政教合一曾經是前資本主義的重要特征。有兩類形式上相反的情況：一類是強迫教化依附政治，另一類是奉教化為至尊，賦於教化以世俗統治權政教通常指政權與教權。但宗教既是人文教化的異化形態，而教權本身又含有精神教化管理意思，故本文“政教”之“教”兼有上述二義。。但二者總體效果卻基本一致：一方麵，人文知識分子受權力腐蝕而同化為特定社會集團利益的代表，或被迫依附而降為權勢的手段工具，但都不再代表一個超越的意義世界；而限定於國家任務內的技術手段性論證或曲意迎合的道義身份證明，又使得探究終極價值和本體理論的人文研究不再必要。這二者都從根本上消彌了人類的思想自由。另一方麵，權力的教化壟斷使權力成為自我闡釋的不證自明之物，其根源與大前提不再(也不容)受到質疑，從而在根本上排除了任何實質性的批評與民主。不管是哪一種情況，政教合一事實上隻是政權對人文教化的吞並。
湯因比曾把政教合一視作導致文明衰敗解體的重要因素，並為這一說法提供了大量史實例證參閱《曆史研究》(節本)第5部第19章。。本文須要補充指出的是，權力與教化的高度集中同一勢必導致最酷烈的專製統治：它將不僅有權掌管政治經濟，而且有權掌管人心——而後者最細微的精神活動都可能被提升到國家利益名義下受到審判。中世紀有權燒死異端的宗教裁判所，明清時代可以殺人或迫人自殺的理學，都是如此。值得注意的是，政教合一曾經是導致資本主義生產方式高度發達的德國和日本走向法西斯專製的重要因素德日法西斯都與各自政教合一及其國家至上主義有關。日本天皇製為人所周知。德國則直接根源於普魯士軍事、黑格爾總體理性主義及其政教合一思想(參見《法哲學原理》等)傳統。19世紀柏林大學教授們竟渴望成立“霍亨索倫王室的智囊團”，這在民主傳統的英法知識界是完全難以想象的。。還應當記住的是，中國“文化大革命”破壞民主踐踏人權也同樣是以極端的政教合一為基本特征的：以權力為後盾的宗教化運動不僅是以強力，而且同時是從精神上占有了對象。
因而，無論對於權力或對於教化，政教分離都是必要有益的。政教分離無論在資產階級思想啟蒙或社會革命中都占有重要地位，馬克思高度評價了巴黎公社政教分離的政策。曆史的發展表明，政教分離，尊重精神信仰的非強製性與非行政性，這正是現代文明社會的本質特征之一。
擺脫了外在強迫、引誘和扶植的人文教化才成為大公無私、無所顧忌的人類自我意識化身，由此才會培育出真正的思想自由。對於國家政權來說，隻有來自自由思想的批評監督才是獨立和真實有效的。由此造就的人文知識分子的獨立人格和獨立地位，是防止政權腐敗、形成民主政治客觀格局最重要的條件之一。這種政教分離——自由思想——知識分子獨立——民主政治的深刻關聯，已成為一個國家或民族跨入現代門檻時日益自覺正視的規律二次大戰後日本接受民主手術的第一刀就是宣布政教分離。。