藥王菩薩
藥王菩薩居雪山，以藥求治眾生，名善現，頭戴天冠，手持一個藥葫蘆，結跏趺坐。
觀世音菩薩
觀世音是最著名最受百姓歡迎的佛教菩薩。《法華經》說：“苦惱眾生，一心稱名，菩薩即時觀其音聲，皆得解脫，以是名觀世音。”觀世音菩薩不但大慈大悲、救苦救難，也是接引人們去西方極樂世界的向導。
水陸庵的觀世音塑像為男相，留著胡須，這在明代是十分少見的。據傳觀世音是古印度神話傳說中的一位王子，他的父王得道成佛後即為阿彌陀佛，另一位王子即是大勢至菩薩。阿彌陀佛、觀世音菩薩、大勢至菩薩，合稱西方三聖。
因為觀世音擔負著特殊使命，又要因時、因地、因事點化眾生，常常以不同麵貌出現，就有了六觀音、三十三觀音，甚至一百零八觀音之說，如果沒有千手千眼也應付不了人間的深重苦難。
水陸庵的觀音像雖為男相，看起來卻如盛唐美女，豐肌玉骨、眉目清秀、比例勻稱。觀音坐於龍台之上，暗指東海普陀道場，淨瓶內插著柳枝，台前立著的即是善財童子。
泥塑“千手”觀音
善財童子赤腳立於蓮座，腳踝上綁著鈴鐺，手捧蓮苞，很是可愛，頭頂上那一綹劉海，很像是關中娃。其實善財童子年歲已高，他經過了五十三次學習和考驗，才成為觀世音菩薩的脅侍。
文殊菩薩
文殊菩薩本是他方世界之佛，常來到婆娑世界助釋迦牟尼佛宣傳佛法。造像中常立於釋尊之左，獅子為座，代表智慧；此像有須髯，頜下還有卷曲胡須，靜中含智。
普賢菩薩
普賢菩薩在造像中常立於釋尊之後，以白象為座，代表“賢德”。
如意輪王菩薩
如意輪王菩薩是六觀音之一，全稱如意輪觀世音菩薩。此菩薩持如意寶珠及法輪，廣濟一切眾生之苦，成就眾生之願望。如意、寶珠，指世間之珍寶及出世間實相之寶，此二寶能令眾生生出福德；法輪，即轉法輪之意，能令眾生生出智德。此菩薩安置於密教現圖胎藏界曼荼羅觀音院中，密號為持寶金剛，三昧耶形為如意寶珠，其形象有二臂、四臂、六臂、八臂、十臂、十二臂等不同，以六臂為多。
如意寶珠又稱摩尼寶珠、如意摩尼，指能如自己意願而變化出種種珍寶之寶珠，此寶珠尚有除病、去苦等功德。《雜寶藏經》認為如意寶珠出自摩竭魚之腦中；《大智度論》則說如意寶珠或由龍王之腦中而出，或為帝釋天所持之金剛，破碎後掉落而得，或謂佛之舍利變化而成，以利益眾生。
水陸庵的如意輪王菩薩為十六臂，其中一手持珠、一手持輪，其它未持物之手均現一眼；男相，有須；跏趺坐於蓮花之上。蓮花有莖，立於波濤之中，背景壁畫中畫有竹林，暗指普陀山之紫竹院。
阿彌陀佛
在文殊塑像南側，以通道相隔的是一個以孔雀為座的佛造像。以孔雀為座很容易聯想到是孔雀明王，孔雀明王呈一麵四臂之相，手持蓮花、俱緣果、吉祥果、孔雀尾，但這是佛與孔雀明王不符。有人指為文殊菩薩，因為他原本是歡喜藏摩尼寶精佛，以孔雀為座，也有道理，我以為此即是阿彌陀佛。阿彌陀佛為密教蓮華部主，所乘亦為孔雀；孔雀瑞鳥，色彩絢麗，用以表示轉法輪之意。
佛光的安排利用了孔雀開屏，十分巧妙。
佛陀涅槃
