光宗一死，又發生了移宮的案子。移宮的案子發生在光宗死後的次日，亦即萬曆四十八年（1620）九月初二。光宗死後李選侍本該即刻離開乾清宮乾清宮內景（皇帝住地）而移居噦鸞宮（宮妃養老地）。但是，李選侍不僅沒有離開，反而控製了乾清宮，挾持不通政理的皇長子朱由校自重，企圖實現當皇太後的野心。當朝臣入宮哭臨光宗請見皇長子時，朱由校被選侍阻於暖閣。內閣大學士劉一燝大呼：“誰敢匿新天子？”聲音驚動了乾清宮內一名老太監王安。王安入宮，扶持由校出宮接受群臣禮見，並決定本月（九月）六日即皇帝位。禮見畢，由校在朝臣簇擁下住進慈慶宮。九月二日，尚書周嘉謨（東林黨人）等聯名上疏，請李選侍移宮。朱由校表示同意，要李選侍即移往仁壽宮。李選侍還想拖延時日，禦史左光鬥上疏說：“內廷有乾清宮，猶外廷有皇極殿，惟天子禦天居之，惟皇後配天得共居之，其他妃嬪雖以次進，不得恒居。非但避嫌，亦以別尊卑也。選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮，而殿下乃退處慈慶（宮），不得守幾筵，行大禮，名分謂何？”到了九月初五，李選侍仍無移宮之意。第二天就是由校登基的日子，移宮非今天不可。移宮圖東林黨人楊漣與諸大臣會集在慈慶宮門外，要方從哲趕快催促。此時有太監為李選侍求情，楊漣斷然表示：“能殺我則已，否則，今日不移，死不去。”劉一燝、周嘉謨等大臣也在一旁支持楊漣，聲色俱厲，振振有詞的話語在宮中回蕩。李選侍經受不住外廷大臣的強大壓力，也經受不住宮內太監王安等人的恐嚇，終於倉猝移宮。她來不及等侍從，自己抱著女兒（八公主），徒步從乾清宮走向仁壽殿。
移宮後，與東林黨作對的官員又上書責備力促移宮的楊、左，說西李係光宗遺愛，光宗屍骨未寒，就對她限時驅逼，未免太過分了。於是，兩派官員又圍繞著移宮的是非展開了激烈的爭吵。後來，新登基的熹宗（即皇長子朱由校）傳出一道諭旨，痛數西李的幾條罪狀，包括威挾邀封，控製臣下上奏的文書，企圖垂簾聽政，淩虐、迫害熹宗生母致死等，下令叫西李搬出仁壽殿，到宮女養老的噦鸞宮去住。熹宗並且指責為西李說話的官員是“黨庇”，於是，爭吵才得以平息。
“三案”的連續發生，給各派勢力提供了可以利用的借口，各種黨爭的焦點，無不圍繞“三案”展開。而這時圍繞“三案”展開鬥爭的實質乃是不同派係的官僚集團為了在最高統治階層尋找自己的靠山，爭取最高統治者的倚重和寵幸，借以撈取政治資本，謀求自身的權力和地位的鬥爭。“三案”發生的當時，非東林黨力量相對減弱，東林黨在鬥爭中占了上風。於是東林黨人開始借機雷厲風行地整肅吏治，主張“清帝修省，而敕內外臣工，毋鬥爭誤國”，並“推通曉兵事者”專事遼東戰事，這樣使天啟初年一度出現了“天下欣欣望治”的局麵，但為時極短。天啟四年，以魏忠賢為首的閹黨形成，“政移忠賢，同事者更希意阿旨，向高動即掣肘；楊漣二十四罪上，忠賢恨刺骨……”於是，東林黨與閹黨之間勢同水火，不能相容。後來閹黨又將“三案”徹底翻過去，成了魏忠賢迫害東林黨人的口實。