明熹宗之順利登上皇帝寶座，與楊漣、左光鬥、周嘉謨等官員的支持關係極大。明熹宗這使他在一定的時期內，不能不對他們有好感，信任而依靠之。因此，天啟前期，東林黨官員的勢力，呈日益增長之勢。許多在萬曆時期被排斥出朝之官，應召陸續回到朝廷。其著名者有鄒元標、趙南星、高攀龍、王之寀、喬允升、葉向高等人。他們掌握了許多關鍵性職位，另一派官員被迫引退。這樣，天啟初年遂形成了“東林方盛”的局麵。
由於正直派官吏掌握了相當一部分朝政，這就使當時的政治向清明方向更進一步。如吏治有所整頓，銓政有所澄清等。但是，這種改進，是極為有限的。其所以如此，原因非止一端，而其中最重要的一點，乃是由於當時他們的精力主要用於無休止的門戶之爭中去了。
萬曆以來的門戶之爭，到明熹宗即位時，已經進行了幾十年。天啟前期，這種紛爭仍在繼續。這時雙方紛爭的焦點，是“三案”中的是非。由於東林黨在朝廷中占有優勢，因而使得他們在辯論中處於攻勢，一次次疏劾對方，要嚴厲追究其責任。
通觀當時的辯論，東林黨圍繞“三案”對邪惡派的彈劾，其基本內容是大體符合事實的，但也有若幹誇張之處，態度也有些過分激烈，顯然有些感情用事。這是雙方長期鬥爭造成情緒對立的必然結果，是可以理解的，但其客觀效果不好。一方麵牽製了其大部分精力，無法改良當時亟待改良的政治；另一方麵也加深了與對立麵的仇恨，使之與自己周旋到底，這對東林黨發展自己的勢力是十分不利的。當時，恰好又有腐朽的宦官魏忠賢集團正在興起，於是反東林黨官員便與其合為一體，共同對付東林黨，東林黨遂逐漸喪失了在朝廷中的優勢地位，使政局於天啟四年後進入極端黑暗的宦官專權時期。
魏忠賢魏忠賢，肅寧人，萬曆年間入宮，曾任朱由校之母王才人典膳。他之發跡，全是靠昏庸的天子朱由校的扶植。朱由校性好走馬遊玩，又好蓋房屋，且自操斧鋸鑿削，巧匠不能及，對於政事，則是稀裏糊塗。他特別喜歡他的乳母客氏，而魏忠賢入宮後與客氏有曖昧關係，於是魏忠賢連帶而及地得到了朱由校的寵愛。朱由校即位後不久，客氏受封為奉聖夫人，魏忠賢升任司禮秉筆太監。天啟元年（1621）九月，魏忠賢與客氏相勾結，害死與外朝東林黨官員有聯係的太監王安，進一步得到朱由校的信任。兩人以司禮監王體乾及李永貞等為羽翼，宮中人莫敢相忤。天啟三年（1623）十二月魏忠賢又受命“總督東廠”，勢力更張。
客、魏之受到重用，對封建秩序的穩定妨害極大，因此，東林人士不予支持，一有機會即加反對，絕不與他們拉攏關係。而與東林黨官員相反，喜愛投機的對立派官吏則盡量與之相結，以便尋找靠山，走升官發財的終南捷徑，並與東林黨相對抗。如“性邪”的給事中霍維華，就在魏忠賢謀害王安時，主動幫忙。“庸劣無恥”的顧秉謙和“陰狡”的魏廣微，靠諂附魏忠賢，於天啟三年春當上了大學士。兩派態度的差異，使魏忠賢一開始就與顧秉謙一夥結合在一起，關係日密一日，漸漸形成一個腐朽的政治集團。由於這個集團的首腦魏忠賢身係太監，所以這個集團中的官僚被稱為閹黨。
閹黨投奔魏忠賢的目的是鞏固和發展自己的政治地位。而要實現這一點，就必須與在朝廷中占優勢地位的東林人相搏鬥，魏忠賢從個人的利益出發，也需如此。這樣，魏忠賢集團從形成之日起，就不斷找機會向東林黨發動或大或小的進攻。天啟四年（1624）四月，他們甚至製造了汪文言之獄，誣蔑與東林黨有廣泛聯係的內閣中書汪文言，“肆為奸利”，將其下獄，企圖借以打擊正直派官吏。由於東林黨的反抗，這次進攻沒有成功，最後，汪文言隻受到“廷杖褫職”的處罰，其他人一概未被累及。
麵對魏忠賢集團的日益強大，東林黨官員深感必須發動一次強大的攻勢，才能解除威脅，於是，在天啟四年六月，楊漣上了有名的《二十四罪疏》，對魏忠賢進行彈劾。奏疏以大量的事實為依據，無情地揭露了魏忠賢擅權亂政、斥逐直臣、重用私黨、陷害忠良等二十四方麵的大罪。疏中最後要求嚴懲魏忠賢，以正國法。