佛陀宣布的三個月後將在拘屍那揭羅城外婆羅雙樹林涅槃的決定使弟子們極為震驚，但他們明白，這是不可變更的，也是無法挽回的決定。
佛陀的上首弟子舍利弗按照規矩，回到家鄉先行涅槃，以追隨佛陀。
阿難問佛陀：“世尊涅槃之後，弟子當以誰為師？”佛陀回答：“以律法為師。”並且告訴阿難“要把每次說法的地點、參加的人和人數寫清楚，還要注明‘如是我聞’字樣。”
涅槃前，佛陀得到了他的關門弟子——已一百二十歲的婆羅門須跋陀羅。
佛陀拒絕了所有的供養，但是接受了一位貧苦農夫純陀的供養。圖中弟子把手伸向佛陀，表現的正是此意。
佛陀對弟子說：一萬年以後，佛法將永遠消失。
畢缽羅窟結集
佛滅度後，在大迦葉主持下召開了一次民主大會羯磨大會，會上推舉了五百名均已證得阿羅漢的弟子整理記錄佛陀的說法，彙集成經典。這是佛教曆史上極為重要的大事，整理工作在耆都崛山的畢缽羅窟進行，在封閉狀態下整理了七個月。
圍繞這一主題展開的長卷裏，這些大羅漢或用筆書寫，或展卷吟誦，或相互推敲，或沉思默想，表現了極為認真、一絲不苟的態度，通過大羅漢這種孜孜不倦的工作態度，從而表現了佛陀勇猛精進、追求真理的精神。
畢缽羅窟，五百名大羅漢神情肅穆，他們肩負著神聖的使命。
戒律部分由優波離誦出，經所有參加人討論、補充、研究後認定，然後一條條寫出。
佛法部分由阿難陀誦出，經所有參加人討論、補充、研究後認定，然後寫出。
代佛說法部分由大迦葉誦出，經所有參加人討論、補充、研究後認定，然後寫出。
所有佛經必須寫明聽者、說者、提問者、時間、地點、集會人數，六者缺一不可。
畢缽羅窟的洞門被封住了。
趕赴婆羅雙樹的渡海羅漢
佛陀在遮布羅那宣布三個月後，在婆羅雙樹林涅槃。消息傳出後，佛陀在各國各地弘法傳教的弟子們紛紛向佛陀的涅槃地集中。因為水陸庵的彩塑群整個以須彌山及須彌山四周的四海為背景，因而形成了佛陀弟子渡海奇觀，這樣反而更為生動，更為多姿多采。
圍繞這一主題的長卷處於人們的最佳視線，因而藝術家用心更多，也更加吸引眼球。這些人各展神通，以非常平靜的心態對待佛的涅槃，是一些覺悟水平很高的弟子，從而表現了佛陀“寂滅為樂”的人生哲學。
水陸庵彩塑在南北兩牆最顯眼的位置安排了兩個相同的主題，一個是趕赴婆羅雙樹的渡海羅漢，一個是羅漢整理佛經的畢缽羅窟結集，從而形成了兩個環帶。渡海羅漢最為搶眼，堪稱經典；上圖為南牆、下圖為北牆的渡海羅漢。
東牆是大門，但在南北兩側都安排了造像。南側這尊釋尊像上方的雲頭正中塑著阿彌陀佛；左側是觀世音菩薩，下方的雲頭上立者善財童子，右側是大勢至菩薩，阿彌陀佛的兩側是兩位侍者。
水陸庵塑的這麼多釋尊像方位各不相同，表現了佛無處不在，無時不在；觀者自當警惕所作所為，一心向善，也有處處見佛的吉祥意思。
最引人注目的是北側主尊佛，釋迦牟尼。這尊佛像極為完美，頗有唐風遺韻。在這尊像的上方，並列有三尊像，坐於雲朵之上，中間是釋尊像，雲朵似略高，他的左側是老子像，右側是孔子像。
釋、道、儒的三位領袖共處一室，在造像上並不多見，這也就是人們津津樂道的“三教合一”。