嚴酷的現實，使學生更加認清了反動派的本質。在北大學生發起下，5月17日，北京中等以上學校學生聯合會通過決議，向政府提出嚴重交渉條件：（一）切實挽留蔡校長；（二）教育總長不予更動；（三）準許學生自由集會；（四）懲辦曹汝霖等賣國賊。5月18日，北京各校五千多學生在北大三院舉行郭欽光追悼大會，郭為北大文預科學生，五四運動中奮勇參加，他激於當局逮捕學生之舉，“憤然大痛，嘔血盈鬥”，竟至不起。臨危之際，仍以國事為念，不斷歎息說：“國家瀕危，政府猶以獅子搏兔之力，以壓一線垂盡之民氣；日政府待我留學諸君之事，不圖乃見於生斯長斯之祖國，事可知矣。”每每嘔血不止，至7日齎誌而歿，年僅24歲。這位為國事憂憤而死的愛國誌士，引起大家沉痛哀悼。18日的追悼大會成為深入鬥爭的一次動員。5月19日，全市學生開始總罷課。學生運動更加深入、擴大了。
在挽蔡問題上，軍閥政府一直玩弄陰謀。開始，他們企圖以暫時挽蔡來平息學生運動，如在蔡元培出走後他們多次密電追蹤挽蔡，稱“北京直轄各校長，繼續辭職者，因留蔡未有結果，均尚未允回校任事。各校學生代表，每日開會。現狀如此，深以多延時日，無法維持為慮。”又稱：“蔡公已否過滬，倘對挽留一節，遽仍表示決絕，則風潮難息。牽連教育大局，深可危慮。”徐世昌挽蔡令發表後，他們又電告滬上說：“昨晚大學，又以政府所發命令不滿意，約集各校，發生風潮，現已設法維持。但再節外生枝，則無法處置矣。”惶恐之狀由此可見。
如前所述，蔡元培對於個人的去留問題，很大程度上是取決於學生能否得到保護，不受暴力的侵害。教育部派員在上海見到他時，他明確表示政府如能“曲諒”學生，方能勉為其難。5月20日，他在致總統、總理和教育總長的複電中，同樣表達了這個意向。電文稱：“奉大總統指示慰留，不勝愧悚。學生舉動逾越常軌，元培當任其咎。政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往，以慰輿情，元培亦何敢不勉其維持，共圖補救。謹陳下悃，佇侯明示”。這時，教育部也一再致電，向蔡表示：“政府辦理此事，尚屬持平。外間謠傳，並非事實”。“述及學生前事，政府並無苛責之意”等等。但是，事實並非如此。5月19日北京學生總罷課後，反動政府的迫害變本加厲，對學生的愛國要求毫無誠意，蔡元培見此情狀，乃於5月21日離滬抵杭州小住，並於26日致電袁希濤等，稱“臥病故鄉，未能北上”，仍拒絕回任。
六三以後，當軍閥政府大肆鎮壓學生運動時，於6月6日準蔡元培辭職，並於次日由總統下令，“任命胡仁源署北京大學校長”。公布後，輿論大嘩，北大師生表示堅決反對，於是又掀起了“拒胡迎蔡”的鬥爭。
其時，安福係政客還以金錢收買北大補習班一個教員和幾個學生密謀迎胡，並唆使一個曾被北大辭退的教員挑頭，捏造了大量假姓名，刊布所謂“拒蔡迎胡”的呈文，企圖混淆視聽。反動當局的倒行逆施，遭到了北大廣大師生的堅決回擊。6月6日晚，北大學生在西齋飯廳舉行大會，一致表決拒絕胡仁源，上書政府要求收回成命，指出：“今政府乃欲以蔡校長慘淡經營、規模初具之大學，委諸敷衍從事、秉性愚暗之胡仁源之手，俾教育界方茁之芽，頓就枯萎，則國家前途之黑暗誰屍其咎？無以對蔡校長且不計，抑將何以對國人？學生等切膚之痛，於此尤所難堪。故為自身學問計，為教育前途、國家前途計，決不敢妄從明令，聽其蟊賊大學，戕害國本。為此，懇請撤消以胡仁源署理北京大學校長之令，並請即促蔡校長早日回校視事，以竟全功。”同時派出代表要求胡仁源“萬勿到校”。連日來，北大教職員也集會議決拒絕胡仁源，並舉代表向政府聲明，北大校長“除蔡元培外絕不承認第二人。”《新青年》也揭露了安福係政客用五千元收買北大師生中幾個敗類的穢行，使他們所齊謀的“拒蔡迎胡”的詭計敗露。
在人民群眾鬥爭的巨大壓力下，反動政府被迫於6月10日發布對曹汝霖、章宗祥、陸宗輿三個賣國賊的免職令。在學生運動具體鬥爭目標得到部分實現的情況下，北大學生就教育界問題向政府提出三項最低條件：（一）教育總長須任德高望重的人；
（二）政府下令免胡仁源，再下誠懇的命令挽留蔡校長；（三）政府派大員，各界同時派代表赴杭勸駕。同時，各專門學校和教職員聯合會、商會等團體也一致聲援，終於迫使軍閥政府以教育部命令方式將胡仁源調部任用，免去了他的北大校長職務。新上任的教育次長傅嶽棻也於6月18日致電杭州蔡元培，說：“學潮漸息，大學校務仰賴維持。茲特派徐秘書專誠赴杭，麵致忱悃；務希速駕為盼”。6月22日，北京教職員聯合會、學生聯合會、北大師生以及教育部代表湯爾和、馬裕藻、沈尹默、狄福鼎、熊夢飛、徐鴻寶等人，到杭州迎接蔡元培回京複任。至此，廣大師生的“挽察”鬥爭取得了初步勝利。