“這是我的委員會”
然而，經曆了杜魯門的五年和艾森豪威爾的八年總統任期，NSC成為了總統谘議和決策機製的一個部分，而不是總統權被納入NSC的程序之中。NSC本來內在地具有三方麵的潛在功能，即作為谘議體係和政策討論平台的功能、作為正式政策製定程序的功能，以及向總統提供對外政策班底的功能。為了防止NSC成為一個掌握實際決策過程的權力實體，並因此而削弱總統的對外政策權力，杜魯門和艾森豪威爾的執政風格雖大為不同，但都對第一項功能予以抑製，而對後一項功能則極力擴充。
在1947年9月NSC舉行的第一次正式會議上，杜魯門嚴厲告誡與會者：“這是我的委員會”，每一個成員都不得在其中充當“首席女高音”，迫使福萊斯特爾當場表示他承認NSC是屬於總統的谘議機構。福萊斯特爾本來想讓軍事部門在NSC內發揮主導作用，曾力主NSC的辦公地點放在五角大樓。而杜魯門和白宮辦公廳則成功地排除幹擾，最終將其置於白宮旁側的老國務院大樓內，與總統行政辦公室的其他部分連為一體。在NSC建立後的前三年，杜魯門抑製NSC的另一個辦法是盡量少召集NSC會議，而且盡量不出席這個機構的會議，以造成決策出自白宮而非NSC的例製。經過三年時間，到朝鮮戰爭爆發前，杜魯門已經將NSC變成自己掌握下一個方便順手的工具，此後杜魯門就開始更多地利用它，提升它在決策體係中的地位，同時他也更多地出席NSC會議。
在杜魯門奠定的基礎上，到艾森豪威爾時期，NSC看來已不對總統權構成掣肘。在這種情況下，艾森豪威爾通過提高NSC的程序化、製度化而強化其職能，而此時強化NSC就等於是在強化總統權。艾森豪威爾要求成員“帶著自己的背景和經驗，對國家安全問題給出最具政治家氣度的答案，而不是僅僅代表部門立場去尋求妥協。”在NSC內他也總是盡力使官僚機構服從於自己的意誌，采用的手段包括讓官僚機構(特別是國務院和國防部)在NSC機製內相互競爭，而自己居中實施“分而治之”和最終裁決。這一時期，NSC的職責偏重於長期政策的研討和規劃，而對外政策的日常運作還是牢牢掌握在總統手中。有研究者認為，艾森豪威爾是以“從白宮伸出的一隻幕後之手”在運作國家安全政策，國家安全委員會及其辦公廳是這隻手的兩個手指而已。實際上，後一隻手指變得越來越有力和重要。
國家安全事務助理與“小國務院”
在戰後美國總統們的決策程序理念中，一個不乏合理性的因素總是隱約可見：常規官僚部門的片麵觀點、狹隘利益及其循規蹈矩、缺乏創建的惰性，需要由最具綜合、全麵視野的總統權加以製約和克服。而這些總統們所要求於NSC的，正是讓這個機製與此相適應而不是相抵牾。二戰以後對外政策在美國政府事務中的重要性上升了，常規外交部門(國務院)的地位卻在下降，其中的道理與NSC地位的變化是一樣的。
NSC的構成要件有兩個，一是以總統為首的法定成員，除總統、國務卿、國防部長的資格維持不變外，其餘席位的歸屬和總人數曆經數度改變；另一個是NSC下屬的辦公廳，最初是服務於NSC的純粹的文秘後勤性質的機構，由全職工作人員和抽調自其它相關部門的兼職官員組成，由一名行政秘書掌管。在杜魯門的執意安排下，NSC法定成員的作用被抑製，NSC辦公廳則被納入總統行政辦公室，逐漸由NSC所屬機構變為附屬於白宮的機構，最終成為不折不扣的“國王的人馬”。