其時，又發生了一個小小的插曲。原來北京政府對蔡的慰留，一直是迫於情勢，不得已而為之。此時它又繼續玩弄兩麵手法，一方麵派員迎蔡，促其北上；另一方麵又暗地裏擬任命蔣智由（觀雲）為北大校長。蔡元培得悉此事後，心胸坦蕩，專門致書蔣智由，表示“衰病侵尋，久思息肩”，希望他“惠然允任，幸勿固辭”。蔣智由不願被軍閥利用，堅不受任，並為此入山明誌。上海報紙透露了此事後，北京政府代總理龔心湛竟否認國務院有此舉動。不久，《時事新報》披露了龔心湛（仙揆）給蔣智由的密電，電文稱：“北大校長，昨議推公。府院歡迎，敦囑勸駕。仙揆擬派專使敬迓前來，特先電達，盼使到日速駕”。同時還刊布了二封催促北上的函電。這無疑是給了北京軍閥政府一記響亮耳光。這幕鬧劇也隻好悄悄收場了。
由於蔣智由“馳書決謝，必不往就”，蔡元培乃決意北上。他在回校之前，於7月21日，發表了一篇《告北京大學學生暨全國學生書》。他在這封公開信中，熱情地讚揚了五四運動，他說：“諸君自五月四日以來，為喚醒全國國民愛國之起見，不惜犧牲神聖之學術，以從事於救國之運動；全國國民，既動於諸君之熱誠，而不敢自外，急起直追，各盡其一分子之責任。”但他同時又認為，“諸君喚醒國民之任務，至矣，盡矣，無以複加矣！”“自今以後，願與諸君共同盡瘁學術，使大學為最高文化中心，定吾國文明前途百年大計。諸君與仆等，當共負其責罵。”誠然，蔡元培畢竟是一位學者，他雖然看到了新興的無產階級和人民群眾的力量，但他還不完全理解革命群眾運動的作用；他憂國憂民，富有愛國心、正義感和革命精神，但他畢竟還沒能看到徹底解放中國之路。因而他一麵熱情讚揚學生的愛國精神，一麵又認為救國運動已經完成，學生應該“以研究學問為第一責任。”這種思想的局限性是可以理解的，對他也不能求全責備。
9月12日，蔡元培回到北京；他謝絕了同學們到車站歡迎的要求，悄然返京回校。當時，反動勢力對於蔡元培返京頗為驚恐不安，屬於安福係的司法部長朱深在一次秘密會議上曾稱：“諸君不可視蔡元培晉京為一書生，當視為十萬雄師。吾人不可不以全副武裝對付”。然而，北大廣大師生以熱烈而真摯的感情歡迎自己的校長勝利歸來。9月20日，北大師生在法科大禮堂先後召開歡迎蔡校長返校的盛大集會。在學生的歡迎會上，方豪代表全體學生致了熱情洋溢的歡迎詞，他深情表達了師生今日“得會集一堂，重睹我校長慈靄之容湧現於講座之前，實抱無量之歡情與莫大之感興”。他回顧了五四以來，為國家爭外交，為國民爭人格，備曆諸人間辛苦、亡國先味；讚揚了北大同學在五四運動中所表現出的純潔之精神，懇摯之意誌，堅強之氣魄。歡迎詞誠摯地表達了對蔡元培的信任和希望：“信能啟吾心靈，揚我國風者，環顧海內，惟先生耳！大學肩闡發新學、昌明舊術之巨任，為最高尚、最純潔之學府，生等必以之禦！潛研學業，修養德性，答海內之殷望，樹國家之基礎。自經此番之閱曆，頓生絕大之覺悟。現代人材破產，學術衰敗，誠引以為可淒測之事！願破除一切頑冥思想，浮囂習氣，以創造茵家新文化、吾身新生命、大學新紀元”。“故今日之歡迎先生，非感情的、非虛偽的，乃歡迎國家新文化！國立大學之新紀元！學生等之新生命！先生必能滿足其要求，俾有以貢獻於世界。此次國人同心協力，維持大學，使今日仍獲研求學術於此最高學府。生等於歡迎先生之餘，更不能不感謝全國同學、各界人士。顧可以報先生、報國人者，亦惟學耳。人情至親愛者，久別則生戀戀道舊之心，故絮絮述其中經曆者以告先生。回憶返裏之日，人爭走相問曰‘蔡校長返校乎’？生等歎大學前途，每悲不能答。今先生返矣，大學新紀元作矣，生等新生命誕矣！生等於以有窮之歡樂、無限之興奮，敬祝先生之健康！大學萬歲！”蔡元培在答詞中稱讚了學生的自治能力和自動精神，認為學生在五四期間表現出來的這種能力和精神，就是他所希望的不因校長的去留而影響校務的進行，“所望諸君此後，能保持自治的能力，發展自動的精神，並且深信大學組織，日臻穩固。”同時提出了進一步改革學校的計劃。
§§第九章 反對軍閥政府摧殘教育