無論如何，這一次耶穌會士對中國禮儀的解釋說服了聖職部的神學家，所以聖職部在1656年3月23日頒發一道經教皇亞曆山大七世（Alexander VII）批準的部諭，允許中國天主徒參加衛匡國所描述的祀孔儀式和經利瑪竇等人修改後的祭祖儀式，並宣布祭祖和祀孔禮儀可以認為是世俗性和政治性的敬拜。然而這道部諭同1645年那道傳信部部諭並不矛盾，它所批準的僅是衛匡國所描述的行為，並著重指出如果禮儀是黎玉範所描述的，則它們不能被容忍。所以對1656年決議的解釋將取決於它所許可的是否與1645年所禁止的相抵觸，1669年11月聖職部頒發的一項決議更明確指出這兩份指令並行不悖。不過，1656年部諭誕生之後的確在實際進程中為耶穌會士和其他在當地習俗方麵持靈活態度的人帶來不少好處，遇到有關傳教區當地禮儀的難題時就一再被引用，甚至20世紀教廷裁斷日本神道教禮儀時也引用了它。對17世紀的中國傳教區來說，這道部諭的積極效果則可謂可立竿見影。
1664年爆發楊光先“曆獄”事件，大多數在華傳教士因此被監禁於廣州並被拘押在同一所房屋中將近5年。這些傳教士（包括19名耶穌會士、3名多明我會士和1名方濟各會士）在1667年底至1668年初召開了一個長達40天的“廣州會議”，討論他們之間的分歧並試著為傳教工作找出更為統一的方法。在最後達成的包括42項條款的議案中，第41條便依據1656年聖職部諭令而決定繼續容忍祭祖祀孔禮儀。這42條議案表決時，唯一的方濟各會士利安當在猶豫中簽名同意，多明我會士代表閔明我則直到1669年9月29日才勉強遞交表示同意的書麵意見。耶穌會士殷鐸澤（Prosper Intorcetta）1670年受派前往羅馬向教廷彙報廣州會議結果，並得到教皇認可。廣州會議使傳教士在明確的法律保障下繼續實行利瑪竇的寬容政策，這對於“曆獄”之後中國傳教區的維係與恢複有重要作用。而且廣州會議之後，中國的全部奧古斯丁會士、大多方濟各會士和一些多明我會士也都遵循耶穌會士的方法，使17世紀最後30年裏中國傳教區能夠在大體統一的狀況下平穩發展。
然而廣州會議也埋下一個不安定因素，那就是閔明我。閔明我同意廣州會議決議畢竟有違初衷，所以他在1669年12月逃獄離開廣州，並經澳門返回歐洲，從此致力於駁斥廣州會議的決議，最重要的舉動便是出版《中華帝國曆史、政治、倫理和宗教論集》。但閔明我似乎沒能立刻促使教廷重新考慮整個問題，導致情勢急轉的關鍵人物是17世紀末的福建宗座代牧閻當（Charles Maigrot）。
閻當是巴黎外方傳教會成員，1664年10月27日設立的巴黎外方傳教會（Société des Missions Etrangères）是一個直屬傳信部管轄的新興傳教團體，成立它的意圖就是為了幫助羅馬教廷傳信部實現對海外傳教區的直接控製，而弱化各宗教修會及世俗政權在傳教區的勢力。因此，外方傳教會從根本上講同傳教區的各個修會都存在難以彌合的利益衝突。閻當1687年開始擔任福建宗座代牧，由於宗座代牧在理論上被規定為一個傳教區的最高宗教領導，所以閻當在1693年3月26日頒發一項徹底否定耶穌會士之禮儀和術語政策的指令，並要求他轄區內所有傳教士共同遵守。閻當還特意指明，當年衛匡國遞交給教廷要求裁決的問題並沒有被如實描述，所以1656年部諭是在錯誤的材料基礎上做出的裁決，不能充當允許中國人崇拜孔子和祖先的依據。閻當還宣稱，他出台這些規定的目的是，結束其轄區內的傳教士因意見不合造成的長期分裂，在崇敬天主和杜絕偶像崇拜問題上達成共識，並且在羅馬對禮儀問題做出明確決斷之前提供暫時性指導。閻當一方麵嚴令其轄區內的傳教士在規定時間內實施他的準則，一方麵將訓令送往羅馬以爭取最高法律支持。但是這份訓令並沒有像閻當預期的那樣使福建所有傳教士和天主徒步入正軌和正統，反而在執行中遭遇巨大困難，耶穌會士不予聽從，教徒則為此做出各種抵製。至於福建以外的傳教區，主教和宗座代牧們對是否在自己轄區內接受閻當的指示意見分歧，耶穌會士自然更加抵製。
但是，閻當的訓令傳到歐洲後卻使禮儀之爭戰火重燃。閻當在1693年底便派同會的肖莫（Nicolas Charmot）去羅馬遞交訓令文本和他的一份報告，報告旨在詳細解釋1693年訓令的內容和依據。閻當根據自己的調查和了解明確表示：（1）中國人的“天”是指物質性的天空而無論如何不是天主教的神；（2）中國人絕不是耶穌會士所堅稱的那樣崇拜唯一真神，中國儒士幾乎都是無神論者，孔子則是“無神論之王與無神論博士”，中國皇帝則是當代的首席無神論者；（3）祭祖與祀孔禮儀確確實實是迷信行為，衛匡國當初有意用錯誤的描述來欺騙教皇和聖職部。但是聖職部的神學委員會得到閻當的材料後並未立即展開研究，直到1697年才在教皇英諾森十二（Innocent XII）的指示下開始調查，並且拖延到1704年11月20日才公布決議。在這期間，肖莫同時將材料交付巴黎主教，巴黎主教則按慣例將此交由索邦神學院（Sorbonne）審查。索邦神學院是耶穌會士的勁敵詹森派教徒（Jansenists）的據點，他們很樂意有機會譴責耶穌會士，他們選擇了耶穌會士李明（Louis Daniel Le Comte）的《中國現勢新誌》和郭弼恩（Le Gobien）的《中國皇帝敕令史》為討論目標，從中歸納出5條要審查的命題，涉及關於上帝的知識、天主徒被拯救的程度、神性的宣揚、“選民”的觀念。1700年10月18日公布的審查結果是，將李明的書列為禁書並正式反對耶穌會士在中國的立場。