1920年上半年，北大等北京國立專門以上八校教職員，因教育基金無著，薪資積欠，遂進行教育經費獨立的運動。這一年九月，全國教育會聯合會通過了教育經費獨立的議決案，要求教育經費不得移作他用。1921年3月，各校教職員相繼罷教，要求政府指定專項教育基金和清償積欠。李大釗曾參加領導這次向軍閥政府開展的“索薪鬥爭”。軍閥政府對國立八校教職員的索薪要求竟不加理睬，各校教職員因此由罷教發展到提出一律辭職，並與學生一道向反動當局請願。6月2日，北京公立二十九所大中學校學生代表齊集新華門向國務院請願，代表們守候了一夜，拒不得入。3日，三百多學生又冒雨趕來，國立八校的教職員也相繼來到，一時新華門前擠滿了請願的人群。反動政府不但拒絕接見，竟還指使軍警大打出手，北大代理校長蔣夢麟、北大教授馬敘倫、沈士遠等教職員和學生數十人當場被毆傷。李大釗不顧自己頭部被刺傷流血，麵對凶手發表了慷慨激昂的演說，痛斥了軍閥政府的暴行，使請願群眾受到很大鼓舞。這一事件引起了社會各界的強烈不滿。社會輿論發出“京中已無教育”的呼聲，馬敘倫教授曾憤而絕食。這次鬥爭主要是以爭取教育經費為目的的，但它反映了當時深刻的社會危機，特別是教育危機的嚴重性。
1922年初，由於曆屆軍閥政府的摧殘，教育危機日益嚴重，這時教育界由原來爭取教育經費獨立，進一步提出整個教育獨立的要求。他們鑒於軍閥派係之間內戰頻仍，政潮迭起，教育事業風雨飄搖，幾瀕破產的狀況，表示了強烈的不滿，提出了爭取教育獨立的三個基本要求：教育經費應急謀獨立，教育基金應急謀指定，教育製度應急謀獨立。當時不僅教育界人士從事爭取教育獨立的活動，而且廣大學生也參加進來，組織了全國教育獨立運動會，發表宣言，鼓動學界共同進行。“各方麵加入該會者極多。”在當時教育危機極端嚴重的情況下，爭取教育獨立運動在北大以至在整個教育界產生了較大的影響。
1921年9月，蔡元培從歐洲考察教育回國。他對教職員的罷教行動，不甚讚同。他曾召集北大教職員會議，提出對政府不滿盡可采取不合作態度，可自動辭職以示抗議；而因索薪罷教貽誤學生學業，則有違教師的表率作用。這不是從政治鬥爭的需要著眼，顯然是一種近於迂腐的看法。他讚同向政府提出發還教職員欠薪的要求，但認為罷教期間未為學生上課，領取的薪資應該交公。當時教職員曾接受他的勸說，準備歸還罷教期間領取的薪金。原來在5月間教員集會時，胡適也曾提議：本校教職員自本年4月份罷工期內應得之薪俸，凡每人每月在60元以上者，全數捐作圖書館建築費；每月薪俸在60元以下者，自由捐助。後經全體討論同意不分薪俸多寡，都全數捐助。但因欠薪日益增多，這些辦法，實際上是辦不到的。特別是教育經費困難已日益成為一個嚴重的社會問題，1922年8月，由於經費無著，“各校招生之舉，業已停頓，數千來京應試之學生，頓起恐慌。即各校舊生，亦以開學無期，非常失望。”北京國立八校校長蔡元培、李建勳、許壽裳、王家駒、周頌聲、俞同奎、吳宗栻、鄭錦及教職員代表，曾到教育部要求發給積欠的經費（積欠達五個月以上，此次隻要求先給三個月），以解燃眉之急。這一合理的要求竟被拒絕，並遭到無端侮辱。八校校長曾為此憤而提出辭職，井向全國各界通電指出：“教育經費，積欠五個月以上。北京國立八校校長暨教職員代表二十一人，根據閣議，並經教育王總長預向交通高總長介紹，允於本日上午在交部接見。詎到部後，始則閉門不納；繼則談話未終，突來部員多人咆哮怒罵；部長托詞赴院，一去不回；憲兵巡警盤詰監視；自朝至暮，毫無結果。似此蹂躪，萬難忍受”。這件事給蔡元培留下深刻的印象，使他對北京政府完全失望。
蔡元培對這時教育遭受軍閥政府嚴重摧殘的狀況，深為擔憂和不滿。於是在1922年初發表了《教育獨立議》一文，提出了教育獨立的主張。他在文章中指出：“教育是幫助被教育的人，給他能發展自己的能力，完成他的人格，於人類文化上能盡一分子的責任；不是把被教育的人，造成一種特別器具，給抱有他種目的的人去應用的。”主張實行不受政黨和教會控製的“超然的教育”。
因此，他首先力主教育脫離政黨而獨立。他認為，教育是要個性和群性平均發達的，政黨則是要製造一種特別的群性，抹殺個性，例如鼓勵人民親善某國，仇視某國，或用甲民族的文化去同化乙民族。“今日的政黨，往往有此等政策，若參入教育，便是大害。”他還認為，教育是求遠效的，“一年之計樹穀，十年之計樹木，百年之計樹人。”可見教育的成效不是一時能達到的；而政黨的政策是求近功的，政黨掌握政權往往要經常更迭的。“若把教育也交與政黨，兩黨更迭的時候，教育方針也要跟著改變，教育也就沒有成效了”。所以，他主張教育事業不可不超然於各派政黨以外。