1922年3月，蔡元培發表了《教育獨立議》一文。他針對北洋軍閥政府摧殘教育事業的嚴重狀況，提出“教育事業，當完全交與教育家，保有獨立的資格，毫不受各派政黨或各派教會的影響。”他的“教育獨立”的主張，在當時的教育界產生了較大的影響。
“教育獨立”的要求作為一種教育思潮，在1915年以後就在我國出現了。這不是偶然的。由於辛亥革命的失敗，各派軍閥連年混戰，北京政府政潮迭起，時局混亂，百業凋蔽，這使教育危機日益嚴重。從1912年民國建立到1916年五年之間，北京政府教育總長就更換了十幾任，這深刻反映了當時政局的動蕩。曆屆軍閥政府忙於內戰，國家預算多作軍費，致使教育經費奇絀。據統計，這時北京政府的預算，僅軍費一項就占一半以上，而教育經費隻占百分之一二。以北京大學為例，北京政府於1919年確定北大經費每年為七十九萬二千四百五十九元，這個數目直至1924年止沒有變更；而實際上北京政府常以國庫支絀為由，不照預算發付，最嚴重時一年僅發五個月經費。至於教職員薪資的積欠也很嚴重，有時一個月隻能領半薪，許多教員不得不用兼課的辦法維持生計；後來發展到最嚴重的年份（如1925、1926年），有的教員一星期兼課竟達四、五十個小時，重複的鍾點隻得用輪流請假的辦法對付。1922年4月，蔡元培在向全校教職員報告籌畫經費的情形時，曾沉痛地說：“一次一次的來報告，簡直是絕望了。我不敢對諸位先生敷衍、唐塞，所以據實報告。但是諸先生所受經濟的痛苦，已經達到極點，我任校長的，還不過這麼一種絕望的報告。我個人對於諸位先生的歉仄、慚愧，真非言語所能形容了。”當時經費竭蹶的嚴重情況，使北大等校陷於麵臨停頓的境遇。當時教育界曾以“風雨飄搖，幾瀕破產”來形容教育事業受軍閥嚴重摧殘的情況。同時，帝國主義對中國的掠奪，也加深了我國教育的危機，而帝國主義各國對我國教育事業的控製更是達到十分嚴重的地歩。這一切表明，辛亥革命後，資產階級要求的新教育不但沒能在全國範圍確立起來，而且教育事業日益陷於困境。
對於這種狀況，蔡元培是深為憂慮和不滿的。1920年10月，由於五四以後他繼續在北大推行改革，“這時候張作霖、曹錕等，深不以我為然，尤於北大男女同學一點，引為口實。李君石曾為緩和此種摩擦起見，運動政府，派我往歐美考察教育及學術研究機關狀況。適羅君鈞任（文幹）由政府派往歐美考察司法情形，遂約定同行”。他這次赴歐美各國除考察教育，物色、聘任教員，協助勤工儉學等事宜外，還要爭取收回庚子賠款用來辦學，向華僑募捐建造新的圖書館。在此期間，他曾多次談到國內和北大的令人擔憂的情狀。在美國舊金山華僑歡迎會上，他痛切剖析國內積弊，他說：“國家金錢，不用以興利舉廢，而為兵所消耗，武人擁兵自雄，殺人盈野，以吾人脂膏，盡充軍餉，全不想國家若危，己焉能安。”揭露了造成國內政治黑暗、教育危機的一個重要原因。他描述了當時國內大學教育的狀況：“顧中國歹人耗費國家金錢，好事反無力舉辦。國立大學隻有四個。其中，天津之北洋大學，隻有法、工兩科。山西大學雖有四科，惟因交通不便，學生亦僅幾百人。東南大學新辦預科，其幼稚可以想見。美國私立大學很多，共有幾百個。中國之私立大學，亦寥若晨星，北京則有中國、民國、上海則有大同、複旦，且經費均感困難。此外則有廈門大學，由陳嘉庚先生獨捐四百萬，辦預科。”“北大因經費不足，每年隻招三百人，而與考者每多至千餘人，勢不能全數收納”。他還特別介紹了近年來北大興利除弊的舉措，並以五四運動為例，指出“北大學生最關心國家大事”。他希望華僑能更多地關注國內和北大的事業。8月間，他應教育部之命，順道到檀香山出席太平洋教育會議。他後來曾談及當時與會的心情，他說：“我們的教育辦得如何，我們自己是知道的，但是到了這個時候，也就不能不說幾句撐場麵的話。尤其是在擅香山的太平洋教育會議席上，各國的代表都要貢獻他國內的教育成績，而我們正是首都國立高等學校陷於破產的時候，使人心裏實在難受”。
正是在這種教育危機日益嚴重的情勢下，教育界發出了“教育獨立”的呼聲，要求擺脫封建軍閥政府和外國勢力的桎梏，要求獨立自主地發展本國的新教育。這種“教育獨立”的主張所包括的內容大致為：（一）教育經費獨立；（二）教育事務獨立；（三）教育離政治而獨立；（四）教育離宗教而獨立；（五）高等教育之學術獨立。在上述主張中，爭取教育經費的獨立成為最緊迫的問題。
這一時期，北大等校教職員為索取積欠的薪資和學校經費而進行的鬥爭事件，屢見記載。1919年12月15日，北京小學以上學校教職員為要求清償舊欠，改發現洋（當時多以票洋代銀元發薪，而票洋大量貶值），決定是日起全體停止職務（即罷教），並成立固定組織，馬敘倫、王桐齡任總務，陶孟和、李大釗等負責新聞組工作。北大教職員參加了這次統一行動。蔡元培認為多數教職員辭職，校長也當然要辭職，12月31日，他與北京各大專校長一同提出辭職，辭呈稱：“竊自教職員停止職務以來，倏已半月，迭經設法疏通，迄無效果，轉瞬假期屆滿，更屬無法支持。既未便坐視，又無法進行，唯有懇請大總統準予辭職，並迅即派妥員接替，無任屏營待命之至”。因未見複文，翌年1月8日複再呈辭職。後經教育部對各校長慰留，事態漸趨緩和，但按常例，蔡係總統任命，還須總統下令慰留方生效，而當時總統沒有另文挽留，於是輿論界又盛傳要撤換蔡元培。同年一月，教職員聯合會代表馬敘倫等二十六人，聯名上書總統，要求挽蔡，呈稱：“時逾兩旬，未蒙大總統慰留，各校方深疑慮，近觀本京報載，教育部將蔡校長辭職事件提出國務會議，業經通過，準予辭職。雖事關密勿，無從證明，特蔡校長與北京各國立校長及京師學務局聯名辭職既經全體慰留，未便忽令獨去。況現在各校業已回複原狀；在蔡校長已無責任之可言，在政府於學界甫就寧靜之際，亦似不宜再生枝節。本會深恐萬一報紙傳聞竟成事實，去夏劇潮可為殷鑒”。馬文以五四學潮相警告，北京政府自然記憶猶新，最後不得不由總統下令表示慰留，但此事反映了反動當局去蔡之心不死。這次集體停止職務和辭職事件，說明了當時教育界的嚴重狀況。