有媒體稱，微軟采取了一些對傑克遜法官判決陽奉陰違的做法：不帶其瀏覽器的Windows 95則真如微軟所言，經常死機和出錯，結果消費者對之怨聲載道。這有些“挾天子以令諸侯”的味道了，微軟以此將了傑克遜法官一軍。
1998年1月14日，微軟消費類電子技術副總裁戴維·科爾到法庭作證。傑克遜被科爾的證詞激怒了，他說：“對你們來說，我下達了一個讓你們出售不良產品的命令，是嗎？你們就是想告訴我這個，對不對？”
“說白了，是這樣的。”科爾回答，“我們執行了那個命令，但是對執行的結果我們不負責任。”
傑克遜法官怒不可遏，司法部也認為科爾的證詞“證明了微軟的狂傲”。
但是，1998年5月12日，在微軟Windows 98發售前，哥倫比亞特區巡回上訴法院作出部分裁定：由於司法部提不出任何證據證明Windows 98不是集成產品，該操作係統可以免受1995年調解協議的影響。
6月23日，該法院又對此案作出終審裁決：哥倫比亞特區聯邦地區法院對微軟的禁令不僅在程序上是錯誤的，而且禁令本身也是錯誤的，法院不是軟件設計師，不應卷入高技術產品的設計。
這樣，微軟贏得了第一輪的勝利，但也徹底激怒了美國司法部。
蓋茨糟糕的作證錄像
“讓珍妮特·雷諾見鬼去吧！”鮑爾默在一次小型會議上怒吼。口無遮攔的鮑爾默應該知道“與人善言，暖於布帛；傷人之言，深於矛戟”。
雷諾就是前文提到的美國司法部長，5月12日，輸了官司的聯邦司法部迅速做出回應，轉而以違反聯邦反壟斷法的罪名重新起訴微軟，這一次火力更強大。
5月18日，美國聯邦司法部與20個州（南卡羅萊納州後來退出）聯合向哥倫比亞特區聯邦地區法院提起訴訟，要求微軟停止在Windows 98中強行搭配其瀏覽器的做法，允許電腦製造商在其產品中安裝其他瀏覽器，允許與微軟合作的互聯網接入和在線服務商銷售其他公司的競爭產品。
在美國司法部發出雷霆之擊前，司法部反壟斷高管喬·科蘭曾同蓋茨在微軟律師辦公室裏會麵，雙方一度談得很融洽，有希望達成和解協議。但5月15日，微軟的律師來到了科蘭的辦公室，令科蘭驚詫的是，對方幾乎推倒了雙方前兩天達成的所有共識。
從微軟的角度看，衝鋒號已經吹響，集成新版瀏覽器的Windows 98箭在弦上，因為Windows 98發布日期定在5月18日。
美國司法部與微軟的交鋒不可避免了，微軟開始對外銷售Windows 98時，科蘭下令對微軟取證，並開始向法庭提交微軟試圖以該類產品壟斷互聯網市場的有關材料。微軟股票應聲而跌。
科蘭說：“不能寬容的，也是反壟斷法禁止的是微軟用來摧毀對手和避免競爭的大量違法的、反競爭的行為。”
這年8月，法庭開始提取證言，對一些證人的證言進行錄像。蓋茨作為被告方的證人，在錄像機麵前宣誓。人們後來從錄像中看到，接受質詢的蓋茨坐在真皮座椅上晃來晃去，十分急躁，且不時流露出輕蔑表情。他對原告方所提問題要麼拒絕回答，要麼閃爍其詞進行逃避。關於他發給下屬的那些遏製競爭對手的電子郵件問題，他一概否認自己知情或是知曉其內容。
蓋茨當時與控方律師大衛·博伊斯有過這樣一段對話。當時，蓋茨被博伊斯問到他是否在一封電子郵件的上方寫了“高優先級”。蓋茨回答：“沒有。”
“沒有？”
“沒有，我沒有這樣寫。”
“那麼是誰寫的？”
“一台電腦。”
“一台電腦？為什麼電腦會打上‘高優先級’？”
“這是電子郵件的一個屬性。”
“那麼誰設置了電子郵件的這個屬性？”
“通常是發件人設置這個屬性。”
“這裏誰是發件人？蓋茨先生。”
“在這個情形裏，顯然我是發件人。”
“好吧。因此，你是設置這個高優先級指示的人，對不對，先生？”
“顯然是我做的。”
後來當這些錄像在法庭上播放後，引來了各方對微軟可信度的質疑聲。太陽微係統公司的首席科學家比爾·喬伊說：“蓋茨將永遠背上說謊者的惡名。在看過他錄像證詞之後誰還會相信他是個正直的人？”
傑克遜法官在觀看錄像時不停地譏笑、搖頭，他看完錄像後稱，這是一個沒有信用可言的對手。
《時代》周刊評價蓋茨在錄像中的表現：“他在每個問題後都伴隨著冗長的沉默，不承認他所寫過的電子郵件，並且聲稱不理解諸如‘市場份額’、‘關切’或‘詢問’這樣的詞語。”
控方主要律師大衛·博伊斯可謂經驗老到，他先前曾為IBM服務，並代表它同美國政府打了一場長達13年的反壟斷訴訟戰。最後，以政府放棄壟斷指控告終。正是因為博伊斯突出的表現，司法部才高薪雇用他來對付蓋茨。
庭審頻曝微軟內幕
“蓋茨請了非常好的律師，但是我懷疑他根本沒有聽取律師的建議。微軟的律師簡直就被當作花匠一樣。”網景公司的克裏斯汀·法雷說。
1998年10月18日，法庭開始審理針對微軟的這起世紀大訴訟。
作為苦主，網景首席執行官吉姆·巴克斯德爾第一天出庭作證，他在證詞中詳細描述了微軟在與網景對壘時的種種不良行為。
控方律師博伊斯還展示了微軟準備打擊另一位競爭對手太陽微係統公司的證據，來驗證微軟的壟斷企圖。在1997年2月20日的一個備忘錄中，蓋茨透露了他向英特爾提出的一項提議，他說如果英特爾拒絕幫助太陽公司提升Java技術的話，作為回報，微軟會不理英特爾競爭對手AMD的求助。