如何實現這種脫離政黨的超然的教育呢？他建議采用法國大學區製的教育製度。這個建議，第一步是把全國劃分若幹大學區，每區立一大學，凡中等以上各種專門技術都設在大學裏麵，區內的中小學教育和社會教育，都由大學辦理。每一學區由大學教授組織教育委員會，並選出校長，主持本學區的一切教育事務；第二步，各學區大學校長組成高等教育會議，辦理各大學區互相關係的事務；第三步，教育總長必須經高等教育會議承認，不受政黨內閣更迭的影響，“教育部專辦理高等教育會議所議決事務之有關係於中央政府者，及其他全國教育統計與報告等事，不得幹渉各大學區事務”。這種使教育脫離政黨而獨立的大學區製建議，當然是不可能實現的。在教育和政治的關係上，蔡元培從委身教育事業到創辦愛國學社，從民元製定教育宗旨到主持北京大學，都在實際上實行寓政治於教育的主張。現在他提出教育脫離政黨而獨立，從表麵上看是改變了他過去的主張，要使教育成為“超然”的、純學術性的事業。實際上，這個建議是針對軍閥政府派係紛起，教育備受摧殘的嚴重狀況而提出的，目的是要在政治上不受軍閥政府的控製。有這樣一件事，當時北京政府提出要辦所得稅，並許諾要以十分之七做教育經費，結果全國人民反對，辦教育的人也反對，蔡元培解釋說，這實在並非根本反對所得稅，而是反對由這種政府來辦，他提出隻要用極周密辦法使錢不被政府挪用，完全用在教育或實業上，就可以讚成所得稅的辦法。所以教育獨立主要是針對當時腐敗的政治而言的，雖然它避開了政權這個根本問題而要求教育上的獨立，是不切實際的，但在反對封建軍閥專政這一點上，仍然是具有積極的意義。同時，這個教育獨立主張，也同當時最緊迫的教育經費獨立問題相聯係。他在1927年提出實行大學區製的一份報告中，曾述及這一時期的教育經費狀況：“欠薪累累，膏火不繼，圖書缺略，設備不周，欲矯此弊，自宜注意重研究之一端。”在《教育獨立議》中，他提出各大學教育經費都從本學區中抽稅解決的辦法。所以，蔡元培關於教育脫離政黨而獨立的主張，是包含教育立法、教育行政和教育經費的獨立，一句話，即要求擺脫軍閥政府的控製。
其次，主張教育脫離宗教而獨立。這是蔡元培的一貫思想。他從反封建鬥爭出發，反對複古派要把孔教定為國教，把孔孟學說作為國民教育的內容，同時也反對任何形式的宗教浸入教育中來。他曾說：“學校之中，苟有教會之人為教員，則往往誘導學生使之歸依宗教。拘守舊學者，又欲定孔教為國教，以規定於學校教科之中。”對這兩者他都是明確地持反對態度的。而這時正值北京等地學生和教育界掀起非宗教運動，蔡元培在《教育獨立議》中再次重申教育脫離宗教而獨立的主張，並具體提出大學不設神學科、不得舉行宗教儀式以及辦教人不得參與教育等辦法，這是對這場鬥爭的積極支持，具有反對帝國主義文化侵略的意義。
蔡元培關於教育獨立的主張，在一定程度上反映了廣大師生的願望，在當時它所反對的是軍閥的黑暗政治和帝國主義的文化侵略，是有進步意義的，因而在北大和整個教育界得到了廣泛的支持。
蔡元培在遊學歐洲期間，曾接受過社會主義思潮的影響，向住“各盡所能，各取所需”的理想境界。他在五四以後，就曾提出教育問題的根本解決，在於改變現在的經濟組織。1919年12月，北京女高師學生李超，因其兄為爭家產逼其綴學出嫁，憤懣而死。她的死，引起社會上對解決這種不幸問題辦法的討論。北大教授胡適專門為她寫了七千餘字的傳記，並說：“她所遭遇的種種困難都可以引起全國有心人之注意討論。所以我覺得替這一個女子做傳比替什麼督軍做墓誌銘重要得多咧。”當時，蔡元培、陳獨秀、李大釗、胡適等都參加了為她舉行的追悼會。蔡元培送的挽聯是：“求學者如此其難，願在校諸君，勿辜負好機會；守錢虜害事非淺，舍生計革命，不能開新紀元”。並書寫了“不可奪誌”四個字的橫幅。他在追悼會的演說中曾說：“我的觀察，是覺得男女兩方有同樣問題，所以不得不想出總解決的方法。”他認為總解決的方法，“是經濟問題的解決。為了貧富不均與財產權特別占有，不知犧牲了多少人的權利與生命。李女士不過其中的一人罷了。要是改變了現在經濟組織，實行那各盡所能各取所需的公則，再有與李女士一樣好學的人，要求學便求學，還有什麼障礙呢？”1920年1月，他在《工學互助團的大希望》一文中，批駁了那種把貧富不平等原因歸結於教育不平等的錯誤看法，他說：“要是經濟的組織大大改變，全世界做成一個互助的團體，全世界的人沒有不是勞工，那工作的時間，一定都可以減少，那求學的機會，一定都可以平等，豈不是現在世界最難解決的問題，一切解決，成了最幸福的世界麼？”但是，蔡元培畢竟不是一位社會主義者。他認為社會主義是中國古已有之的一種學說，把中國古代思想家描述的理想化的絕對平均的小農社會當作社會主義，想用這種理想的公則去消除他看到的歐洲資本主義的社會災難。所以他雖然提出改變經濟組織這一正確命題，卻不能指明實現它的途徑；這和他提出的教育獨立論一樣，希望在不改變現存政權性質的情況下改變教育的性質和狀況，同樣是不切實際的。