另一個特務機構東廠，為了和西廠爭權奪寵，也和汪直發生矛盾。東廠太監尚銘久受汪直控製，心中本已不服。一次，尚銘捕賊受重賞，事先沒有告訴汪直。汪直大怒說：“尚銘屬我指揮的，竟敢背著我獨自擅功。”準備找機會誣陷他。尚銘得知後又怕又恨，便先下手為強，暗中偵察汪直的一些陰私不法行為，偷偷報告憲宗。因而，憲宗對汪直就更加不信任，終於在成化十八年（1482）罷撤西廠，把汪直調到南京禦馬監。西廠罷撤以後，一切偵緝事權又歸於東廠，於是，尚銘便得勢起來。他和汪直一樣，羅織誣陷，殘害無辜。京城中哪一家富有，他就給哪一家栽誣個罪名，借以索取重賄。他還利用特權賣官鬻爵，無所不為。後來尚銘失勢被抄家，其家財用車載了幾天都沒載完，可見他得勢時搜刮的財物是何等之多。
武宗正德（1506-1521）初年，宦官劉瑾把持朝政，為了鎮壓百官，實行專政，他又加強特務政治，不僅恢複了西廠，而且設立一個內行廠，由劉瑾直接指揮。內行廠淩駕於朝廷一切機構之上，連東廠、西廠都在它的監視之下，其鎮壓手段也特別殘酷。這樣，內行廠、東廠、西廠連同錦衣衛就編織成一張巨大的特務網。朝廷內外的官府衙門、文武大臣、街坊百姓，都在這龐大的特務群的偵伺監視之中。官員中誰反對劉瑾，立即會被羅織罪名，或是罷官，或是下獄，或是砍頭。官員被謫，後麵又有特務盯梢，隨時都有被害死的危險。
太監王嶽、範亨、徐智與外朝官員聯合反對劉瑾，劉瑾就唆使武宗把他們貶謫南京充軍。三人上路後，劉瑾又派特務追殺王嶽和範亨，打斷了徐智的胳臂。戶部尚書韓文反對劉瑾，劉瑾就派特務暗中偵察，找他的差錯。恰好在交納內庫的銀子裏發現有假的，劉瑾就假借聖旨，責備韓文不能防奸，把他罷官。韓文登程歸家，他又派特務在路上等候，企圖半路加害。韓文有所覺察，不敢上驛道、住驛館，騎騾宿野店而去，才幸免於難。兵部主事王守仁觸忤劉瑾，被打了五十大板謫為貴州龍場驛丞。劉瑾不放過他，又派特務在路上窺伺，想殺死他。王守仁隻好在夜裏假裝投江自殺，留下絕命詩，並浮鞋子、帽子於水上，從而擺脫特務的盯梢，保住了性命。當時的官員即使罷職閑居，也都提心吊膽。如左副都禦史楊一清被罷官家居，後來朝廷要起用他，派使者去宣調。使者剛到，他以為是特務找上門來，飽受了一場虛驚。
劉瑾憑借武宗的寵信，又利用東、西廠和內行廠這些特務機構打擊鎮壓反對派，其權力達到為所欲為的地步。正德三年（1508）六月，有一天眾臣早朝的時候在丹墀上發現一封匿名書，寫的是劉瑾的種種罪狀。劉瑾大怒，假借武宗的名義，罰朝官三百餘人跪於奉天門下，叫幾個太監在一旁監視。時值盛夏，烈日當空，有十幾個官員當場中暑昏倒。太陽下山後，他又把這幾百個官員全部逮入詔獄，直到第二天特務偵察出寫匿名書的是內朝的宦官，與外朝的大臣無關後，才把這些文武官員從監牢裏放出來。幾百個文武官員的生死予奪全握於劉瑾一手，真是“炙手可熱勢絕倫”。
東、西廠和內行廠的特務對老百姓也同樣采取殘酷迫害的手段，總是千方百計地尋找誣陷的機會。江西南康縣的幾戶百姓按當地的風俗習慣，在端午節競渡龍舟，被以“擅造龍舟”的罪名殺頭，家產沒收。其理由是：龍係君王的象征，隻有君王才能以龍飾物，老百姓造龍舟便是僭用。真是天大的冤枉！三廠的特務遍布全國各處，如水銀瀉地，無隙不入，被冤死的官民數以萬計。
在大肆搜捕無辜的同時，劉瑾又創立酷刑。他規定，犯人不論罪行輕重，都要先處杖刑，然後發配邊疆永遠充軍，甚至戴枷發遣，而枷重達一百五十斤，犯人戴上，用不了幾天就被折磨死了。當時老百姓畏懼三廠隸役就像回避瘟神一樣，隻要見到衣飾華麗，操著京師口音，騎著高頭大馬的人，就唯恐避之不及。衙門官吏，也必須暗中賄賂，極力討好，方得安寧。三廠鬧得天下官民寢不安席。正德五年（1510），劉瑾被殺，西廠和內行廠才被罷撤，而東廠保留如故。