1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。北大校友和中央研究院同人為表示對他的景仰和懷念起見，規定每年一月十一日他的誕辰這一天舉辦一次紀念會。由於蔡元培一生盡瘁於發展我國的科學文化事業，因此紀念會以學術講演為主要內容。解放戰爭時期，北大進步師生在地下黨組織的領導下，於1947年建立了一個公開學習進步書刊的圖書室。為了紀念蔡元培，人們把它命名為孑民圖書室。它主要收集進步師生和人士捐贈的馬列主義理論書籍，有圖書五千多冊，中外雜誌四十多種，師生們稱它是“北大人的精神營養姑”。讀者十分踴躍，每天借出次數平均為一百零八次，日常流通書籍達到七八百本左右。這個圖書室的命名，是北大師生對蔡元培很有意義的紀念。
1948年，為了紀念蔡元培，北大師生在校內建立了一個“蔡孑民先生紀念堂”。
在新的曆史時期，北大師生同樣表達了對這位老校長一一代宗師的崇敬和懷念之情。1980年3月5日，北京大學師生隆重舉行了蔡元培逝世四十周年紀念大會。1982年，三千多八十年代的北大學生（七七、七八屆畢業生）自動捐款，為蔡元培建立青銅塑像，安放在未名湖畔的草坪上，並於10月15日舉行了塑像落成典禮。1986年4月10日，由許德珩、陸定一、屈武、葉聖陶等三十六人發起，在北京大學成立了察元培研究會。研究會的成立，有力地促進了蔡元培研究工作的開展。
請允許引錄四十多年前胡愈之對蔡元培一生事業所作的全麵而中肯的評價，作為本書的結束。
胡愈之在《我所見的蔡元培先生》一文中寫道：
蔡先生是紹興人，紹興在曆史上不單是產生著名的文學家、美術家而已，而且也產生了偉大的革命家、思想家、哲學家、教育家和理學家。蔡先生便氣在這中間承前啟後的一個。紹興在清代，受鄉賢劉蕺山先生的影響，氣節與理學的風氣，深入於知識分子中間，在學術方麵，述宋儒的緒餘，把“知”和“行”打成一片，因此到了清朝末年，民族革命思想，日見發楊。又因受了戊戌政變與甲午戰爭的震蕩，科學與民主思想，也逐漸萌芽。在這樣的時間、空間中，蔡先生一方麵接受了固有的文化遺產，一方麵又吸收了十九世紀的民主主義、自由主義的新思想，加以發楊光大，這樣才成了中國近代思想界的炬火。蔡先生在清季到辛亥革命前後最偉大的貢獻，就是打破所謂“中學為體，西學為用”耶種維新派的思想。蔡先生是介紹西洋近代哲學科學思想到中國以實行中國古代文化輸血治療的第一個。在哲學上，蔡先生首先提出了科學的人生觀與世界觀，為現代唯物主義的哲學思潮作前導。在文學上，蔡先生主張以美學代宗教，是“為人生而藝術”的最初倡導者。科學的人生觀與世界觀，以及“為人生而藝術”，這是五四時代所展開的啟蒙運幼，而其中最偉大的導師與保護者，卻是蔡先生。五四以後，中國民族革命民主革命的高潮到來，思想鬥爭轉變為行動上的鬥爭。蔡先生卻並不像一部分知識分子那樣，因為革命高潮的到來而退縮，而甚至於變節，蔡先生終身沒有離開過思想鬥爭的陣地，他為民主自由而鬥爭，為科學思想而鬥爭，是沒有一個時期懈怠過的。蔡先生擔任北大校長時代，反對開倒車，提倡學術自由、思想自由，以及以後組織民權保障同盟，為民主憲政而奮鬥，都證明蔡先生不是一個空想家，而是一個腳踏實地的思想革命家。孫中山先生的偉大，是因為綜合了近代的民族思想、民主思想、社會主義的思想，加以中國化，而創迨三民主義的政治準則。蔡先生的博大精深，主張寬容與兼包並蓄，正與中山先生相同，不過中山先生的成就在於政治方麵，而蔡先生則在於文化方麵。本來知識分子是最容易動搖的。我們回想一下，在過去數十年間，在思想界、文化界執著火炬而不斷前進的有幾個？數十年如一日，不為利棵而變節操的有幾個？始終忠誠於真理，不愧屋漏的有幾個？為民主自由而奮鬥到底，不避刀俎斧鉞的有幾個？始終成為青年導師，知行合一，而不欺騙青年的，又有幾個？因此我們對於蔡先生的遽歸道山，是更不勝其痛悼了。