艾森豪威爾在1953年就任總統伊始，做出了一個影響深遠的製度設置，即設立一個不需通過國會批準的“總統國家安全事務特別助理”(即通常所稱的“國家安全顧問”)職位，執掌NSC下屬的計劃委員會，側重履行跨部門政策計劃職能。總統將其作為政治性任命，為的是賦予其在與政府各機構官員打交道時擁有更大的權威。這個職位當時並不十分顯要，但經曆演變，後來成為美國對外政策決策體係中舉足輕重的職位。
1959年，民主黨參議員亨利•；傑克遜組建了一個國會專門委員會，發起對國家安全決策機製的大規模評估。傑克遜委員會從強化總統在NSC和整個國家安全決策體係中的權威的立場出發，對艾森豪威爾時期NSC的組織和程序提出很多批評。當選總統肯尼迪部分地吸收了傑克遜委員會的研究結論，對NSC展開新一輪的改革，其意圖在於使NSC變為一個組織疏鬆而可為總統加以靈活使用的機製。
前哈佛大學教授會主席、被肯尼迪任命為國家安全顧問的麥喬治•；邦迪，大大擴充了NSC辦公廳，並使辦公廳的職能由文牘和程序性事務轉向實際的決策事務，而且不再限於政策計劃，而是徹底介入日常決策。為此邦迪還對辦公廳內部職事加以細致劃分，像國務院一樣對辦公廳官員按不同地區(如中東、東南亞)和功能(如核戰略、經濟事務)分派職司。自邦迪以下，一些辦公廳官員參與到實際的政策程序當中，並享有一項國務院和國防部官員所沒有的特權，即與總統保持密切接觸。經過邦迪的一番經營操持，NSC辦公廳成為一個常規外交職能部門即國務院之外的新的外交政策權力中心，一時被稱為“小國務院”。而邦迪也成為曆史上首個在高層外交決策中占據顯要地位的“影子國務卿”。
邦迪之後的國家安全事務助理中多有性格強勢且與總統關係密切者，如約翰遜時期的羅斯托、尼克鬆時期的基辛格和卡特時期的布熱津斯基。這個職位呈勢力不斷增長的趨勢，最終在基辛格和布熱津斯基時期成為一個淩越和擠壓首席外交官即國務卿的職位。布熱津斯基曾評論說：“NSC與總統的關係，以及總統個人的工作風格，一向是決定NSC演化的決定性因素。”
David Rothkopf， Running the World： The Inside Story of the National Security Council and the Architects of American Power， New York： PublicAffairs， 2004
Karl Inderfurth and Loch Johnson(eds.)， Fateful Decisions： Inside the National Security State， New York： Oxford University Press， 2004