隨著科學的發達，社會文化的日漸進步，過去人們覺得不可思議隻能借助於宗教回答的問題，現在卻能夠從科學的角度加以解釋，宗教就完全喪失了其“知識作用”和“意誌作用”，隻剩下與其密切關聯的情感作用了。蔡元培指出，宗教能夠對人產生的情感作用，主要就是優美的自然環境和宗教藝術所產生的效果，並不是宗教本身具有這種作用。他分析認為：“凡宗教之建築，多擇山水最勝之處。吾國人所謂天下名山僧占多，即其例也。其間恒有古木名花，傳播於詩人之筆，是皆利用自然之美以感人者。其建築也，恒有峻秀之塔，崇閎幽邃之殿堂，飾以精致之造像，瑰麗之壁畫，構成黯淡之光線，佐以微妙之音樂。讚美者必有著名之歌詞，演說者必有雄辯之素養，凡此種種，皆為美術作用，故能引人入勝。”可見，宗教與優美的自然環境和美術密切聯係在一起，才對人產生情感作用。從美術的進化史，蔡元培也看到美術脫離宗教的趨勢。尤其是文藝複興以後，各種美術“漸離宗教而尚人文”。到了今天，“宏麗之建築，多為學校、劇院、博物院。而新設之教堂，有美學之價值者，幾無可指數。其他美術，亦多取資於自然現象及社會狀態”。這樣，就有了美育與宗教分合之兩派。一派主張合美育於宗教，一派主張美育與宗教分離。蔡元培認為，“以此兩派相較，美育之附麗於宗教者，常受宗教之累，失其陶養之作用，而轉以激刺感情”。為了克服宗教“激刺感情之弊”，真正實現陶養感情之目的，蔡元培支持主張美育與宗教分離一派的意見，主張“舍宗教而易以純粹之美育”。即用美育代替宗教。他指出：“純粹之美育，所以陶養吾人之感情，使有高尚純潔之習慣，而使人我之見，利己損人之思念以漸消沮者也。”就是因為美具有普遍性和超脫性，“決無人我差別之見能參入其中，亦不能有利害之關係”。
因此，美育既克服了宗教的弊端，又能夠達到陶養感情之目的，用美育代宗教，是再恰當不過的了。在以後的論述中，蔡元培仍然強調應該用美育代替宗教，而不應該保留宗教以當美育。1930年12月，他為《現代學生》雜誌寫的一篇專文《以美育代宗教》，進一步闡述了他的以美育代宗教的主張。他認為：“美育是自由的，而宗教是強製的；美育是進步的，而宗教是保守的；美育是普及的，而宗教是有界的”。盡管宗教中有被認為尚有價值的不朽的美的元素，但如果將美育看作是宗教的一部分，“則往往會引起審美者的聯想，使彼受其智育、德育諸部分的影響，而不能為純粹的美感。”因此，蔡元培一再強調，“不能以宗教充美育，而隻能以美育代宗教”。所有這一切，我們都不難看出，蔡元培的“以美育代宗教”的主張，是建立在認真分析和研究的基礎之上的，而且是堅持一貫的。它適應了當時國內興起的反對封建專製，反對宗教迷信，要求民主和科學的新文化運動的要求，是有其深刻的現實意義的。但也應該看到，由於蔡元培本人的階級局限，他沒有也不可能從根本上認識宗教的本質，隻是主張用一種意識形態來代替另一種意識形態，而沒有涉及它的政治、經濟基礎。因此，他的主張在半殖民地半封建的舊中國，隻能成為一句空洞的口號。然而，我們還是應該肯定，正是蔡元培極力倡導“以美育代宗教”，才使美育得到當時社會的重視，從而促進了中國現代美育思想的發展，也為我們當代的美育理論和實踐提供了有益的借鑒。