非“教師”（master），“廟”被譯成“禮拜堂”（chapel）而非學校（school）或廳堂（hall），“叩頭”被譯成屈膝半跪。萊奧尼薩的材料中顯示的儒家禮儀顯然有崇拜神祇的性質，不過他本人又堅持認為儒家學者是無神論者，而萊奧尼薩成為調查委員會的重要顧問，因此他對儒家禮儀的理解成為羅馬教廷做出不利於耶穌會士之判決的一個重要因素。
與此同時，中國的耶穌會士1700年11月30日獲得一份極其特別的證據——康熙皇帝對於祭祀禮儀和“天”、“上帝”等術語的意見。實際上這是幾位耶穌會士向康熙皇帝遞交的一份請願書，其中描述了耶穌會士對“天”、“上帝”等術語的含義和祭祖祀孔禮儀的理解，請求皇帝指示這些理解是對還是錯，而康熙在請願書上做了肯定的批複。耶穌會士認為這是最有利的策略，因為皇帝代表著中國最高權力當局，也是中國禮儀的首席執行者，他對於中國禮儀的性質應該有決定性發言權，如果皇帝也肯定祭祖祀孔禮儀是這個國家世俗性和政治性典禮而與宗教信仰無關，那麼這個證據將是結束禮儀辯論的終極性和決定性證據。所以當他們得到批複後，立刻將之譯為西文連同請願書和其他一些表達同類意見的儒家學者作品一起寄往羅馬。不幸的是，這些材料在1701年秋天抵達羅馬後，並未取得耶穌會士預期的效果，卻事與願違，令教會上級們愈加惱怒。這一方麵是因為教廷關於中國禮儀問題的討論此時已在閻當、索邦神學院和萊奧尼薩的影響下大致成形，已經認定中國禮儀問題是宗教問題，因此當看到耶穌會士在這樣一個有關宗教真理的問題上依賴一位異教徒君主的判斷時，當然震驚非凡。另一方麵，羅馬教廷還嗅出康熙諭旨中的政治權力氣息，如果它認同康熙的意見，就意味著它認可世俗政治權力幹涉教會事務，而且還是一個從未表示擁戴和服從羅馬教會的世俗政權，這對於致力於維護其至上地位的羅馬教會來說也是嚴重的冒犯。1703年，衛方濟（Fran?ois No?l）和龐嘉賓（Gaspar Castner）作為耶穌會士在禮儀之爭這新一輪辯論中的首批代表抵達羅馬，冀望於能對兩年前寄到的那份康熙聖旨提供更好的解說，但為時太晚，教廷對他們不過是敷衍了事。緊接著，聖職部在1704年頒發了一道經新任教皇克萊芒十一（Clement XI）確認的部諭，是對閻當1693年訓令中7條規定所涉問題的逐條答複，歸根結底是全麵並且幾乎是無條件地禁止中國天主徒執行祭祖祀孔禮儀，徹底推翻耶穌會士的禮儀政策，唯一的許可是僅僅擺放一塊寫有祖先名字的牌位，在術語問題上嚴令取消“天”和“上帝”兩詞而隻能用“天主”來指基督宗教的神。