第三，上下級法院關係仍有待規範。按照我國憲法和有關法律的規定，法院上下級之間的關係是監督關係，而不是領導關係，各級法院依法獨立行使審判權。疑難案件請示及報請內審，是中國法院的傳統做法。案件請示方式具有內部性、多樣性和不規範的特征，它以行政性的彙報答複代替案件審理和裁決，以下級法院審理期間對上級法院的內部溝通消解審級監督（包括兩審製和死刑複核程序），其違法性和弊端顯而易見。最高人民法院早已意識到此問題並試圖加以解決。2012年12月，最高法院頒布了《關於規範上下級人民法院審判業務關係的若幹意見》，該文件試圖以疑難和新類型案件的送審和提審製度代替上下級的內部請示製度，用以維護審級獨立和救濟審製度。但該文件沒有明文禁止下級請示上級的做法，導致案件內部請示狀況沒有明顯改變。究其原因主要是配套製度改革沒有跟上，如審判管理中的績效考核製度等。特別是在司法體製包括人、財、物管理體製沒有根本變化的情況下，地方性幹擾在當地還常常難以抵製。因而為了避免案件處理受同級外部幹涉的不良效果，在法律適用、政策把握方麵，對個別案件事先內部請示上級的做法可說是無可奈何的違法，但我們還是認為內部請示畢竟違背司法規律和法定程序，絕非長久之計，應當在推進全麵司法改革中盡快加以
廢除。
建立績效考評製度對保證案件的質量與數量的統一，是有必要的，但必須科學合理，以免發生副作用，有礙司法公正。目前法院和檢察機關的績效考評製度普遍推行指標考核，即所謂數目字上管理考評單位和個人的工作績效，主要依靠各種數據。這種管理方式簡單清晰，可比性強，對下級單位和個人的激勵與約束效能也較為明顯。但問題在於簡單的數字化管理，不符合案件的複雜性和多樣性，以及司法受社會時空條件影響的現實情況，容易扭曲訴訟行為，以致產生好事變壞事效應，即辦案不以司法公正為標準而以符合考核指標體係為導向，采取種種不當舉措，功利化地追求指標排名。檢察機關為避免無罪判決，將心中無數的案件事先與法院溝通後再決定是否起訴；或將已起訴法院擬判無罪的案件撤回改為不起訴，如此等等；導致程序不公正乃至實體不公正的現象時有發生。這一問題的實質是違背司法規律，違背實事求是精神。為保證實現司法公正，對績效考評製度應當作兩方麵的改革。一是考慮司法的複雜性和多樣化，降低數字化指標在績效考評中的作用。注意黨委、人大、政府、紀檢部門以及社會各界的綜合性評價，注意發揮能夠考量多種因素尤其是質量影響因素的定性分析與綜合評價在考評中的作用。數字化指標體係的檢測，首先用於司法態勢、發展趨勢與問題的把握，而不應當機械用於單位與個人的工作業績評價。二是調整、完善目前的數字化指標體係，使其更加符合司法的現實和規律。應當注意不同的訴訟階段，不同的訴訟主體在案件認識上的正常區別。如上級法院與下級法院不同的裁判觀點可能導致不同的判決結果，常常不一定反映誰對誰錯；檢察機關起訴審查具有相對封閉、單方麵審查和中間程序的特征，因此，起訴指控不同於法院判決，甚至案件中出現無罪判決也是正常現象，不能簡單化地對起訴作負麵評價，除非貪贓枉法或者明顯不負責任。總之，檢察官或法官是人而不是神，長期辦案出現個別案件的瑕疵甚至於錯誤，是難以避免的；業績考評製度是必要的，但必須符合司法規律。
塑造高素質、有權威的司法官
要讓司法在法治社會中擔當其使命，首先需要按照司法建設的規律塑造司法主體。各國司法體製現代化，首先要解決的問題就是有法律帝國諸侯之稱的法官之塑造及其地位問題。由於裁決各種案件，是一個需要高智力、高技能和高道德水準的作業，因此法官既應廉潔清明，富有能力和經驗，又需要位高權重、德高望重。我國香港地區的法官，幾十年沒有一人犯刑事罪；即使對重大敏感社會分歧很大的案件作出裁判，無論當事人和社會是否讚同，但很少質疑法官本身的公正廉潔，也幾無挑戰裁判的權威。香港是普通法地區，司法的作用尤其突出，而通過司法所建立的法治，成為香港繁榮穩定的基本保證。其司法建設的基本經驗之一，就是遵循司法建設的規律，塑造高素質，有權威的法官。在我國內地，法官與檢察官同屬於司法官，地位應該同等視之。
