蔡元培還注意引導學生尊重教師，養成尊師重道的良好道德風尚。有一次，他了解到有少數學生在講堂或實驗室中，對於教員講授與指導方法，偶與舊習慣不同，不能平心靜氣，動輒悻悻然形於辭色；“其間一二不肖者，甚至為鄙悖之匿名書信、匿名揭帖，以重傷教員之感情。”他認為，“以大學學生而有此等外乎情理之舉動，誠吾人所大惑不解者也”。為此，他專門寫了《勸北大學生尊重教師布告》，刊登在《北京大學日刊》上，對學生剴切剖析，循循善鎊，他懇切地說：“行道之人，偶迷方向，執途人而詢之，必致謝詞。歐美各國，入肆購物，彼以物來，此以錢住，必互道謝。為教員者，犧牲其研究學術之時間與心力，而教授諸君，指導諸君，所以裨益諸君者，較諸指途、售物，奚啻百倍？諸君寧無感謝之本意，而忍傷其感情耶？諸君學成以後，難保無躬任教員之一日，設身處地，能不爽然？”當然，蔡元培決不讚成盲從，也不會同意庸才誤人子弟。國文門一位教員學識差，學生不滿，在課堂上接二連三向他提問，結果他沒有能夠答得出，弄得滿頭是汗的下講堂，自動提出辭職。這件事發生後，原以為是學生有意為難，所以蔡元培、陳獨秀知道後都很震怒，蔡更認為是整頓學生的時期到了。但他們沒有草率從事，而是把同學集合起來，把原來學生提問的一些問題，一個個的考問學生之後，曉得並不是學生無理取鬧，也就同意了那位教員辭職，不再處罰學生了。
由於蔡元培重視道德教育，同時又有健康而豐富的課外生活，使多數學生能夠專心向學、努力上進，作風也比較樸素。當時在北大校園裏，除極少數學生著西裝革履外，多數人是市布長衫，不尚時髦；一些學生雖家道貧寒而本人能專心學問者，同樣受到同學敬重。許多進步學生學業優秀，憂國憂民，並自覺地在生活上嚴格要求自己。如鄧中夏曾和十幾位同學，在東皇城根達教胡同四號租了幾間房，經他的提議，凡居住這個公寓的，都要自己動手做飯、洗衣、挑水、打掃。他還起草了生活和學習公約，大家都簽了名。規定兩人合住一間，除了必要生活用品外，不事陳設。另外有閱報室、文娛室和會客室。為了研究問題，大家湊錢，訂購了許多書刊，把每個省的報紙都訂了一份。鄧中夏還為這個集體公寓取了一個響亮的名字：“曦園”。他借喻像晨曦一樣的蓬勃朝氣，來表現這種新的生活。
經過蔡元培的熱心提倡，一變北大過去腐敗沉悶的局麵，使之氣象一新；確實是培養了學術研究、思想自由的空氣，開創了一種良好的風氣。
蔡元培初任校長時，曾向師生提出要以學術上的成績和學校風氣的改變，來準備紀念北大校慶二十五周年。後來一位校友曾回憶蔡元培主持的這一次紀念活動的情景，他寫道：
從十二月十六號起，一連三天，研究所，實驗室，標本室，圖書館，全部開放？外加各種展覽。在第三院大禮堂旁的操場裏，再搭起一個能容六七千人的大席棚，每天上午在這裏舉行學術講演，都是以中國或世界《二十五年來的……》作講題，下午是遊藝會，一直到中夜。每天有上千成萬的人來參觀，還總嫌入場卷發的太少。
就在十七的晚上，北大的正生曰，音樂傳習所定在馬神廟新收拾好的第二院大禮堂中，作第一次的公開演奏。……那時北大學生的人數不到三千也有二千多，這次音樂演奏會的入場券不能遍發，就放在紀念會的辦公室裏，讓愛好音樂的人自己去取。我呢，也拿到一張，盼到晚上七點，就奔到第二院去，真是幽靜，可是進了禮堂，人已坐滿，而人還不斷的來，不但內無隙地，就在外麵也是人聲嘈雜，還站有幾百人想進來。已經擠進來的大半沒有持券，有券的卻擠不進來。眼見的快到八點鍾了，坐在演奏台下麵聽眾當中的北大校長蔡先生知道這個情形了，走到演奏台上，麵向著聽眾，似乎有些怒容，繼而藹然的說：這次音樂傳習所第一次公開演奏，在廣大的場所中因為收不住音，仿佛是不甚相宜，所以定在這個禮堂中演奏，不能普遍的發給入門券，是因為會場小的緣故。我們這裏是北京大學的禮堂，不是沙場，我勸沒有入門券而進會場的人要一律退出，出去告知外麵沒有持券的也一律退去，讓有券的可以進來。愛好音樂的諸位，如果願意聽，我請音樂傳習所的諸同人再為諸位演奏一次，不但一次，以後也可以常常的演奏。現在就請你們沒有持入門券而進來的人都出去，並且照我的話去告知沒有持券的而也想進來的人。蔡先生說完這話之後站在台上，隻聽見台下一陣鼓掌聲，有一百多位沒有持券的人都站起來，依著次序陸續的出去，大家靜悄悄的。蔡先生還站在台上，含著微笑點首。我座位的周圍是空虛而且寂靜，眼看沒有券的人一個個的退去，有券的一個個的進來，第二院中還是那麼靜穆和嚴肅，音樂演奏會還是按時開幕。我鼻子一酸，含在眼眶裏的眼淚要跟著蔡先生的微笑一齊出來，我不知道巍然在我前麵的是高山呢還是大海。……
從這件“小事”的記敘裏，可以看到這一時期北京大學的精神風貌，可以從一個側麵看到蔡元培在北大革故鼎新的效果。
§§第七章 在新舊思潮的激戰中