像曆史上的一切傑出人物一祥，蔡元培的教育思想及其主張也不可避免地帶有曆史的局限性。但他在北大的革新，從基本的方麵說，是順應了時代發展的需要，並在一定程度上反映了發展教育的客觀要求，因而能夠取得較大的成就。特別是當時處在北方軍閥反動統治的惡濁氛圍中，他集合先進人物，百折不撓地推行新教育，造就了大批民主革命戰士，直接配合了當前的民主革命任務，具有鮮明的時代性。1924年1月，標誌著國共合作建立的國民黨第一次代表大會在廣州召開，孫中山提名蔡元培當選為候補中央監察委員，井向與會者解釋說：“蔡孑民先生在北方的任務很重大，北方的政治環境與南方不大相同，他對革命的貢獻是一般人所不易了解的。本黨此次改組，不提他參加中央亦不好，使他在中央的地位太顯著，對於他的工作反不方便。他不會計較這些的。我希望他由歐洲回國後，仍能到北京去工作”。無疑，中山先生對蔡是深知的，這是他對蔡主持北大工作重大意義的正確評價。至於他在北大的教育實踐中所體現出的他的大學教育思想，應該說在許多方麵是反映了發展教育的客觀要求。如他提出的兼容並包，學術自由；重視教員質量，強調選擇教員要以“積學與熱心教育”為主，同時又充分尊重和發揮教師的主導作用，貫徹民主辦學的原則；善於吸收外國先進科學，加強基礎知識和基本理論教育；吸收外國文化要重在創新，主張要融合中西文化並進行中西文化比較，反對盲目崇拜外國文化，反對單純摹仿；強調學生必須具備比較全麵、寬厚的基礎知識，主張溝通大學文、理兩科，學生要相互兼習，擴大知識麵；強調以公民道德教育為中堅，大力提倡美育；學校要以學生為主體，發揮他們的主動性和積極性；學生要以學業為主，並適當服務社會，擔負指導平民的責任；鼓勵學生自由研究，開展豐富多采的課外活動等一係列主張，則都是行之有效的，在今天也仍然值得我們借鑒。
蔡元培雖然在北大實際任職的時間並不很長，但對北大的影響是很深的。在舊中國的漫長歲月裏，盡管曆屆反動政府一再頒行各種禁令和進行所謂整頓學風，實行文化專製主義，但在北大仍然存在著民主與進步的傳統，學術自由的流風猶存，爭取革新的要求仍在繼續。這都是與蔡元培的倡導和培育分不開的。而北大師生對蔡元培也是一直懷念和景仰的。蔡元培的人格力量是很感人的。任鴻雋在回憶中稱他具有“處處為人無我的真精神”。“凡與蔡先生相識有素，有相當機會觀察先生舉動行為的人，都可以承認平生不曾看見先生有過疾言厲色的時候。他這樣謙讓和靄，溫良恭儉，純是發乎自然而不是要拿這些道德來引起人家好印象、好感想。……蔡先生的對人接物，似乎有兩個原則，一個是尊重他人的人格，決不願意以自己的語言和行動使人感到一點不快或不便。一個是承認他人的理性，以為天下事無不可以和平自由的方法互相了解或處理。”“但在公義一方麵，蔡先生卻是特立不屈、勇往直前、絲毫不退、莫不假借的鬥士。”馮友蘭也回憶說，在蔡先生身邊，感同光風霽月。他的人格能造成一種氣象。沐浴這種氣象之中，就不能不為他的人格所感化。蔡元培一生廉潔，自奉儉樸，生活清苦，直到晩年仍是全家租賃房屋居住，書籍也分散在北平、南京、上海、杭州等地，沒有一個歸攏庋藏的地方。北大同人蔣夢麟、丁燮林、王星拱、胡適、羅家倫、趙畸等人，曾發動蔡的朋友、學生贈款，集資建造一所房屋，作為他七秩壽辰的賀禮。這個倡議很快就得到數百人的響應。1935年9月7日，蔣夢麟等聯名寫給蔡元培的祝壽箋說：
我們都是平日最敬愛先生的人，知道明年一月十一日，是先生七十歲的壽辰，我們都想準備一點賀禮，略表我們敬愛的微意。我們覺得我們要送一件禮物給一位師友，必須選他所最缺少的東西。我們知道先生為國家，為學術，勞瘁了一生，至今還沒有一所房屋，所以不但全家租人家的房子住，就是書籍，也還分散在北平、南京、上海、杭州各地，沒有一個歸攏庋藏的地方。因此，我們商定這囬獻給先生的壽禮，是先生此時最缺少的一所可以住家藏書的房屋。現在我們很恭敬的把這一點微薄的禮物獻給先生，很誠懇的盼望先生接受我們這一點誠意！我們希望先生把這所大家獻奉的房屋，用作頤養、著作的地方；同時這也可看作社會的一座公共紀念坊，因為這是幾百個公民用來紀念他們最敬愛的一個公民的。我們還希望先生的子孫和我們的子孫，都知道社會對於一位終身盡忠於國家和文化而不及其私的公民，是不會忘記的。
蔡元培按照他平素的主張，堅決不同意這樣做，但麵對學生和友人的盛情厚意，難以堅辭。1936年1月1日，蔡元培作書回答，對友人“獎勵”之意深表感激，他謙遜地表示“元培固沒有送窮的能力，但諸君子也不是席半履厚的一流；伯夷築室，供陳仲子居住，仲子怎麼敢當呢？”但使元培以未能自信的緣故而決然謝絕，使諸君子善善從長之美意，無所借以表見，不但難逃矯情的責備，而且於讚成獎勵之本意，也不免有點衝突。元培現願為商君時代的徙木者，為燕昭王時代的駿骨，謹拜領諸君子的厚賜；誓以餘年，益盡力於對國家文化的義務；並勉勵子孫，永永銘感，且勉為公爾忘私的人物，以報答諸君子的厚意。這個計劃因不久全麵抗戰爆發，淞滬淪陷，未能付諸實現，但這反映了北大師生對蔡元培的深深敬重。晚年蔡元培也仍時以北京大學為念，1938年北大校慶四十周年的時候，他題詞紀念，回顧了北大過去光榮的曆史，指出：“民國八年左右，被公認為新文化運動之領袖。又如建設研究所，組織評議會，兼收女學生，編練學生軍等，無不由北大為之倡。過去四十年之光陰，不為虛度。”這時，寇深國難，北大南遷，他仍充滿信心地說：“他日河山還我，重返故鄉，再接再勵，一定有特殊之進步”。這是他生前最後一次對北大表達的祝願。