在殘酷鎮壓東林黨的同時，閹黨又全翻“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案，修了《三朝要典》，定所謂“三案”是非。凡在“三案”發生時與邪黨官僚爭論是非的官員都慘遭迫害，如首先對張差瘋癲責疑的王之寀被投入監獄，瘐死獄中。而因“紅丸案”被充軍的李可灼得赦免，崔文升受重用，當上漕運總督。選侍西李也被封為康妃。
總之，天啟五年至七年魏忠賢集團對異己勢力的打擊十分殘酷。據統計，自天啟四年十月至七年八月明熹宗死，被魏忠賢集團“斃詔獄者十餘人，下獄謫戍者數十人，削奪者三百餘人”，革職貶黜者不可勝計。於是朝中幾乎“善類為一空”。
為了鉗製輿論，魏忠賢又以剿滅東林的名義，拆毀全國所有書院，禁止講學，用以壓製在野東林黨人和士大夫知識分子對時政的議論。
天啟五年至七年，閹黨成員為了自己的前程，紛紛討好手握大權的魏忠賢，因而形成了從上到下爭著向魏忠賢獻媚的風氣。先是顧秉謙和魏廣微掌握內閣大權，“朝廷有一舉動”，顧秉謙就“擬旨歸美忠賢，褒讚不已”；而魏廣微以劄通忠賢，簽其函曰“內閣家報”，因而被時人諷刺地稱為“外魏公”。存於北京大鍾寺的魏忠賢鍾接著黃立極、施鳳來、張瑞圖等在內閣掌權，亦對魏忠賢“依媚取容”。當時邪惡派官吏的奏疏提及魏忠賢都是稱為“廠臣”而不直呼其名，而黃、施、張票旨，也必用“朕與廠臣”字眼，避用忠賢之名。監生陸萬齡在疏中甚至說：“孔子作《春秋》，忠賢作《要典》，孔子誅少正卯，忠賢誅東林。”直把魏忠賢與孔子相提並論。更令人作嘔的是這夥人竟到處為魏忠賢建立生祠。這始於浙江巡撫潘汝楨為魏忠賢建生祠於杭州西湖。天啟六年六月疏聞朝廷，“詔賜名普德”。此後各處競相效法，先後建祠四十多所。這些生祠都極為豪華，浪費了大量民脂民膏。一祠之費，少者數萬，多者高達數十萬。開封為建生祠，拆毀的民房有兩千餘間。
對於建祠之舉，魏忠賢大力鼓勵，凡抵製者，即予殘酷打擊，有的雖不反對，隻是態度稍欠積極，也遭迫害。他之所以熱衷此事，是為了滿足自己精神上的需要，進一步樹立自己的威望，從而鞏固自己的權位。但事與願違，天啟七年秋季，他便一頭跌進了萬丈深淵，徹底垮台了。
天啟七年（1627）秋八月，熹宗病死，沒有兒子，其弟信王朱由檢入繼帝位，改元崇禎，即為思宗。熹宗死後，閹黨失去依靠，東林黨人紛紛上書彈劾。崇禎帝也明白閹黨不得人心，想重振一下朝政，支撐住搖搖欲墜的王朝大廈，於是，就下令把魏忠賢貶謫鳳陽，後又派人逮捕治罪。忠賢聞訊，畏罪自殺。忠賢的侄兒、侄孫及客氏和客氏的兄弟、兒子都被處死。崇禎二年（1629），崇禎皇帝又把依附魏忠賢的閹黨分別定罪：崔呈秀等六人被定為首逆同謀，即時處決（其時崔呈秀已先自縊，下令戮屍）；田爾耕、許顯純等十九人被定為交結近侍，秋後處決；還有一百八十多人被定為交結近侍，分別判處充軍、徒刑和革職閑住。同時，還為遭受迫害的東林黨官員恢複名譽。
但是，由於當時內憂外患，矛盾重重，崇禎皇帝本人生性猜疑，為了控製百官，加強統治，不久，他又重蹈前代皇帝的覆轍，信任宦官。在整個崇禎朝，東林黨和閹黨仍潛伏地對立著，並且時有紛爭。崇禎政權覆亡後，在南方的幾個偏安小朝廷中，這個鬥爭仍一直繼續著，直至朱明殘餘勢力徹底覆亡為止。
宦官專政是封建專製政權的必然產物，也將隨著封建政權的垮台而消滅。這種極端黑暗腐朽的專製政治的出現和存在，嚴重影響到當時的政局，危害人民的利益，阻礙社會的進步，這不能不說是發人深思的曆史教訓。