應當看到，對司法權的運行加強監督製約固然非常有必要，但並不能從根本上解決司法的廉潔與公正問題。可以說，相比其他國家，我國目前對司法的監督的形式和手段並不少，但司法的廉潔、公正仍然是問題不少，缺乏公信力。因為司法的基礎是司法官的素質。司法的前沿是司法官的辦案活動，如果沒有高素質司法官，隻是依靠加強監督，不僅難能達到提高案件質量效果，相反會導致司法行政化，削弱了一線司法官實現案件公正有效辦理的積極性與責任感。
目前的司法官隊伍建設麵臨的困境，主要還不是局部貧困地區的人員匱乏，而是指帶有普遍性、整體性的問題，即在司法機關難以引進和留住法律英才；法院辦案一線還呈現一定的逃逸現象即由於一方麵工作繁、責任重、壓力大，另一方麵卻地位低、待遇薄、升遷難，一些骨幹法官要求調離法院，辦案一線的司法官素質總體而言達不到要求，這直接影響司法的質量，導致司法公信力的下降。強調司法官隊伍建設，應當首先確立並努力實現司法職業化的目標。法律規範體係的日益複雜，各種社會關係的日益紛繁，要求司法官具有高素質和高技能，司法職業化是實現這一要求的必由之路。當然，司法官的職業應當與司法官的大眾化（如陪審製等）相結合。但現代法治國家的司法，應以司法官職業化為前提。沒有司法官職業化建設，就沒有現代化、法治化的司法改革。
上一輪司法改革，政法經費保障有了較大的進步，在此基礎上，可以考慮此次改革，重點解決司法官的待遇和各種保障條件問題。首先，我們認為，司法官員是特殊公務員，其待遇應當高於一般公務員。在條件具備時，應當按照各國慣例，實行司法官工資待遇單列。目前可采取提高法官、檢察官津貼的方式作為過渡辦法。其次，法官、檢察官的行政級別應適當提高。目前體製下，行政級別是地位、待遇的主要依據，過低的行政級別，適應不了塑造高素質、有權威的司法官員的要求。再其次，應當實行那些各國普遍適用的司法保障製度。如法官、檢察官無法定事由不得調職和免職；保障司法官薪俸待遇，且不得因領導的好惡增減。獲得豐富司法經驗與司法官的德高望重，與資曆有關，因此應當適當延長司法工作年限，而且實行任期保障。我們建議司法官的退休年齡可按其級別延長3至5年。司法官非因喪失工作能力或違法犯罪等法定事由，都有權續任至退休。
在提高司法官處遇的同時，還要進行司法官製度的適當調整。目前法官、檢察官，資格授予把關不嚴，司法機關中部分行政人員也享受司法官待遇。這種情況下，無論國家財政還是幹部體製都難以承受普遍性調高待遇。因此，法官、檢察官應當實行分類管理，逐步減少員額，增加輔助人員。各級法院、檢察院目前部門林立，尤其是非辦案部門過多，應當進行內部機構調整撤裁，減少非辦案人員。此外，對司法官員包括司法領導幹部的遴選應當設置更為規範的條件，要嚴格按照《法官法》和《檢察官法》把好進入關，尤其要注意把握司法領導幹部的任用條件，由於法院院長、檢察長必須對案件質量負責，應當避免將完全不懂行的幹部任用為法院院長和檢察長。《法官法》第12條規定，初任法官必須通過國家統一的司法考試，而各級人民法院院長、副院長則應當從法官或其他具備法官條件的人員中擇優挑出人選，《檢察官法》第13條也有類似的規定。其中，其他具備法官條件的人員含義模糊，限製條件不明確，為將不懂法的幹部調到法院、檢察院任領導開了方便之門。在修改兩法時，建議對該規定進行適當修改。