對於北京政府的挽留，蔡元培是不信任的，他不願再上當了。6月20日，他複電傅嶽棻表示“奉職無狀，理宜引退”，再次要求“轉請大總統俯賜解職，別任賢者”，“並請徐秘書切勿勞駕”。
在這期間，他鑒於北京政府出爾反爾，反複無常，並不斷壓迫學運的惡劣行徑，曾草擬了一個《不肯再任北大校長的宣言》，並準備以一個“愛蔡孑民者”的名義予以披露。這個宣言以公開不願回任北大校長理由的形式，表露了他對北京政府，對軍閥官僚政治的嚴重不滿，同時也透露了他在北大革新的巨大困難。宣言全文是：
（一）我絕對不能再作那政府任命的校長。為了北京大學校長是簡任職，是半官僚性質，便生出許多官僚的關係，那裏用呈，那裏用谘，天天有一大堆無聊的照例的公牘。要是稍微破點例，就要呈請教育部，候他批準。什麼大學文、理科叫作本科的問題，文、理合辦的問題，選科製的問題，甚而小到法科暫省學長的問題，附設中學的問題，都要經那拘文牽義的部員來斟酌。甚而部裏還常常派了什麼一知半解的部員來視察，他報告了，還要發幾個訓令來訓飭兒句。我是個痛惡官僚的人，能甘心仰這些官僚的鼻息麼？我將進北京大學的時候，沒有想到這一層，所以兩年有半了，天天受這個苦痛。現在苦痛受足了，好容易脫離了，難道還肯投入去麼？
（二）我絕對不能再作不自由的大學校長。思想自由，是世界大學的通例。德意誌帝政時代，是世界著名開明專製的國，他的大國何等自由。那美、法等國，更不必說了。北京大學，向來受舊思想的拘束，是很不自由的。我進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較的有點新思想的人，提倡點新的學理，發布點新的印刷品，用世界的新思想來比較，用我的理想來批評，還算是半新的。在新的一方麵偶有點兒沾沾自喜的，我還覺得好笑。那知道舊的一方麵，看了這點半新的，就算“洪水猛獸”一祥了。又不能用正當的辯論法來辯論，鬼鬼祟祟，想借著強權來千涉。於是教育部來幹涉了，國務院來千涉了，甚而什麼參議院也來幹渉了，世界有這種不自由的大學麼？還要我去充這種大學的校長麼？
（三）我絕對不能再到北京的學校任校長。北京是個臭蟲窠。無論何等高尚的人物，無論何等高尚的事業，一到北京，便都染了點臭蟲的氣味。我已經染了兩年有半了，好容易逃到故鄉的西湖、鑒湖，把那個臭氣味淘洗淨了。難道還要我再作逐臭之夫，再去嚐嚐這氣味麼？
我想有人見人我這一段的話，一定要把“我不入地獄，誰入地獄”的話來勸勉我。但是我現在實在沒有到佛說這句話的時候的程度，所以我隻好謹謝不敏了。
這份宣言讀起來，痛快淋漓，發泄了他積鬱數年的憤懣之情。這是完全可以理解的。宣言表達了他辭意之堅決。當然，從宣言可以看出，這主要是針對當時黑暗的政府和頑固的守舊勢力；至於對他所苦心經營的大學教育事業，對他所熱愛並寄予厚望的廣大青年學生來說，則又另當別論了。
6月28日，在全國各階層群眾、留法華工和留學生的堅持不懈的鬥爭下，中國代表終於拒絕在巴黎和約上簽字。這是近百年來外交史上空前的維護民族尊嚴的舉動，它充分顯示了五四運動的威力，極大地鼓舞了中國人民。這時學生運動已告一段落，“迎蔡”的要求更加突出了。
6月29日，北大及各方麵的代表陸續到達杭州，勸說蔡打消辭意。這時許德珩作為全國學生聯合會的代表，也專程由上海赴杭，“去勸說蔡先生北返主持北大校務”。傅嶽棻也於6月26日再次致電蔡元培，稱：“學府主持，非君莫屬。眾望所在，翹企同殷。部派徐秘書業經抵杭，亮蒙延見。務懇勉抑高躅，力疾北行。至為盼持”。經各方勸說，加之此時學潮已趨平靜，蔡元培終於打消辭意，同意複職。7月9日，他致電全國學生聯合會、北京中等以上學校學生聯合會、北京大學學生幹事會，除告知接受各方挽留外，還希望學生今後專心於學業，他說：“疊接函電，並由方、楊、朱、許、蔣、李、熊、狄諸君代表，備述諸君雅意，重以各方麵責望之殷，已不容堅持初誌。惟深望諸君亦能誰愛仆之心，有所覺悟。否則教育前途，必生障礙”。同日，他夏電教育部，表示同意“暫任維持，共圖補救”。並告以胃疾未愈，“一經就愈，即當束裝北上”。隨後，他又函告北大全體教職員，說明胃病未瘳，一時不能到京，委托蔣夢麟先行到校代署校務。
7月10日，北大以全體學生名義複電蔡元培，循蔡提出的“救國不忘讀書，讀書不忘救國”的主張，表示：“蒙允不堅持初衷，感激之私，無任涕零。自先生恝然南旋，生等夙夜詆懼，茫無所歸。不圖今茲複得承教君子。曠持廢學，惟有痛心。兢兢自守，幸無隕越。此後當益自策勵，求學救國，萬不至逾越軌範，以貽先生憂。校務萬端待理，請即日北上。臨電迫切，惟先生命之”。