魏忠賢頓時被打得暈頭轉向，但他很快就擺脫了困境。因為深受朱由校喜歡的客氏和司禮監太監王體乾等千方百計地為他開脫，從而使昏庸的朱由校不辨好壞，下詔慰留他，對於楊漣則“嚴旨切責”。楊漣的這次上疏，是東林黨官吏對魏忠賢集團的一次決戰，朱由校在這關鍵時刻保護了魏忠賢集團，對當時的政局產生了惡劣的影響。
魏忠賢站穩腳跟後，為了複仇，向東林黨官吏進行了瘋狂的反撲和迫害，六月十七日痛杖屯田郎中萬燝，使其不久斃命；逮杖巡城禦史林汝翥，逼首輔葉向高於七月初解職歸鄉；十月中旬罷黜吏部尚書趙南星、左都禦史高攀龍，十月下旬將吏部侍郎陳於廷、左副都禦史楊漣、左僉都禦史左光鬥革職為民，十一月中旬斥逐繼葉向高為首輔的韓，十二月，再逐繼韓為首輔的朱國禎。
天啟四年下半年，魏忠賢還大力提拔任用閹黨官吏，以壯大自己的集團，十一月，擢徐大化、孫傑為京卿，令居喪在家的原給事中霍維華等起複原官，十二月，起徐兆魁為吏部左侍郎，以喬應甲為副都禦史，以王紹徽為僉都禦史。
魏忠賢的上述活動，使得天啟四年下半年朝局大變。東林黨官吏在朝廷中的優勢地位被魏忠賢集團徹底取代。
天啟五年至七年熹宗去世，魏忠賢在明熹宗的縱容下，大權在握，為所欲為，使政局出現嚴重的黑暗局麵，充分表現了以他為首的政治集團的腐朽性。
天啟五年之後，魏忠賢仍在進一步培植個人的勢力。他將舊有的閹黨官吏（如姚宗文、劉廷元、亓詩教、過庭訓）及新產生的奸佞之徒（如崔呈秀），一個個吸收進自己的政治集團中，編織出一個幾乎壟斷所有主要官位的大網，而自己則緊緊握住了總綱繩，從而進一步鞏固了自己的權勢。史書中敘述這時的形勢說：“當此之時，內外大權一歸忠賢。內豎自王體乾等外，又有李朝欽、王朝輔、孫進、王國泰、梁棟等三十餘人，為左右擁護。外廷文臣則崔呈秀、田吉、吳淳夫、李夔龍、倪文煥主謀議，號五虎；武臣則田爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊寰、崔應元主殺戮，號五彪。又吏部尚書周應秋、太仆少卿曹欽程等，號十狗。又有十孩兒、四十孫之號。而為呈秀輩門下者，又不可數計。自內閣、六部，至四方總督、巡撫，遍置死黨。”
天啟五年（1625）後權勢極大的魏忠賢，不容許有任何異己勢力並存於世，順我者昌，逆我者亡，受魏忠賢及其幫凶迫害最多最重的是正直的東林黨官吏。閹黨人員陰謀編造黑名單，有所謂《點將錄》、《天鑒錄》、《同誌錄》等，把不阿附於魏忠賢的官員開列入內，統稱之為東林黨人，獻給魏忠賢。並羅織罪名，對他們逐一施行殘酷的打擊迫害。
東林書院道南祠他們首先興大獄，逮捕東林黨著名領袖楊漣、左光鬥、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章等六人，誣以受賄，交給錦衣衛拷打追贓。錦衣衛都督田爾耕對這六人五天就進行一次拷打逼供，楊漣等五人被折磨死於獄中，顧大章自殺。天啟六年（1626），魏忠賢又捕殺東林黨首領高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升等七人。曆史上將在這兩次大獄中受難的東林黨人分別稱為“前六君子”、“後七君子”。當時，早已病死的李三才也不能幸免，閹黨宣布削除他的官籍，追奪封誥，可見其對東林黨人打擊迫害的瘋狂殘酷。閹黨肆意誣陷殘害異己，凡是和自己有過仇隙的，都給加上個東林黨的頭銜，重則砍頭，輕則充軍、罷官。於是，東林黨成了十惡不赦的罪名，許多想往上爬的人，也拚命附和攻擊，吠聲吠影，以取悅於魏忠賢。